-
تعامل کروماتین مبتنی بر Hi-C
Hi-C روشی است که برای ثبت پیکربندی ژنومی با ترکیب فعل و انفعالات مبتنی بر مجاورت کاوشگر و توالی یابی با توان بالا طراحی شده است. این روش مبتنی بر پیوند متقابل کروماتین با فرمالدئید است و به دنبال آن هضم و پیوند مجدد به روشی انجام می شود که تنها قطعاتی که به صورت کووالانسی به هم متصل هستند محصولات بستن را تشکیل می دهند. با تعیین توالی این محصولات بستن، می توان سازماندهی سه بعدی ژنوم را مطالعه کرد. Hi-C مطالعه توزیع بخش‌هایی از ژنوم را که به آرامی بسته‌بندی شده‌اند (محفظه‌های A، یوکروماتین) و به احتمال زیاد از نظر رونویسی فعال هستند، و مناطقی که فشرده‌تر هستند (محفظه‌های B، هتروکروماتین) را قادر می‌سازد. Hi-C همچنین می تواند برای مشخص کردن دامنه های مرتبط با توپولوژی (TADs)، مناطقی از ژنوم که دارای ساختارهای چین خورده هستند و احتمالاً الگوهای بیان مشابهی دارند، و برای شناسایی حلقه های کروماتین، مناطق DNA که توسط پروتئین ها به هم متصل شده اند و اغلب در عناصر نظارتی غنی شده است. سرویس توالی‌یابی Hi-C BMKGene به محققان این امکان را می‌دهد تا ابعاد فضایی ژنومیک را کشف کنند و راه‌های جدیدی را برای درک تنظیم ژنوم و پیامدهای آن در سلامت و بیماری باز کند.
-
تعیین توالی ایمونوپسیتاسیون کروماتین (ChIP-seq)
کروماتین ایمونوپسیپیتاسیون (CHIP) تکنیکی است که از آنتی بادی ها برای غنی سازی انتخابی پروتئین های متصل به DNA و اهداف ژنومیک مربوطه آنها استفاده می کند. ادغام آن با NGS، پروفایل ژنومی اهداف DNA مرتبط با اصلاح هیستون، فاکتورهای رونویسی و سایر پروتئین های متصل شونده به DNA را امکان پذیر می کند. این رویکرد پویا امکان مقایسه مکان‌های اتصال را در انواع سلول‌ها، بافت‌ها یا شرایط مختلف فراهم می‌کند. کاربردهای ChIP-Seq از مطالعه مقررات رونویسی و مسیرهای رشد تا روشن کردن مکانیسم‌های بیماری را شامل می‌شود و آن را به ابزاری ضروری برای درک مناظر تنظیم ژنومی و پیشرفت بینش‌های درمانی تبدیل می‌کند.
پلتفرم: Illumina NovaSeq
-
توالی یابی بی سولفیت کل ژنوم (WGBS)
توالی بی سولفیت کل ژنوم (WGBS) به عنوان روش استاندارد طلایی برای اکتشاف عمیق متیلاسیون DNA، به ویژه جایگاه پنجم در سیتوزین (5-mC)، تنظیم کننده محوری بیان ژن و فعالیت سلولی است. اصل اساسی WGBS شامل تصفیه بی سولفیت است که باعث تبدیل سیتوزین های متیله نشده به اوراسیل (C به U) می شود، در حالی که سیتوزین های متیله را بدون تغییر باقی می گذارد. این تکنیک وضوح تک پایه را ارائه می دهد و به محققان اجازه می دهد تا متیلوم را به طور جامع بررسی کنند و الگوهای متیلاسیون غیرعادی مرتبط با شرایط مختلف، به ویژه سرطان را کشف کنند. با استفاده از WGBS، دانشمندان می‌توانند بینش‌های بی‌نظیری در مورد مناظر متیلاسیون گسترده ژنوم به دست آورند و درک دقیقی از مکانیسم‌های اپی ژنتیکی که زمینه‌ساز فرآیندها و بیماری‌های بیولوژیکی متنوع هستند، فراهم کنند.
-
سنجش کروماتین قابل دسترسی به ترانسپوزاز با توالی یابی بالا (ATAC-seq)
ATAC-seq یک تکنیک توالی یابی با توان بالا است که برای تجزیه و تحلیل دسترسی کروماتین در کل ژنوم استفاده می شود. استفاده از آن درک عمیق تری از مکانیسم های پیچیده کنترل اپی ژنتیک جهانی بر بیان ژن را فراهم می کند. این روش از ترانسپوزاز Tn5 بیش فعال برای تکه تکه کردن و برچسب گذاری همزمان نواحی کروماتین باز با قرار دادن آداپتورهای توالی استفاده می کند. تقویت بعدی PCR منجر به ایجاد یک کتابخانه توالی یابی می شود که امکان شناسایی جامع نواحی کروماتین باز تحت شرایط فضا-زمان خاص را فراهم می کند. ATAC-seq یک نمای کلی از مناظر کروماتین قابل دسترس ارائه می دهد، برخلاف روش هایی که صرفاً بر روی مکان های اتصال فاکتور رونویسی یا مناطق خاص اصلاح شده با هیستون تمرکز می کنند. با تعیین توالی این نواحی کروماتین باز، ATAC-seq مناطقی را نشان می‌دهد که احتمال بیشتری برای توالی‌های تنظیمی فعال و مکان‌های اتصال فاکتور رونویسی بالقوه وجود دارد و بینش‌های ارزشمندی را در مورد مدولاسیون پویا بیان ژن در سراسر ژنوم ارائه می‌دهد.
-
توالی یابی بی سولفیت با نمایندگی کاهش یافته (RRBS)
توالی یابی بی سولفیت با نمایندگی کاهش یافته (RRBS) به عنوان یک جایگزین مقرون به صرفه و کارآمد برای توالی یابی بی سولفیت کل ژنوم (WGBS) در تحقیقات متیلاسیون DNA ظاهر شده است. در حالی که WGBS با بررسی کل ژنوم در وضوح پایه، بینش جامعی را ارائه می دهد، هزینه بالای آن می تواند یک عامل محدود کننده باشد. RRBS به طور استراتژیک این چالش را با تجزیه و تحلیل انتخابی یک بخش نماینده از ژنوم کاهش می دهد. این روش بر غنی سازی مناطق غنی از جزیره CpG توسط برش MspI و به دنبال آن انتخاب اندازه قطعات 200-500/600 bps متکی است. در نتیجه، تنها مناطق نزدیک به جزایر CpG توالی یابی می شوند، در حالی که آنهایی که دارای جزایر CpG دور هستند از تجزیه و تحلیل حذف شدند. این فرآیند، همراه با توالی‌یابی بی سولفیت، امکان تشخیص متیلاسیون DNA با وضوح بالا را فراهم می‌کند و رویکرد توالی‌یابی، PE150، به‌جای وسط، به طور خاص بر انتهای درج‌ها تمرکز می‌کند و کارایی پروفیل متیلاسیون را افزایش می‌دهد. RRBS یک ابزار ارزشمند است که تحقیقات مقرون به صرفه متیلاسیون DNA را امکان پذیر می کند و دانش مکانیسم های اپی ژنتیک را ارتقا می دهد.
