توالی ژنوم گیاه/حیوانات de novo
دن نووتوالی به ساخت ژنوم کل گونه با استفاده از فناوری های توالی در صورت عدم وجود ژنوم مرجع اشاره دارد. مقدمه و اتخاذ گسترده توالی نسل سوم ، با خواندن طولانی تر ، با افزایش همپوشانی بین خوانده شده ، مونتاژ ژنوم را به طور قابل توجهی افزایش داده است. این پیشرفت به ویژه در هنگام برخورد با ژنوم های چالش برانگیز ، مانند آنهایی که دارای هتروزیگوسیته بالا هستند ، نسبت بالایی از مناطق مکرر ، پلی پلوئیدها و مناطقی با عناصر تکراری ، محتوای غیر طبیعی GC یا پیچیدگی های بالایی که به طور معمول با استفاده از توالی های کوتاه خواندن مونتاژ می شوند ، مرتبط است. تنها
راه حل یک مرحله ای ما خدمات توالی یکپارچه و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک را ارائه می دهد که ژنوم مونتاژ شده با کیفیت بالا را ارائه می دهد. یک بررسی ژنوم اولیه با Illumina تخمین از اندازه و پیچیدگی ژنوم را ارائه می دهد ، و این اطلاعات برای هدایت مرحله بعدی توالی طولانی خوانده شده با PACBIO HIFI استفاده می شود و به دنبال آندن نوومونتاژ Contigs. استفاده بعدی از مونتاژ HIC ، لنگر انداختن کانتینرها را به ژنوم امکان پذیر می کند و یک مونتاژ سطح کروموزوم را بدست می آورد. سرانجام ، ژنوم با پیش بینی ژن و با توالی ژن های بیان شده حاشیه نویسی می شود ، و به متن با خواندن های کوتاه و طولانی متوسل می شود.
ویژگی های خدمات
● ادغام چندین توالی و خدمات بیوانفورماتیک در یک راه حل یک مرحله ای:
بررسی ژنوم با Illumina برای برآورد اندازه ژنوم و راهنمایی مراحل بعدی.
توالی طولانی خواندن برایدن نوومونتاژ Contigs ؛
توالی HI-C برای لنگر کروموزوم ؛
توالی mRNA برای حاشیه نویسی ژن ها.
اعتبارسنجی مونتاژ.
● خدمات مناسب برای ساخت ژنوم جدید یا بهبود ژنوم مرجع موجود برای گونه های مورد علاقه.
مزایای خدمات
توسعه سیستم عامل های توالی و بیوانفورماتیک دردن نوومجمع ژنوم
(Amarasinghe Sl et al. ،زیست شناسی ژنوم، 2020)
●تخصص گسترده و سابقه انتشار: BMKGENE تجربه گسترده ای را در مونتاژ ژنوم با کیفیت بالا از گونه های متنوع ، از جمله ژنوم دیپلوئید و ژنوم بسیار پیچیده گونه های پلی پلوئید و آلوپلیپلوئید جمع کرده است. از سال 2018 ، ما به بیش از این کمک کرده ایم300 نشریه با تأثیر بالا ، و 20+ از آنها در Nature Genetics منتشر شده استبشر
● راه حل یک مرحله ای: رویکرد یکپارچه ما ترکیبی از چندین فناوری توالی و تجزیه و تحلیل های بیوانفورماتیک در یک گردش کار منسجم است و یک ژنوم مونتاژ شده با کیفیت بالا را ارائه می دهد.
●متناسب با نیازهای شما: گردش کار خدمات ما قابل تنظیم است و امکان سازگاری برای ژنوم با ویژگی های متنوع و نیازهای تحقیقاتی خاص را فراهم می کند. این شامل ژنوم های غول پیکر ، ژنوم پلی پلوئید ، ژنوم بسیار هتروزیگوت و موارد دیگر است.
●بیوانفورماتیک و تیم آزمایشگاهی بسیار ماهر: با تجربه بسیار خوبی در هر دو تجربی و بیوانفورماتیک جلوی مجامع پیچیده ژنوم و یک سری حق ثبت اختراع و کپی رایت نرم افزاری.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات 3 ماهه پس از فروش است. در این مدت ، ما پیگیری پروژه ، کمک عیب یابی و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سؤالات مربوط به نتایج ارائه می دهیم.
