-
جعبه ابزار
BMKCloud یک پلت فرم بیوانفورماتیک پیشرو است که راه حل یک مرحله ای برای برنامه های ژنومی ارائه می دهد که به طور گسترده مورد اعتماد محققان در عرصه های مختلف از جمله پزشکی، کشاورزی، زیست محیطی و غیره است. ، منابع محاسباتی، پایگاه داده عمومی، دوره های آنلاین بیوانفورمتیک و غیره. BMKCloud دارای بیوانفورماتیک پرکاربرد مختلفی است. ابزارهایی از جمله حاشیه نویسی ژن، ابزارهای ژنتیکی تکاملی، ncRNA، کنترل کیفیت داده ها، مونتاژ، تراز، استخراج داده ها، جهش ها، آمار، مولد شکل، تجزیه و تحلیل توالی و غیره.
-
مونتاژ ژنوم باکتری De novo
ما یک سرویس کامل مونتاژ ژنوم باکتریایی ارائه می دهیم که 0 شکاف را تضمین می کند. این امر با ادغام فناوری‌های توالی‌خوانی طولانی، مانند Nanopore و PacBio برای مونتاژ و توالی‌خوانی کوتاه با Illumina برای اعتبارسنجی اسمبلی و تصحیح خطای خواندن‌های ONT امکان‌پذیر است. خدمات ما گردش کار بیوانفورماتیک کامل را از مونتاژ، حاشیه نویسی عملکردی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیشرفته ارائه می دهد و اهداف تحقیقاتی خاص را برآورده می کند. این سرویس توسعه ژنوم های مرجع دقیق را برای مطالعات مختلف ژنتیکی و ژنومی امکان پذیر می کند. علاوه بر این، پایه و اساس کاربردهایی مانند بهینه‌سازی سویه، مهندسی ژنتیک و توسعه فناوری میکروبی را تشکیل می‌دهد و از داده‌های ژنومی قابل اعتماد و بدون شکاف برای پیشبرد بینش‌های علمی و نوآوری‌های بیوتکنولوژیکی بسیار مهم است.
-
RNA کوچک
RNA های کوچک نوعی RNA کوتاه غیر کد کننده با طول متوسط 18-30 nt هستند که شامل miRNA، siRNA و piRNA می شود. گزارش شده است که این RNA های کوچک به طور گسترده در فرآیندهای بیولوژیکی مختلف مانند تخریب mRNA، مهار ترجمه، تشکیل هتروکروماتین و غیره دخیل هستند. پلت فرم تجزیه و تحلیل توالی متشکل از تجزیه و تحلیل استاندارد و داده کاوی پیشرفته است. بر اساس داده های RNA-seq، تجزیه و تحلیل استاندارد می تواند به شناسایی و پیش بینی miRNA، پیش بینی ژن هدف miRNA، حاشیه نویسی و تجزیه و تحلیل بیان دست یابد. تجزیه و تحلیل پیشرفته امکان جستجو و استخراج miRNA سفارشی، تولید نمودار Venn، miRNA و ساخت شبکه ژن هدف را فراهم می کند.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS یک پلت فرم تجزیه و تحلیل توالی مجدد ژنوم است که بر اساس تجربه غنی در Biomarker Technologies توسعه یافته است. این پلتفرم با کاربری آسان، امکان ارسال سریع یک گردش کار تجزیه و تحلیل یکپارچه را با تنظیم چند پارامتر اساسی فراهم می کند، که برای داده های توالی یابی DNA تولید شده از پلتفرم Illumina و پلت فرم توالی یابی BGI مناسب است. این پلتفرم بر روی سرور محاسباتی با کارایی بالا مستقر شده است که تجزیه و تحلیل داده بسیار کارآمد را در زمان بسیار محدود توانمند می کند. داده کاوی شخصی شده بر اساس تجزیه و تحلیل استاندارد، از جمله جستجوی ژن جهش یافته، طراحی پرایمر PCR و غیره در دسترس است.
-
mRNA (مرجع)
ترانسکریپتوم ارتباط بین اطلاعات ژنتیکی ژنومی و پروتئوم عملکرد بیولوژیکی است. تنظیم سطح رونویسی مهمترین و گسترده ترین روش تنظیم موجودات است. توالی یابی ترانسکریپتوم می تواند رونوشت را در هر نقطه از زمان یا تحت هر شرایطی با وضوح دقیق به یک نوکلئوتید توالی یابی کند. می تواند به صورت پویا سطح رونویسی ژن را منعکس کند، همزمان رونوشت های نادر و عادی را شناسایی و کمیت کند و اطلاعات ساختاری را ارائه دهد. نمونه رونوشت های خاص
در حال حاضر، فناوری توالی یابی رونوشت به طور گسترده ای در زراعت، پزشکی و سایر زمینه های تحقیقاتی، از جمله تنظیم توسعه حیوانات و گیاهان، سازگاری با محیط، تعامل ایمنی، محلی سازی ژن، تکامل ژنتیکی گونه ها و تشخیص بیماری های تومور و ژنتیکی استفاده شده است.
