توالی یابی قطعه تقویت شده با مکان خاص (SLAF-Seq)
گردش کار
طرح فنی
ویژگی های خدمات
● توالی یابی در NovaSeq با PE150.
● آماده سازی کتابخانه با بارکد دوگانه، امکان گردآوری بیش از 1000 نمونه را فراهم می کند.
● این تکنیک را می توان با یا بدون ژنوم مرجع، با خطوط لوله بیوانفورماتیک مختلف برای هر مورد استفاده کرد:
با ژنوم مرجع: کشف SNP و InDel
بدون ژنوم مرجع: خوشه بندی نمونه و کشف SNP
● دردر سیلیکوترکیبات آنزیم محدودکننده چندگانه مرحله پیش از طراحی غربالگری می‌شوند تا آنهایی که توزیع یکنواختی از برچسب‌های SLAF را در طول ژنوم ایجاد می‌کنند، بیابند.
● در طول پیش آزمایش، سه ترکیب آنزیم در 3 نمونه برای تولید 9 کتابخانه SLAF مورد آزمایش قرار می گیرند و از این اطلاعات برای انتخاب ترکیب آنزیم محدودکننده بهینه برای پروژه استفاده می شود.
مزایای خدمات
●کشف نشانگر ژنتیکی بالا: ادغام یک سیستم بارکد دوگانه با توان عملیاتی بالا، امکان توالی یابی همزمان جمعیت های بزرگ را فراهم می کند و تقویت جایگاه ویژه کارایی را افزایش می دهد و اطمینان حاصل می کند که اعداد برچسب ها نیازهای مختلف سؤالات تحقیقاتی مختلف را برآورده می کنند.
● وابستگی کم به ژنوم: می توان آن را برای گونه هایی با ژنوم مرجع یا بدون آن استفاده کرد.
●طراحی طرح انعطاف پذیر: هضم تک آنزیمی، دو آنزیمی، چند آنزیمی و انواع مختلفی از آنزیم ها همگی می توانند برای برآوردن اهداف یا گونه های مختلف تحقیقاتی انتخاب شوند. رادر سیلیکوپیش طراحی برای اطمینان از طراحی بهینه آنزیم انجام می شود.
● راندمان بالا در هضم آنزیمی: هدایت یکدر سیلیکوطراحی بهینه و پیش‌آزمایش با توزیع یکنواخت برچسب‌های SLAF روی کروموزوم (1 برچسب SLAF/4Kb) و کاهش توالی تکراری (<5%) تضمین می‌شود.
●تخصص گسترده: تیم ما تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می آورد، با سابقه بسته شدن بیش از 5000 پروژه SLAF-Seq بر روی صدها گونه، از جمله گیاهان، پستانداران، پرندگان، حشرات و موجودات آبزی.
● گردش کار بیوانفورماتیک خود توسعه یافتهBMKGENE یک گردش کار بیوانفورماتیک یکپارچه برای SLAF-Seq ایجاد کرد تا از قابلیت اطمینان و دقت خروجی نهایی اطمینان حاصل کند.