مشخصات خدماتی
| بررسی ژنوم | مجمع ژنوم | سطح کروموزومی | حاشیه نویسی ژنوم |
| 50x Illumina novaseq PE150
| 30x pacbio ccs hifi می خواند | 100x HI-C | RNA-Seq Illumina PE150 10 GB + (اختیاری) با طول کامل RNA-seq pacbio 40 gb یا نانوپور 12 گیگابایت |
الزامات خدماتی
برای بررسی ژنوم ، مونتاژ ژنوم و مونتاژ HI-C:
| اسیدهای نوکلئیک بافت یا استخراج شده | بررسی ژنوم | مونتاژ ژنوم با Pacbio | مونتاژ HI-C |
| احشای حیوانات | 0.5-1 گرم
| ≥ 3.5 گرم | ≥2 گرم |
| عضله حیوانی | 5 گرم | ||
| خون پستی | 1.5 میلی لیتر
| 5 میلی لیتر | 2 میلی لیتر |
| مرغ/خون ماهی | 0.5 میلی لیتر | ||
| برگ تازه | 1-2 گرم | 5 گرم | ≥ 4 گرم |
| سلولهای کشت شده |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| حشره | 0.5-1 گرم | 3 گرم | ≥ 2 گرم |
| DNA استخراج شده | غلظت: 1 نانوگرم در میکرولیتر مقدار 30 نانوگرم محدود یا بدون تخریب یا آلودگی | غلظت: 50 نانوگرم در میکرولیتر مقدار: 10 میکروگرم/سلول/نمونه جریان OD260/280 = 1.7-2.2 OD260/230 = 1.8-2.5 محدود یا بدون تخریب یا آلودگی |
-
|
برای حاشیه نویسی ژنوم با Transcriptomics:
| اسیدهای نوکلئیک بافت یا استخراج شده | رونوشت Illumina | رونوشت Pacbio | رونوشت نانوپور |
| گیاه- ریشه/ساقه/گلبرگ | 450 میلی گرم | 600 میلی گرم | |
| گیاه - برگ/دانه | 300 میلی گرم | 300 میلی گرم | |
| گیاه - میوه | 1.2 گرم | 1.2 گرم | |
| قلب حیوانات/روده | 300 میلی گرم | 300 میلی گرم | |
| احشای حیوانات/مغز | 240 میلی گرم | 240 میلی گرم | |
| عضله حیوانی | 450 میلی گرم | 450 میلی گرم | |
| استخوان های حیوانات/مو/پوست | 1 گرم | 1 گرم | |
| بندپایان - حشرات | 6 | 6 | |
| بندپایان -crustacea | 300 میلی گرم | 300 میلی گرم | |
| خون | 1 لوله | 1 لوله | |
| RNA استخراج شده | غلظت: 20 نانوگرم در میکرولیتر مقدار ≥ 0.3 میکروگرم OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 چاک≥ 6 5≥28s/18S≥1 | غلظت: 100 نانوگرم در میکرولیتر مقدار ≥ 0.75 میکروگرم OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 چاک8 ≥ 5≥28s/18S≥1 | غلظت: 100 نانوگرم در میکرولیتر مقدار ≥ 0.75 میکروگرم OD260/280 = 1.7-2.5 OD260/230 = 0.5-2.5 چاک7.5 پوند 5≥28s/18S≥1 |
تحویل نمونه توصیه شده
کانتینر: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتر (فویل قلع توصیه نمی شود)
(برای بیشتر نمونه ها ، توصیه می کنیم در اتانول حفظ نشوید.)
برچسب زدن نمونه: نمونه ها باید به وضوح برچسب خورده و با فرم اطلاعات نمونه ارسال شده یکسان باشند.
حمل و نقل: یخ خشک: نمونه ها باید ابتدا در کیسه ها بسته بندی شوند و در یخ خشک دفن شوند.
گردش کار
جریان کار خدمات
طرح آزمایش
تحویل نمونه
استخراج DNA
ساخت کتابخانه
توالی
تجزیه و تحلیل
خدمات پس از فروش
تجزیه و تحلیل کامل بیوانفورماتیک ، در 4 مرحله از هم جدا شده است:
1) بررسی ژنوم ، بر اساس تجزیه و تحلیل K-MER با NGS:
تخمین اندازه ژنوم
تخمین هتروزیگوس
برآورد مناطق تکراری
2) مونتاژ ژنوم با pacbio hifi:
دن نوومجمع
ارزیابی مونتاژ: از جمله تجزیه و تحلیل Busco برای کامل بودن ژنوم و نقشه برداری از NGS و PACBIO HIFI خوانده می شود
3) مونتاژ HI-C:
HI-C کتابخانه QC: تخمین تعامل معتبر HI-C
مونتاژ HI-C: خوشه بندی Contigs در گروه ها ، و به دنبال آن سفارش Contig در هر گروه و اختصاص جهت گیری Contig
ارزیابی HI-C
4) حاشیه نویسی ژنوم:
پیش بینی RNA غیر کد کننده
شناسایی توالی های تکراری (ترانسپوزون ها و تکرار پشت سر هم)
پیش بینی ژن
§دن نوو: الگوریتم های AB Initio
§ بر اساس همسانی
§ بر اساس متن ، با خواندن طولانی و کوتاه: خوانده شده استدن نوومونتاژ یا نقشه برداری شده به ژنوم پیش نویس
§ حاشیه نویسی ژنهای پیش بینی شده با چندین پایگاه داده
1) بررسی ژنوم- تجزیه و تحلیل K-Mer
2) مونتاژ ژنوم
2) مونتاژ ژنوم - Pacbio hifi نقشه برداری را برای تهیه پیش نویس مونتاژ می خواند
2) مونتاژ HI-C-تخمین جفت تعامل معتبر HI-C
3) ارزیابی HI-C پس از آمان
4) حاشیه نویسی ژنوم - ادغام ژن های پیش بینی شده
4) حاشیه نویسی ژنوم - حاشیه نویسی ژنهای پیش بینی شده
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات مونتاژ ژنوم De Novo BMKGENE را از طریق مجموعه ای از انتشارات مورد بررسی قرار دهید:
لی ، C. و همکاران. (2021) "توالی ژنوم مسیرهای پراکندگی جهانی را نشان می دهد و سازگاری های ژنتیکی همگرا را در تکامل دریانورد" ، ارتباطات طبیعت ، 12 (1) نشان می دهد. doi: 10.1038/s41467-021-21379-x.
لی ، ی. و همکاران. (2023) "تغییرات کروموزومی در مقیاس بزرگ منجر به تغییرات بیان ژنوم ، سازگاری با محیط زیست و زایمان در گای (Bos Frontalis) ، زیست شناسی مولکولی و تکامل ، 40 (1). doi: 10.1093/molbev/msad006.
Tian ، T. et al. (2023) "مونتاژ ژنوم و برش ژنتیکی یک ژرم پلاسم ذرت مقاوم در برابر خشکسالی" ، Nature Genetics 2023 55: 3 ، 55 (3) ، صص 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
ژانگ ، F. و همکاران. (2023) "نشان دهنده تکامل بیوسنتز آلکالوئید تروپان با تجزیه و تحلیل دو ژنوم در خانواده Solanaceae" ، ارتباطات طبیعت 2023 14: 1 ، 14 (1) ، صص 1-18. doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
مطالعات موردی به چالش کشیدن:
مونتاژ تلومر به تلومره:فو ، A. و همکاران. (2023) "مونتاژ ژنوم تلومر به تلومره از خربزه تلخ (Momordica Charantia L. var. Abbreviata Ser.) رشد میوه ، ترکیب و ویژگی های ژنتیکی را نشان می دهد ، تحقیقات باغبانی ، 10 (1). doi: 10.1093/hr/uhac228.
مونتاژ هاپلوتیپ:هو ، دبلیو و همکاران. (2021) "ژنوم تعریف شده آلل ، تمایز بیگلیک را در طول تکامل کاساوا نشان می دهد ، گیاه مولکولی ، 14 (6) ، صص 851-854. doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
مونتاژ ژنوم غول پیکر:یوان ، جی. و همکاران. (2022) "اساس ژنومی Giga-Chromosomes و Giga Genome درخت Peony Paeonia Ostii" ، ارتباطات طبیعت 2022 13: 1 ، 13 (1) ، صص 1-16. doi: 10.1038/S41467-022-35063-1.
مونتاژ ژنوم پلی پلوئید:ژانگ ، س. و همکاران. (2022) "بینش ژنومی در مورد کاهش کروموزوم اخیر اتوپلید نیشکر Saccharum Saccharum" ، Nature Genetics 2022 54: 6 ، 54 (6) ، صص 885-896. doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
