کاهش توالی بیسولفیت (RRBS)
کاهش توالی بیسولفیت کاهش یافته (RRBS) به عنوان یک جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای توالی ژنوم بیسولفیت کل (WGBS) در تحقیقات متیلاسیون DNA ظاهر شده است. در حالی که WGBS با بررسی کل ژنوم در وضوح یک پایه ، بینش های جامع را ارائه می دهد ، هزینه بالای آن می تواند یک عامل محدود کننده باشد. RRBS با تجزیه و تحلیل انتخابی بخش نماینده ژنوم ، این چالش را از نظر استراتژیک کاهش می دهد. این روش به غنی سازی مناطق غنی از جزیره CPG توسط شکاف MSPI و به دنبال آن انتخاب اندازه قطعات 200-500/600 bps متکی است. در نتیجه ، تنها مناطق مجاورت جزایر CPG توالی می شوند ، در حالی که آنهایی که دارای جزایر CPG از راه دور هستند از تجزیه و تحلیل خارج می شوند. این فرآیند ، همراه با توالی بیسولفیت ، امکان تشخیص با وضوح بالا از متیلاسیون DNA را فراهم می کند ، و رویکرد توالی ، PE150 ، به طور خاص بر انتهای درج ها به جای وسط متمرکز است و باعث افزایش کارایی پروفایل متیلاسیون می شود. RRBS ابزاری ارزشمند است که تحقیقات متیلاسیون DNA مقرون به صرفه را امکان پذیر می کند و دانش مکانیسم های اپی ژنتیکی را پیشرفت می کند.
ویژگی های خدمات
● به ژنوم مرجع نیاز دارد.
● DNA Lambda برای نظارت بر بازده تبدیل بیسولفیت استفاده می شود.
inficial راندمان هضم MSPI نیز کنترل می شود.
dustion هضم آنزیم دوتایی برای نمونه های گیاهی.
● توالی در Illumina Novaseq.
مزایای خدمات
●جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای WGBS: فعال کردن تجزیه و تحلیل با هزینه کمتری و با نیازهای نمونه کمتری انجام می شود.
●پلت فرم کامل:ارائه خدمات عالی یک مرحله ای از پردازش نمونه ، ساخت کتابخانه و توالی به تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک.
●تخصص گسترده: با پروژه های توالی RRBS با موفقیت در طیف متنوعی از گونه ها ، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه ، یک تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر ، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آورد.
مشخصات خدماتی
| کتابخانه | استراتژی توالی | خروجی داده های توصیه شده | کنترل کیفیت |
| کتابخانه تحت درمان با MSPI هضم شده و بیسولفیت | Illumina PE150 | 8 گیگابایت | q30 ≥ 85 ٪ تبدیل بیسولفیت> 99 ٪ راندمان برش MSPI> 95 ٪ |
نمونه مورد نیاز
| غلظت (ng/μl) | مقدار کل (میکروگرم) |
| |
| DNA ژنومی | 30 پوند | 1 ≥ | تخریب یا آلودگی محدود |
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی
تجزیه و تحلیل
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
control کنترل کیفیت توالی خام ؛
● نقشه برداری به ژنوم مرجع ؛
● تشخیص پایه های متیله شده 5mc و شناسایی نقوش.
● تجزیه و تحلیل توزیع متیلاسیون و مقایسه نمونه.
● تجزیه و تحلیل مناطق متیله شده متفاوت (DMR).
● حاشیه نویسی عملکردی ژنهای مرتبط با DMR.
کنترل کیفیت: راندمان هضم (در نقشه برداری ژنوم)
کنترل کیفیت: تبدیل بیسولفیت (در استخراج اطلاعات متیلاسیون)
نقشه متیلاسیون: توزیع ژنوم متیلاسیون 5MC 5MC
مقایسه نمونه: تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی
تجزیه و تحلیل مناطق متیله شده متال (DMR): نقشه گرما
پیشرفت های پژوهشی را که توسط کل خدمات توالی ژنوم Bisulfite BMKGENE از طریق مجموعه ای از نشریات مورد نظر تسهیل شده است ، کاوش کنید.
لی ، ز. و همکاران. (2022) "برنامه ریزی مجدد با وفاداری بالا به سلولهای لیدیگ مانند توسط فعال سازی CRISPR و فاکتورهای پاراکرین" ،pnas nexus، 1 (4). doi: 10.1093/pnasnexus/pgac179.
تیان ، H. و همکاران. (2023) "تجزیه و تحلیل متیلاسیون DNA در سطح ژنوم از ترکیب بدن در دوقلوهای مونوزیگوتیک چینی" ،مجله تحقیقات بالینی اروپایی، 53 (11) ، ص. E14055. doi: 10.1111/eci.14055.
وو ، ی. و همکاران. (2022) "متیلاسیون DNA و نسبت کمر به لگن: یک مطالعه ارتباط گسترده اپی ژنوم در دوقلوهای مونوزیگوتیک چینی" ،مجله تحقیقات غدد درون ریز، 45 (12) ، صص 2365-2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