مشخصات خدمات
| نوع تحلیل | مقیاس جمعیتی توصیه شده | استراتژی توالی | |
| عمق توالی تگ | شماره تگ | ||
| نقشه های ژنتیکی | 2 والدین و بیش از 150 فرزند | والدین: 20x WGS نتاج: 10 برابر | اندازه ژنوم: <400 Mb: WGS توصیه می شود <1 گیگابایت: 100 هزار برچسب 1-2 گیگابایت:: 200 هزار برچسب > 2 گیگابایت: 300 هزار برچسب حداکثر 500 هزار برچسب |
| مطالعات انجمن گسترده ژنوم (GWAS) | ≥200 نمونه | 10 برابر | |
| تکامل ژنتیکی | ≥30 نمونه، با بیش از 10 نمونه از هر زیرگروه | 10 برابر | |
الزامات خدمات
غلظت ≥ 5 نانوگرم در میکرولیتر
مقدار کل ≥ 80 نانوگرم
نانودراپ OD260/280=1.6-2.5
ژل آگارز: بدون تخریب یا آلودگی محدود است
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری
(برای اکثر نمونه ها، توصیه می کنیم در اتانول نگهداری نشود)
برچسب زدن نمونه: نمونه ها باید به وضوح برچسب گذاری شده و با فرم اطلاعات نمونه ارسالی یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونه ها باید ابتدا در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
گردش کار خدمات
QC نمونه
آزمایش آزمایشی
آزمایش SLAF
آماده سازی کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
- توالی QC داده ها
- توسعه تگ SLAF
نقشه برداری به ژنوم مرجع
بدون ژنوم مرجع: خوشه بندی
- تجزیه و تحلیل برچسب های SLAF: آمار، توزیع در سراسر ژنوم
- کشف نشانگر: SNP، InDel، SNV، فراخوانی CV و حاشیه نویسی
توزیع برچسب های SLAF بر روی کروموزوم ها:
توزیع SNP ها روی کروموزوم ها:
حاشیه نویسی SNP
| سال | مجله | IF | عنوان | برنامه های کاربردی |
| 2022 | ارتباطات طبیعت | 17.694 | اساس ژنومی گیگا کروموزوم ها و گیگا ژنوم گل صد تومانی درخت Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | فیتولوژیست جدید | 7.433 | ردپای اهلی‌سازی مناطق ژنومی با اهمیت زراعی را در آن لنگر می‌اندازد سویا | SLAF-GWAS |
| 2022 | مجله تحقیقات پیشرفته | 12.822 | نفوذهای مصنوعی در گستره ژنوم Gossypium barbadense به G. hirsutum مکان های برتر را برای بهبود همزمان کیفیت و عملکرد الیاف پنبه نشان می دهد صفات | SLAF-ژنتیک تکاملی |
| 2019 | گیاه مولکولی | 10.81 | تجزیه و تحلیل ژنومی جمعیت و مجمع De Novo منشأ Weedy را آشکار می کند برنج به عنوان یک بازی تکاملی | SLAF-ژنتیک تکاملی |
| 2019 | ژنتیک طبیعت | 31.616 | توالی ژنوم و تنوع ژنتیکی ماهی کپور معمولی Cyprinus carpio | نقشه SLAF-Linkage |
| 2014 | ژنتیک طبیعت | 25.455 | ژنوم بادام زمینی کشت شده بینشی در مورد کاریوتیپ های حبوبات، پلی پلوئید ارائه می دهد تکامل و اهلی کردن محصول | نقشه SLAF-Linkage |
| 2022 | مجله بیوتکنولوژی گیاهی | 9.803 | شناسایی ST1 انتخابی را نشان می‌دهد که شامل اتوتوپینگ مورفولوژی بذر است و محتوای روغن در طول اهلی کردن سویا | توسعه SLAF-Marker |
| 2022 | مجله بین المللی علوم مولکولی | 6.208 | شناسایی و توسعه نشانگر DNA برای گندم-لیموس mollis 2Ns (2D) جایگزینی کروموزوم دیزومیک | توسعه SLAF-Marker |
| سال | مجله | IF | عنوان | برنامه های کاربردی |
| 2023 | مرزها در علوم گیاهی | 6.735 | نقشه برداری QTL و تجزیه و تحلیل رونویسی محتوای قند در طول رسیدن میوه Pyrus pyrifolia | نقشه ژنتیکی |
| 2022 | مجله بیوتکنولوژی گیاهی | 8.154 | شناسایی ST1 انتخابی را نشان می‌دهد که شامل افزایش مورفولوژی دانه و محتوای روغن در طول اهلی‌سازی سویا است.
| تماس SNP |
| 2022 | مرزها در علوم گیاهی | 6.623 | نگاشت انجمن گسترده ژنوم فنوتیپ های بدون هال در محیط خشکسالی.
| GWAS |
