Täyspitkä mRNA-sekvensointi - PacBio
Ominaisuudet
● cDNA-synteesi poly-A-mRNA:sta, jota seuraa kirjaston valmistus
● Sekvensointi CCS-tilassa, tuottaa HiFi-lukemia
● Täyspitkien transkriptien sekvensointi
● Analyysi ei edellytä referenssigenomia; sitä voidaan kuitenkin käyttää
● Bioinformaattinen analyysi mahdollistaa lncRNA-isoformin transkriptien, geenifuusioiden, polyadenylaation ja geenirakenteen analysoinnin
Palvelun edut
●Korkea tarkkuus: HiFi lukee >99,9 %:n tarkkuudella (Q30), verrattavissa NGS:ään
● Vaihtoehtoinen liitosanalyysi: kokonaisten transkriptien sekvensointi mahdollistaa isoformien tunnistamisen ja karakterisoinnin
●Laaja asiantuntemus: Yli 1100 PacBio-täyspitkän transkriptioprojektin päätökseen saattamisella ja yli 2300 näytteen käsittelyllä tiimimme tuo mukanaan runsaasti kokemusta jokaiseen projektiin.
●Myynnin jälkeinen tuki: Sitoumuksemme ulottuu projektin valmistumisen lisäksi 3 kuukauden myynninjälkeiseen palveluun. Tänä aikana tarjoamme projektin seurantaa, vianetsintäapua ja Q&A-istuntoja vastataksemme kaikkiin tuloksiin liittyviin kyselyihin.
Näytevaatimukset ja toimitus
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Tietoja suositellaan | Laadunvalvonta |
| PolyA-rikastettu mRNA CCS -kirjasto | PacBio jatko-osa II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85 % |
Esimerkkivaatimukset:
Nukleotidit:
● Kasvit:
Juuri, varsi tai terälehti: 450 mg
Lehti tai siemen: 300 mg
Hedelmät: 1,2 g
● Eläin:
Sydän tai suoli: 300 mg
Sisäelimet tai aivot: 240 mg
Lihas: 450 mg
Luut, hiukset tai iho: 1 g
● Niveljalkaiset:
Hyönteiset: 6 g
Äyriäiset: 300 mg
● Kokoveri: 1 putki
● Solut: 106 soluja
| Konsentraatio (ng/μl) | Määrä (μg) | Puhtaus | Rehellisyys |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280 = 1,7-2,5 OD260/230 = 0,5-2,5 Geelissä näkyy rajoitettu proteiini- tai DNA-kontaminaatio tai ei ollenkaan. | Kasveille: RIN≥7,5; Eläimet: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; rajallinen tai ei ollenkaan perustason nousua |
Suositeltu näytetoimitus
Säiliö: 2 ml sentrifugiputki (tinafoliota ei suositella)
Näytemerkintä: Ryhmä+kopio esim. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Lähetys:
1. Kuivajää: Näytteet on pakattava pusseihin ja haudattava kuivajäähän.
2. RNA-stabiilit putket: RNA-näytteet voidaan kuivata RNA-stabilointiputkessa (esim. RNAstable®) ja toimittaa huoneenlämmössä.
Palvelun työnkulku
Kokeilusuunnittelu
Näytteen toimitus
RNA:n uuttaminen
Kirjaston rakentaminen
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakatietojen laadunvalvonta
● Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
● Fuusiotranskriptioanalyysi
● Vaihtoehtoinen liitosanalyysi
● Yleisten yksikopioisten ortologien (BUSCO) benchmarking-analyysi
● Uusi transkriptianalyysi: koodaussekvenssien (CDS) ennustaminen ja toiminnallinen huomautus
● lncRNA-analyysi: lncRNA:n ja kohteiden ennustaminen
● MicroSatelite Identification (SSR)
BUSCO analyysi
Vaihtoehtoinen liitosanalyysi
Vaihtoehtoinen polyadenylaatioanalyysi (APA)
Uusien transkriptien toiminnallinen huomautus
Tutustu BMKGenen Nanopore-täyspitkien mRNA-sekvensointipalvelujen edistämiin edistysaskeliin tässä julkaisussa.
Ma, Y. et ai. (2023) "Vertaileva analyysi PacBio- ja ONT-RNA-sekvensointimenetelmistä Nemopilema Nomurai -myrkkytunnistukseen", Genomics, 115(6), s. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et ai. (2019) 'Populus-varren transkriptomin kehitysdynamiikka', Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et ai. (2022) "Dynaamiset muutokset askorbiinihappopitoisuudessa hedelmien kehityksen ja Actinidia latifolian (askorbaattipitoinen hedelmäsato) ja siihen liittyvien molekyylimekanismien kypsymisen aikana", International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et ai. (2022) "Paris polyphyllan bioaktiivisiin polyfylliineihin liittyvien biosynteettisten reittien geenien tehokas ennustaminen", Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et ai. (2023) "Tuta absoluta (Meyrick) -transkriptomin ja sytokromi P450 -geenien yhdistetty PacBio Iso-Seq- ja Illumina RNA-Seq -analyysi", Insects, 14(4), s. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et ai. (2019) "Transkription monimutkaisuustutkimus käyttämällä PacBio-yksimolekyylistä reaaliaikaista analyysiä yhdistettynä Illumina RNA-sekvensointiin, jotta Ricinus communis -bakteerin risinoleiinihapon biosynteesiä voidaan ymmärtää paremmin", BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