-
متاژنومیکس (NGS)
این پلت فرم تجزیه و تحلیل برای تجزیه و تحلیل داده های متاژنومیک تفنگ ساچمه ای بر اساس سال ها تجربه طراحی شده است. این شامل گردش کار یکپارچه است که شامل انواع مختلفی از تجزیه و تحلیل‌های متاژنومیک است که معمولاً مورد نیاز است، از جمله پردازش داده‌ها، مطالعات سطح گونه، مطالعات سطح عملکرد ژن، ترکیب متاژنوم، و غیره. ، تنظیم پارامتر، تولید شکل شخصی و غیره
-
LncRNA
RNA های طولانی غیر کد کننده (lncRNA) نوعی رونوشت با طول بیشتر از 200 nt هستند که قادر به کدگذاری پروتئین ها نیستند. شواهد انباشته نشان می دهد که اکثر lncRNA ها به احتمال زیاد عملکردی دارند. فن‌آوری‌های توالی‌یابی با توان بالا و ابزارهای تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک، ما را قادر می‌سازد تا توالی‌های lncRNA و اطلاعات موقعیت‌یابی را به طور مؤثرتری آشکار کنیم و ما را به کشف lncRNAهایی با عملکردهای تنظیمی حیاتی هدایت کنیم. BMKCloud مفتخر است که پلتفرم تحلیل توالی lncRNA را برای دستیابی به تجزیه و تحلیل سریع، قابل اعتماد و انعطاف پذیر lncRNA به مشتریان خود ارائه می دهد.
-
GWAS
هدف مطالعه انجمن گسترده ژنوم (GWAS) شناسایی انواع ژنتیکی (ژنوتیپ) که با صفات خاص (فنوتیپ) مرتبط هستند. مطالعات GWA نشانگرهای ژنتیکی را بر روی کل ژنوم تعداد زیادی از افراد بررسی می کند و با تجزیه و تحلیل آماری در سطح جمعیت، ارتباط ژنوتیپ- فنوتیپ را پیش بینی می کند. توالی یابی مجدد کل ژنوم به طور بالقوه می تواند همه گونه های ژنتیکی را کشف کند. همراه با داده‌های فنوتیپی، GWAS می‌تواند برای شناسایی SNPهای مرتبط با فنوتیپ، QTLها و ژن‌های کاندید پردازش شود، که قویاً از پرورش حیوانات/گیاهان مدرن پشتیبانی می‌کند. SLAF یک استراتژی توالی یابی ژنوم ساده شده است که نشانگرهای توزیع شده در سطح ژنوم SNP را کشف می کند. این SNP ها به عنوان نشانگرهای ژنتیکی مولکولی، می توانند برای مطالعات ارتباطی با صفات هدفمند پردازش شوند. این یک استراتژی مقرون به صرفه در شناسایی صفات پیچیده تغییرات ژنتیکی است.
-
رونویسی تمام قد نانوحفره
ایزوفرم های جایگزین پیچیده و متغیر در موجودات، مکانیسم های ژنتیکی مهمی برای تنظیم بیان ژن و تنوع پروتئین هستند. شناسایی دقیق ساختارهای رونوشت مبنایی برای مطالعه عمیق الگوهای تنظیم بیان ژن است. پلتفرم توالی یابی نانوحفره با موفقیت مطالعه رونویسی را به سطح ایزوفرم رسانده است. این پلت فرم تجزیه و تحلیل برای تجزیه و تحلیل داده های RNA-Seq تولید شده بر روی پلت فرم Nanopore بر اساس ژنوم مرجع طراحی شده است که به تجزیه و تحلیل های کمی و کیفی در سطح ژن و رونوشت دست می یابد.
