16S/18S/ITS Amplicon -sekvensointi-Pacbio
Huoltoominaisuudet
● Sekvensointialusta: Pacbio Revio
● Sekvensointitila: CCS (HIFI lukee)
● Kohdealueen vahvistus, jota seuraa amplikonien tandem -linkitys ennen HIFI SMRT BELL -kirjaston valmistelua
Palvelun edut
●Korkeampi taksonominen ratkaisu: tHan Short-Amplicon -sekvensointi,mahdollistaa korkeammat OTU -luokitusasteet lajien tasolla.
●Erittäin tarkka peruspuhelu: Pacbio CCS -tilan sekvensointi (HIFI lukee).
●Eristysvapaa: Mikrobikoostumuksen nopea tunnistaminen ympäristönäytteissä.
●Laajalti sovellettavissa: Monipuoliset mikrobiyhteisötutkimukset.
●Kattava bioinformaattinen analyysi: Uusin QIIME2 -paketti (kvantitatiivinen käsitys mikrobien ekologiasta), jolla on erilaisia analyysejä tietokannan, merkinnän, OTU/ASV: n suhteen.
●Laaja asiantuntemus: Kun tuhansia amplikonisekvensointihankkeita toteutetaan vuosittain, Bmkgene tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, korkeasti koulutetun analyysiryhmän, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tieto |
| Amplicon | PACBIO Revotio | 10.0.2010 K -tunnisteet (CCS) |
Näytteenottovaatimukset
| Pitoisuus (ng/µl) | Kokonaismäärä (µg) | Tilavuus (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Suositeltu näytteen toimitus
Jäädyttävät näytteet nestemäisessä typessä 3-4 tunnin ajan ja säilytä nestemäisessä typessä tai -80 asteessa pitkäaikaiseen varaukseen. Vaaditaan näytteen lähetys kuivajäätelöllä.
Huoltotyövirta
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
● Raakadatan laadunvalvonta
● OTU-klusterointi/de-kohinan (ASV)
● OTU: n merkintä
● Alfa -monimuotoisuusanalyysi: Useita indeksejä, mukaan lukien Shannon, Simpson ja ACE.
● Beeta -monimuotoisuusanalyysi
● Ryhmien välinen analyysi
● Korrelaatioanalyysi: Ympäristötekijöiden ja koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
● 16S funktionaalinen geenin ennustaminen
Taksonomisen jakelun histogrammi
Yhteisöjakauma fylogeneettinen puu
Alfa -monimuotoisuusanalyysi: ACE
indeksi
Beeta -monimuotoisuusanalyysi: PCOA
Ryhmien välinen analyysi: ANOVA
Tutustu Bmkgenen Amplicon -sekvensointipalvelujen helpottamiin edistyksiin Pacbio -ohjelman avulla kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Gao, X. ja Wang, H. (2023) 'Pahujen bakteeriprofiilien ja toimintojen vertaileva analyysi erilaiseen fenologiaan (Regreen vs. ruoho) Alppien merino -lampaissa, joissa on kaksi kasvavaa vaihetta Alppien niityllä', Fermentation, 9 (9 ( 1), s. 16. doi: 10.3390/fermentaatio9010016/S1.
Li, S. et ai. (2023) 'Mikrobisen tumman aineen sieppaaminen autiomaassa maaperässä käyttämällä kulttuuriapohjaista metagenomiaa ja korkearesoluutioista analyysiä', NPJ-biofilmejä ja mikrobiomeja 2023 9: 1, 9 (1), s. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. et ai. (2022) 'Rasvahapposuolojen vaikutukset käymisominaisuuksiin, bakteerien monimuotoisuuteen ja sinimailasen ja vehnäleseiden kanssa valmistetun sekoitetun säilörehun aerobiseen stabiilisuuteen', Journal of Food and Agriculture, 102 (4), s. 1475– 1487. doi: 10.1002/jsfa.11482.
Yang, J. et ai. (2023) 'Oksidatiivisen stressin biomarkkereiden ja suolen mikrobiotan välinen vuorovaikutus Sonchus Brachyotus DC: n antioksidanttivaikutuksiin. Oksatsolonin indusoimassa suoliston oksidatiivisessa stressissä aikuisen seeprakassa 'Antioksidantit 2023, voi. 12, sivu 192, 12 (1), s. 192. doi: 10.3390/antiox12010192.
