Amplikonin sekvensointi (16S/18S/ITS)

Amplicon (16S/18S/ITS) -sekvensointi Illuminalla on menetelmä mikrobien monimuotoisuuden analysoimiseksi tunnistamalla mikrobiprofiilit niiden sekvenssien mukaan ja yrittämällä sitten tulkita yhteisön rikkautta ja monimuotoisuutta kunkin näytteen sisällä ja näytteiden välillä. BMKCloud Amplicon (NGS) -putki mahdollistaa 16S-, 18S-, ITS- ja useiden toiminnallisten geenien analysoinnin. Se alkaa lukujen trimmauksella, parillisen pään lukukokoonpanolla ja laadun arvioinnilla, jota seuraa samankaltaisten lukujen klusterointi operatiivisten taksonomisten yksiköiden (OTU) luomiseksi, joita käytetään kuudessa eri analyysiosassa. Taksonominen annotaatio antaa tietoa kunkin näytteen suhteellisesta runsaudesta ja koostumuksesta, kun taas alfa- ja beeta-diversiteettianalyysit keskittyvät mikrobien monimuotoisuuteen näytteiden sisällä ja niiden välillä. Differentiaalianalyysi ryhmien välillä löytää OTU:t, jotka eroavat toisistaan ​​sekä parametrisillä että ei-parametrisilla testeillä, kun taas korrelaatioanalyysi yhdistää nämä erot ympäristötekijöihin. Lopuksi toiminnallinen geenien runsaus ennustetaan markkerigeenien runsauden perusteella, mikä antaa käsityksen kunkin näytteen toiminnasta ja ekologiasta.