16S/18S/ITS Amplicon -sekvensointi-NGS
Huoltoominaisuudet
● Sekvensointialusta: Illumina Novaseq.
● 16: n, 18S: n ja IT: n lyhyiden alueiden monistaminen muun muassa vahvistuskohteiden joukossa.
● Ampliconin joustavat valinnat.
● Aikaisempi projektikokemus useilla monistuskohteilla.
Palvelun edut
●Eristysvapaa:Mikrobikoostumuksen nopea tunnistaminen ympäristönäytteissä.
●Korkearesoluutio: Ympäristönäytteiden vähäpätöisissä komponenteissa.
●Laajalti sovellettavissa: Monipuoliset mikrobiyhteisötutkimukset.
●Kattava bioinformaattinen analyysi: Uusin QIIME2 -paketti (kvantitatiivinen käsitys mikrobien ekologiasta), jolla on erilaisia analyysejä tietokannan, merkinnän, OTU/ASV: n suhteen.
●Laaja asiantuntemus: Vuoden vuosittain toteutettujen 150 tuhannen amplikonisekvensointihankkeen avulla Bmkgene tuo yli vuosikymmenen kokemuksen, korkeasti koulutetun analyysiryhmän, kattavan sisällön ja erinomaisen myynnin jälkeisen tuen.
Palvelun tekniset tiedot
| Kirjasto | Sekvensointistrategia | Suositeltu tieto |
| Amplicon | Illumina PE250 | 50/100/300K tunnisteet (lue parit) |
Palveluvaatimukset
| Pitoisuus (ng/µl) | Kokonaismäärä (ng) | Tilavuus (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Maaperä/liette: 1-2 g
● Suolen pitoisuus-eläin: 0,5-2G
● Suolen sisältö-INDECT: 0,1-0,25 g
● Kasvien pinta (rikastettu sedimentti): 0,1-0,5 g
● Fermentointiliemi rikastettu sedimentti): 0,1-0,5 g
● ulosteet (suuret eläimet): 0,5-2G
● ulosteet (hiiri): 3-5 jyvä
● Keuhkoalveolaarinen huuhteluneste: suodatinpaperi
● Emättimen tampo: 5-6 tampot
● Iho/sukupuolielinten tappi/sylki/oraalinen pehmytkudos/nielun swabi/peräsuolen swabi: 2-3-pyyhkeet
● Pinta -mikro -organismit: Suodatinpaperi
● Vesiblokki/ilma/biofilmi: Suodatinpaperi
● Endofyytit: 1-2G
● Hammasplakki: 0,5-1G
Huoltotyövirta
Näytteenotto
Kirjaston rakennus
Sekvensointi
Tietojen analysointi
Myynnin jälkeiset palvelut
Sisältää seuraavan analyysin:
- Raakadatan laadunvalvonta
- OTU-klusterointi /de-kohina (ASV)
- OTU: n merkintä
- Alfa -monimuotoisuusanalyysi: Useita indeksejä, mukaan lukien Shannon, Simpson ja Ace.
- Beeta -monimuotoisuusanalyysi
- Ryhmien välinen analyysi
- Korrelaatioanalyysi: Ympäristötekijöiden ja koostumuksen ja monimuotoisuuden välillä
- 16S: n funktionaalinen geenin ennuste
Taksonomisen jakelun histogrammi
Taksonominen runsaus klusteroi lämpökartta
Alfa -monimuotoisuusanalyysi: Harvinainen käyrä
Beeta -monimuotoisuusanalyysi: NMDS
Ryhmien välinen analyysi: Lefse Biomarker Discovery
Tutustu Bmkgenen Amplicon -sekvensointipalvelujen helpottamiin edistyksiin Illuminan kanssa kuratoidun julkaisukokoelman avulla.
Dong, C. et ai. (2022) 'Kokoonpano, ydinmikrobiota ja rhizosfäärin maaperän ja kuoren mikrobiotan toiminta Eucommia Ulmoidesissa', Mikrobiologian rajat, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.855317/täysi.
Li, Y. et ai. (2023) 'Synteettinen bakteerikonsortiosiirto Gardnerella vaginaliksen indusoiman bakteerivaginoosin hoitoon hiirissä', mikrobiomi, 11 (1), s. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. ja Liu, H. (2022) 'Maastapohjaisen suljetun bioregeenisen elämäntuen kokeilun aikana kerättyjen ilmapölyn mikrobiomit ”Lunar Palace 365”, ympäristömikrobiomit, 17 (1), s. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/luvut/8.
Yin, S. et ai. (2022) 'Typpimuutoksen kontrolloidun typpihäviöön liittyvän funktionaalisten geenien raaka-aineesta riippuvainen runsaus kompostoinnissa', Bioresource Technology, 361, s. 127678. Doi: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
