BMKMANU S3000_SPATIAL Transkripti
BMKMANU S3000 Spatial Transcriptom -Tekninen järjestelmä
Piirteet
- Resoluutio: 3,5 µm
- Pisteen halkaisija: 2,5 um
- Pisteiden lukumäärä: Noin 4 miljoonaa
- 3 mahdollista sieppauspinta -alaa: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm tai 15 mm * 20 mm
- Jokainen viivakoodattu helmi on ladattu alukkeilla, jotka koostuvat 4 osasta:
• Poly (DT) -häntä mRNA: n alennus- ja cDNA -synteesiä varten,
• Ainutlaatuinen molekyylitunniste (UMI) vahvistuspoikkeaman korjaamiseksi
• Spatiaalinen viivakoodi
• Osittaisen lukemisen sitoutumisjärjestys 1 sekvensointialue
- H&E ja leikkeiden fluoresoiva värjäys
- Mahdollisuus käyttää solujen segmentointekniikkaa: H&E -värjäyksen, fluoresoivan värjäytymisen ja RNA -sekvensoinnin integrointi kunkin solun rajojen määrittämiseksi ja geeniekspression oikein määrittämiseksi jokaiselle solulle. Käsittely alavirran alueellisesta profilointianalyysistä, joka perustuu soluraskaan.
- Mahdollinen monitasoisen resoluution analyysin saavuttamiseksi: Joustava monitasoinen analyysi vaihtelee 100R: stä 3,5: stä um: iin monipuolisten kudosominaisuuksien ratkaisemiseksi optimaalisesti.
BMKMANU S3000: n edut
-Kaappauspaikkojen kaksinkertaistaminen 4 miljoonaan: Parannetulla resoluutiolla 3,5 um, mikä johtaa korkeampaan geeniin ja UMI: n havaitsemiseen solua kohti. Tämä johtaa parannettuun solujen klusterointiin, joka perustuu transkriptionaalisiin profiileihin, hienommalla yksityiskohdilla, jotka vastaavat kudosrakennetta.
- Solun tarkkuus:Jokainen sieppausalue sisälsi> 2 miljoonaa alueellista viivakoodattuja pisteitä, joiden halkaisija oli 2,5 um ja etäisyys 5 um pistekeskusten välillä, mikä mahdollistaa spatiaalisen transkriptomyysianalyysin solujen resoluutiolla (5 um).
-Monitasoinen resoluutioanalyysi:Joustava monitasoinen analyysi vaihtelee välillä 100 μm-5 μm monipuolisten kudosominaisuuksien ratkaisemiseksi optimaalisesti.
-Mahdollisuus käyttää ”kolme yhdessä dia” -solujen segmentointitekniikkaa:Yhdistämällä fluoresenssivärjäys, H&E -värjäys ja RNA-sekvensointi yhdellä dioilla, "kolme-in-one" -analyysialgoritmiamme antaa solujen rajojen tunnistamisen seuraaville solupohjaiselle transkriptiikoille.
-Yhteensopiva useiden sekvensointialustojen kanssa: Sekä NGS että pitkäaikainen sekvensointi saatavilla.
-1-8 aktiivisen sieppausalueen joustava suunnittelu: Kaappausalueen koko on joustava, sillä se on mahdollista käyttää 3 muotoa (6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ja 15 mm * 20 mm)
-Yhden luukun palvelu: Integroi kaikki kokemus- ja taitoperusteiset vaiheet, mukaan lukien kryo-osio, värjäys, kudoksen optimointi, alueellinen viivakoodaus, kirjaston valmistelu, sekvensointi ja bioinformatiikka.
-Kattava bioinformatiikka ja tulosten käyttäjäystävällinen visualisointi:Paketti sisältää 29 analyysiä ja 100+ korkealaatuista lukua yhdistettynä Inhouse-kehitetyn ohjelmiston käyttöön solujen halkaisun ja pisteklusteroinnin visualisoimiseksi ja mukauttamiseksi.
-Räätälöity data -analyysi ja visualisointi: saatavana erilaisille tutkimuspyynnöille
-Korkeasti koulutettu tekninen ryhmä: Kokemus yli 250 kudostyypistä ja 100+ lajista, mukaan lukien ihminen, hiiri, nisäkkät, kalat ja kasvit.
-Reaaliaikaiset päivitykset koko projektista: Kokeellisen edistymisen täydellisellä hallinnalla.
