خط دفاعی گرمازدایی
ابزار HeatMap یک فایل داده ماتریس را به عنوان ورودی می پذیرد و به کاربران اجازه می دهد تا داده های خوشه ای را فیلتر ، عادی سازی و. مورد استفاده اصلی برای مپ های گرما ، تجزیه و تحلیل خوشه ای از سطح بیان ژن بین نمونه های مختلف است.
حاشیه نویسی ژن
ابزار حاشیه نویسی ژن حاشیه نویسی ژن را بر اساس تراز توالی پرونده های ورودی FASTA در برابر پایگاه داده های مختلف انجام می دهد.
ابزار اصلی جستجوی تراز محلی (انفجار)
ابزار Blast یک نسخه یکپارچه BMKCLOUD از NCBI BLAST است و می تواند برای انجام همان توابع با استفاده از داده های بارگذاری شده در حساب BMKCLOUD استفاده شود.
پیش بینی CDS_UTR
ابزار پیش بینی CDS_UTR برای پیش بینی مناطق کد نویسی (CD) و مناطق غیر کد کننده (UTR) در توالی های متن داده شده بر اساس نتایج انفجار در برابر پایگاه داده های پروتئین شناخته شده و نتایج پیش بینی ORF طراحی شده است.
نقشه منهتن
ابزار نقشه منهتن نمایش آزمایشات نمونه بالا را امکان پذیر می کند و معمولاً در مطالعات ارتباط ژنوم در سطح ژنوم (GWAS) استفاده می شود.
نمودار
ابزار نمودار Circos تجسم کارآمد از نحوه توزیع ویژگی ژنومی در ژنوم را فراهم می کند. ویژگی های متداول شامل مکان های کمی ، SNP ها ، ایندل ها ، انواع ساختاری و تعداد کپی است.
غنی سازی هستی شناسی ژن (GO)
ابزار غنی سازی GO تجزیه و تحلیل غنی سازی عملکردی را ارائه می دهد. نرم افزار اصلی در این ابزار ، بسته Topgo-Bioconductor است که شامل تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل ، تجزیه و تحلیل غنی سازی GO و تجسم نتایج است.
تجزیه و تحلیل شبکه بیان ژن وزنی (WGCNA)
WGCNA یک روش داده کاوی به طور گسترده ای برای کشف ماژول های بیان ژن است. این برای داده های مختلف بیان از جمله داده های بیان ژن ریزآرایه و NGS کاربرد دارد.
وابسته به پروپروس
ابزار InterProscan تجزیه و تحلیل توالی پروتئین Interpro و طبقه بندی را ارائه می دهد.
غنی سازی kegg
ابزار غنی سازی GO KEGG طراحی برای تولید هیستوگرام غنی سازی GO ، هیستوگرام غنی سازی KEGG و مسیر غنی سازی KEGG بر اساس یک مجموعه ژن ارائه شده و حاشیه نویسی مربوطه است.