توالی RNA پروکاریوتی
ویژگی
prot پردازش نمونه RNA شامل کاهش rRNA و پس از آن آماده سازی کتابخانه RNA جهت دار است.
analysis تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک بر اساس تراز کردن با ژنوم مرجع
● تجزیه و تحلیل شامل بیان ژن و DEG ها بلکه ساختار متن و تجزیه و تحلیل SRNA است
مزایای خدمات
●کنترل کیفیت دقیق: ما نقاط کنترل هسته را در تمام مراحل ، از نمونه و آماده سازی کتابخانه گرفته تا توالی و بیوانفورماتیک پیاده سازی می کنیم. این نظارت دقیق ، تحویل نتایج با کیفیت بالا را تضمین می کند.
●داده های توالی خاص رشته: با توجه به آماده سازی کتابخانه RNA جهت گیری ، امکان شناسایی رونوشت های ضد حس را فراهم می آورد.
●تجزیه و تحلیل کامل متناسب با رونوشتهای پروکاریوتی: خط لوله بیوانفورماتیک نه تنها تجزیه و تحلیل بیان ژن بلکه تجزیه و تحلیل ساختار متن ، از جمله شناسایی اپرون ها ، UTR ها و پروموترها را شامل می شود. این همچنین شامل تجزیه و تحلیل SRNA ها ، یعنی حاشیه نویسی و پیش بینی ساختار و اهداف ثانویه است.
●پشتیبانی پس از فروش: تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات 3 ماهه پس از فروش است. در این مدت ، ما پیگیری پروژه ، کمک عیب یابی و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سؤالات مربوط به نتایج ارائه می دهیم.
نمونه مورد نیاز و تحویل
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شوند | کنترل کیفیت |
| RRNA کتابخانه جهت دار تخلیه شده | Illumina PE150 | 1-2 گیگابایت | q30≥85 ٪ |
نمونه مورد نیاز:
| Conc. (ng/μl) | مقدار (میکروگرم) | خلوص | یکپارچگی |
| 50 پوند | 1 ≥ | OD260/280 = 1.8-2.0 OD260/230 = 1.0-2.5 محدود یا بدون پروتئین یا آلودگی DNA روی ژل نشان داده شده است. | Rin≥6.5 |
تحویل نمونه توصیه شده
کانتینر: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتر (فویل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه+تکرار به عنوان مثال A1 ، A2 ، A3 ؛ B1 ، B2 ، B3.
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه ها بسته بندی شوند و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های قابل Rnastable: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت RNA (به عنوان مثال RNastable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل شد.
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی
تجزیه و تحلیل
خدمات پس از فروش
گردش کار تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
control کنترل کیفیت داده های خام
● تراز کردن با ژنوم مرجع
ارزیابی کیفیت کتابخانه: تصادفی تکه تکه شدن RNA ، اندازه و اشباع توالی درج
● حاشیه نویسی عملکردی ژنهای برنامه نویسی پیش بینی شده
analysis تجزیه و تحلیل بیان: همبستگی و تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی (PCA)
expression بیان ژن دیفرانسیل (DEG)
● حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی DEG ها
analysis تجزیه و تحلیل SRNA: پیش بینی ، حاشیه نویسی ، هدف و پیش بینی ساختار ثانویه
analysis تجزیه و تحلیل ساختار متن: اپرون ها ، موقعیت های شروع و پایان ، منطقه بدون ترجمه (UTS) ، پروموتور و تجزیه و تحلیل SNP/Indel
توالی اشباع
حاشیه نویسی عملکردی ژنهای برنامه نویسی
همبستگی بین نمونه ها
تجزیه و تحلیل ژنهای دیفرانسیل (DEG)
تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی
حاشیه نویسی SRNA
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات توالی mRNA با طول کامل نانوپور BMKGENE را در این نشریه برجسته کشف کنید.
گوان ، CP و همکاران. (2018) "تغییرات رونویسی جهانی استافیلوکوکوس اپیدرمیدیس در حال پاسخ به آلکالوئیدهای کل آلوپکوئیدهای سوفوریا ، تغییر یافته است.مجله میکروبیولوژی لهستانی، 67 (2) ، ص. 223. doi: 10.21307/PJM-2018-024.