-Valinnainen nivelanalyysi yksisoluisella mRNA-sekvensoinnilla
Palvelun tekniset tiedot
| Näytteenottovaatimukset | Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tieto | Laadunvalvonta |
| Lokattu kryo-näytteet (Optimaalinen halkaisija: n. 6 × 6 × 6 mm³) 2 lohkoa näytettä kohti 1 Kokeelle, 1 varmuuskopiolle | S3000 CDNA -kirjasto | Illumina PE150 | 160K PE lukee 100 gr: tä (250 Gt) | RIN> 7 |
Lisätietoja näytteiden valmisteluohjeista ja palvelun työnkulusta puhutaan vapaastiBmkgene -asiantuntija
Huoltotyövirta
Näytteen valmistusvaiheessa suoritetaan alkuperäinen irtotavara-RNA-uuttokoe, jotta voidaan saada korkealaatuinen RNA. Kudoksen optimointivaiheessa leikkeet värjätään ja visualisoidaan, ja kudoksesta vapautumisen permeabilisointiolosuhteet optimoidaan. Optimoitua protokollaa sovelletaan sitten kirjaston rakentamisen aikana, mitä seuraa sekvensointi ja tietoanalyysi.
Koko palvelun työnkulku sisältää reaaliaikaiset päivitykset ja asiakasvahvistukset reagoivan palautteen silmukan ylläpitämiseksi, mikä varmistaa projektin sujuvan suorituksen.
BMKMANU S3000: n tuottamat tiedot analysoidaan käyttämällä ohjelmistoa “BSTMatrix”, jonka Bmkgene on itsenäisesti suunnitellut, tuottaen solutason ja monitasoisen resoluution geeniekspressiomatriisin. Sieltä luodaan standardiraportti, joka sisältää tiedon laadunvalvonnan, sisäisen näytteen analyysin ja ryhmien välisen analyysin.
- Tietojen laadunvalvonta:
- Tiedonlähtö ja laatupisteet jakelu
- Geenin havaitseminen pistettä kohti
- Kudoksen peitto
- Sisä-näytteen analyysi:
- Geenirikkaus
- Spot -klusterointi, mukaan lukien vähentynyt ulottuvuusanalyysi
- Klustereiden välinen ekspressioanalyysi: Markerigeenien tunnistaminen
- Markerigeenien toiminnallinen merkintö ja rikastuminen
- Ryhmien välinen analyysi
-Molempien näytteiden (esim. Sairaana ja kontrolli) ja uudelleenklusterin pisteen yhdistäminen uudelleen
- Markerigeenien tunnistaminen jokaiselle klusterille
- Markerigeenien toiminnallinen merkintö ja rikastuminen
- Saman klusterin erilainen ekspressio ryhmien välillä
Lisäksi BMKGene kehitti “BSTVIEWER” on käyttäjäystävällinen työkalu, jonka avulla käyttäjä voi visualisoida geeniekspression ja spot-klusteroinnin eri resoluutioissa.
Bmkgene tarjoaa alueellisia profilointipalveluita tarkalla yksisoluisella resoluutiolla (perustuu soluraskaan tai monitasoiseen neliöastiaan 100u: sta 3,5uM: iin).
S3000 -liukumäen kudosleikkeiden alueelliset profilointitiedot suoritettiin hyvin alla.
Tapaustutkimus 1: Hiiren aivot
Hiiren aivoosan analyysi S3000: lla johti ~ 94 000 solun tunnistamiseen, mediaanisekvensoinnilla ~ 2000 geeniä solua kohti. Parannettu 3,5 UM: n resoluutio johti solujen erittäin yksityiskohtaiseen klusterointiin transkriptionaalisten kuvioiden perusteella, kun solujen klusterit jäljittelevät aivojen erilaistuneita rakenteita. Tätä havaitaan helposti visualisoimalla solujen jakautumisen klusteroituna oligodendrosyyteiksi ja mikroglia -soluiksi, jotka sijaitsevat melkein yksinomaan harmaassa ja valkoisessa aineessa.
Tapaustutkimus 2: Hiiren alkio
Hiiren alkion osion analyysi S3000: lla johti ~ 2200 000 solun tunnistamiseen ~ 1600 geenin mediaanisekvensoinnilla solua kohti. Parannettu 3,5 UM: n resoluutio johti solujen erittäin yksityiskohtaiseen klusterointiin transkriptionaalisten kuvioiden perusteella, 12 klusteria silmän alueella ja 28 klusteria aivojen alueella.
Sisäisen näytteen analyysi Soluklusterointi:
Merkitysgeenien tunnistaminen ja alueellinen jakauma:
-Suurempi solujen resoluutio: Verrattuna S1000-liukuun, kukin S3000: n sieppauspinta-ala sisälsi> 4 miljoonaa alueellista viivakoodattuja pisteitä, joiden halkaisija oli 2,5 um ja etäisyys 3,5 um pistekeskusten välillä, mikä mahdollistaa spatiaalisen transkriptomyysianalyysin korkeammalla solujen resoluutiolla. (neliölaatikko: 3,5 um).
- Korkeampi sieppaustehokkuus: Verrattuna S1000 -diaon, mediaani_mi kasvaa 30%: sta 70%: iin, mediaani_Gene kasvaa 30%: sta 60%: iin
S1000 -sirun kaavio:
S3000 -sirun kaavio:
