توالی RNA تک هسته ای
طرح فنی
جداسازی هسته ها توسط 10 × ژنومیک Chromium ™ ، که شامل سیستم میکروفلوئیدیک هشت کانال با گذرگاه های مضاعف است ، حاصل می شود. در این سیستم ، یک ژل با بارکد و آغازگر ، آنزیم ها و یک هسته منفرد در قطره روغن به اندازه نانولیتر محصور می شوند و باعث ایجاد مهره ژل در امولسیون (GEM) می شوند. پس از تشکیل گوهر ، لیز سلولی و انتشار بارکد در هر گوهر انجام می شود. mRNA معکوس به مولکول های cDNA با بارکد 10 × و UMI رونویسی می شود ، که بیشتر در معرض ساخت و سازهای توالی استاندارد هستند.
ویژگی
● آماده سازی تعلیق تک هسته ای از بافت های یخ زده
● تشکیل مهره ژل در امولسیون (GEM) و به دنبال آن سنتز cDNA
● هر مهره در یک گوهر با آغازگرهای تشکیل شده از 4 بخش بارگیری می شود:
دم پلی (dt) برای چیدن برگهای mRNA و سنتز cDNA ،
شناسه مولکولی منحصر به فرد (UMI) برای اصلاح تعصب تقویت
بارکد 10 برابر
دنباله اتصال از آغازگر توالی 1 خوانده شده جزئی
مزایا
توالی توالی RNA تک هسته ای محدودیت های توالی RNA تک سلولی ، فعال کردن:
● استفاده از نمونه های یخ زده و فقط به نمونه های تازه محدود نمی شود
stress استرس کم سلولهای یخ زده در مقایسه با درمان آنزیمی سلولهای تازه ، که در داده های رونوشت به شکل ژنهای ناشی از استرس منعکس شده است
● نیازی به برداشتن قبلی گلبول های قرمز نیست
● قطر سلول نامحدود
● آرایه بزرگی از نمونه هایی که واجد شرایط تجزیه و تحلیل هستند ، از جمله انواع بافت پیچیده و شکننده که مستعد جمع شدن سلول یا تخریب در هنگام تفکیک بافت هستند
نمونه هایی که با توالی RNA تک سلولی قابل تجزیه و تحلیل نیستند و واجد شرایط توالی RNA تک هسته هستند:
| سلول / بافت | دلیل |
| بافت یخ زده | قادر به گرفتن سازمان های تازه یا طولانی صرفه جویی در |
| سلول عضلانی ، مگاکاریوسیت ، چربی ... | قطر سلول برای ورود به ساز خیلی بزرگ است |
| کبد… | خیلی شکننده برای شکستن ، قادر به تمایز سلول های مجرد نیست |
| سلول نورون ، مغز ... | حساس تر ، آسان برای استرس ، نتایج توالی را تغییر می دهد |
| لوزالمعده ، تیروئید | غنی از آنزیم های درون زا ، بر تولید تعلیق تک سلولی تأثیر می گذارد |
تک هسته در مقابل تک سلولی
| تک هسته | تک سلولی |
| قطر سلول نامحدود | قطر سلول: 10-40 میکرومتر |
| این ماده می تواند بافت یخ زده باشد | ماده باید بافت تازه باشد |
| استرس کم سلولهای یخ زده | درمان آنزیم ممکن است باعث واکنش استرس سلول شود |
| نیازی به حذف گلبول های قرمز نیست | گلبولهای قرمز باید برداشته شود |
| هسته ای بیانگر اطلاعات زیستی است | کل سلول بیانگر اطلاعات زیستی است |
مشخصات
| نمونه مورد نیاز | کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شوند | کنترل کیفیت |
| بافت حیوانات ≥ 200 میلی گرم بافت گیاه 400 میلی گرم | کتابخانه cDNA ژنومیک 10 برابر | Illumina PE150 | 100K PE در هر سلول می خواند (100-200 گیگابایت) | 700-1200 هسته/میکرولیتر و یکپارچگی هسته مشاهده شده در زیر میکروسکوپ |
برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد راهنمای آماده سازی نمونه و گردش کار خدمات ، لطفاً با یک صحبت کنیدمتخصص BMKGENE
جریان کار خدمات
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
control کنترل کیفیت: تعداد سلول ها ، تشخیص ژن ، شناسایی دقیق سلول ها ، مولکول های RNA و کمیت بیان
Analysis تجزیه و تحلیل نمونه داخلی:
خوشه بندی سلول و حاشیه نویسی خوشه ای
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل: شناسایی DEG ها در خوشه ها
حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی DEG های خوشه ای
analysis تجزیه و تحلیل بین گروهی:
ترکیبی از داده ها
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل: شناسایی DEG ها در گروه ها
حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی DEG های گروه
analysis تجزیه و تحلیل پیشرفته:
تجزیه و تحلیل چرخه سلولی
تجزیه و تحلیل شبه
تجزیه و تحلیل ارتباط سلولی (CellPhonedB)
تجزیه و تحلیل غنی سازی مجموعه ژن (GSEA)
تجزیه و تحلیل نمونه داخلی
خوشه بندی سلول:
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل: DEG های خوشه ای
تجزیه و تحلیل بین گروهی
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل: DEG های گروه
تجزیه و تحلیل پیشرفته:
تجزیه و تحلیل شبه:
تجزیه و تحلیل چرخه سلولی:
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات توالی RNA تک هسته ای BMKGENE را توسط 10 برابر کروم در این انتشارات برجسته کشف کنید:
وانگ ، ل. و همکاران. (2021) "تجزیه و تحلیل رونویسی تک سلولی چشم انداز ایمنی ریه در تشدید آسم مقاوم در برابر استروئید را نشان می دهد" ،مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا، 118 (2) ، ص. E2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
ژنگ ، H. و همکاران. (2022) "یک شبکه نظارتی جهانی برای بیان ژن تنظیم نشده و سیگنالینگ متابولیک غیر طبیعی در سلولهای ایمنی در ریز محیط زیست بیماری قبرها و تیروئیدیت هاشیموتو"مرزهای ایمونولوژی، 13 ، ص. 879824. doi: 10.3389/fimmu.2022.879824/bibtex.
تیان ، H. و همکاران. (2023) "رونوشت تک سلولی ناهمگونی و پاسخ ایمنی لکوسیت ها پس از واکسیناسیون با ادواردیلا تاردا غیرفعال شده در گله (Paralichthys olivaceus) ، کشف می کند.آبزی پروری، 566 ، ص. 739238. doi: 10.1016/j.aquaculture.2023.739238.
یو ، ی. و همکاران. (2023) "درمان فوتودینامیکی نتیجه مهار کننده های پاسگاه ایمنی را از طریق بازسازی ایمنی ضد تومور در بیماران مبتلا به سرطان معده بهبود می بخشد" ،سرطان معده، 26 (5) ، صص 798-813. doi: 10.1007/s10120-023-01409-x/معیارها.