-
circ-RNA
RNA دایره ای (circRNA) نوعی RNA غیر کدکننده است که اخیراً مشخص شده است که نقش حیاتی در شبکه های تنظیمی درگیر در توسعه، مقاومت محیطی و غیره دارد. متمایز از مولکول های RNA خطی، به عنوان مثال mRNA، lncRNA، 3' و 5' انتهای circRNA به یکدیگر متصل می شوند تا یک ساختار دایره ای تشکیل دهند که آنها را از هضم اگزونوکلئاز نجات می دهد و از بسیاری از موارد خطی پایدارتر است. RNA مشخص شده است که CircRNA عملکردهای متنوعی در تنظیم بیان ژن دارد. CircRNA می تواند به عنوان ceRNA عمل کند که به صورت رقابتی به miRNA متصل می شود که به عنوان اسفنج miRNA شناخته می شود. پلت فرم تجزیه و تحلیل توالی RNA CircRNA تجزیه و تحلیل ساختار و بیان circRNA، پیش بینی هدف و تجزیه و تحلیل مشترک با انواع دیگر مولکول های RNA را تقویت می کند.
-
BSA
پلت فرم تجزیه و تحلیل تفکیک شده حجیم شامل تجزیه و تحلیل استاندارد یک مرحله ای و تجزیه و تحلیل پیشرفته با تنظیم پارامترهای سفارشی شده است. BSA تکنیکی است که برای شناسایی سریع نشانگرهای ژنتیکی مرتبط با فنوتیپ استفاده می شود. گردش کار اصلی BSA شامل: 1. انتخاب دو گروه از افراد با فنوتیپ های بسیار متضاد. 2. ترکیب DNA، RNA یا SLAF-seq (توسعه یافته توسط بیومارکر) همه افراد برای تشکیل دو بخش عمده از DNA. 3. شناسایی توالی های افتراقی در برابر ژنوم مرجع یا در بین آنها، 4. پیش بینی مناطق مرتبط با نامزد توسط الگوریتم ED و SNP-index. 5. تجزیه و تحلیل عملکردی و غنی‌سازی ژن‌ها در مناطق کاندید و غیره. استخراج پیشرفته‌تر در داده‌ها از جمله غربالگری نشانگر ژنتیکی و طراحی پرایمر نیز موجود است.
-
آمپلیکون (16S/18S/ITS)
پلت فرم Amplicon (16S/18S/ITS) با سالها تجربه در تجزیه و تحلیل پروژه تنوع میکروبی توسعه یافته است که شامل تجزیه و تحلیل اساسی استاندارد و تجزیه و تحلیل شخصی است: تجزیه و تحلیل اساسی محتوای تجزیه و تحلیل جریان اصلی تحقیقات میکروبی فعلی را پوشش می دهد، محتوای تجزیه و تحلیل غنی و جامع است. و نتایج تجزیه و تحلیل در قالب گزارش پروژه ارائه می شود. محتوای تحلیل شخصی متنوع است. نمونه ها را می توان انتخاب کرد و پارامترها را می توان به طور انعطاف پذیر با توجه به گزارش تجزیه و تحلیل اولیه و هدف تحقیق تنظیم کرد تا نیازهای شخصی را تحقق بخشد. سیستم عامل ویندوز، ساده و سریع.
-
ژنتیک تکاملی
ژنتیک تکاملی یک سرویس توالی یابی جامع است که برای ارائه تفسیری روشنگر از تکامل در گروه بزرگی از افراد، بر اساس تغییرات ژنتیکی، از جمله SNPs، InDels، SVs، و CNV طراحی شده است. این سرویس شامل تمام تحلیل‌های ضروری مورد نیاز برای روشن کردن تغییرات تکاملی و ویژگی‌های ژنتیکی جمعیت‌ها، از جمله ارزیابی ساختار جمعیت، تنوع ژنتیکی و روابط فیلوژنتیکی است. علاوه بر این، آن را به مطالعات در مورد جریان ژن می پردازد و تخمین اندازه جمعیت موثر و زمان واگرایی را امکان پذیر می کند. مطالعات ژنتیک تکاملی بینش های ارزشمندی را در مورد منشاء و سازگاری گونه ها به دست می دهد.
در BMKGENE، ما دو راه را برای انجام مطالعات ژنتیکی تکاملی بر روی جمعیت‌های بزرگ ارائه می‌کنیم: استفاده از توالی‌یابی کل ژنوم (WGS) یا انتخاب روش توالی‌یابی ژنوم با نمایش کاهش‌یافته، قطعه تقویت‌شده با مکان خاص (SLAF). در حالی که WGS برای ژنوم‌های کوچک‌تر مناسب است، SLAF به‌عنوان یک جایگزین مقرون‌به‌صرفه برای مطالعه جمعیت‌های بزرگ‌تر با ژنوم‌های طولانی‌تر ظاهر می‌شود و به طور موثر هزینه‌های توالی‌یابی را به حداقل می‌رساند.
