محلول mRNA تمام طول PacBio 2+3
ویژگی ها
● طراحی مطالعه:
نمونه تلفیقی با PacBio تعیین توالی برای شناسایی ایزوفرم رونوشت
نمونه‌ها (تکرارها و شرایطی که باید آزمایش شوند) از هم جدا شوندNGS برای کمی کردن بیان رونوشت
● توالی PacBio در حالت CCS، تولید خواندن HiFi
● توالی رونوشت های تمام قد
● تجزیه و تحلیل نیازی به ژنوم مرجع ندارد. با این حال، ممکن است به کار گرفته شود
تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک نه تنها شامل بیان در سطح ژن و ایزوفرم بلکه تجزیه و تحلیل lncRNA، همجوشی ژن، پلی آدنیلاسیون و ساختار ژن است.
مزایا
● دقت بالا: خواندن HiFi با دقت >99.9% (Q30)، قابل مقایسه با NGS
● تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال: توالی یابی همه رونوشت ها شناسایی و خصوصیات ایزوفرم را امکان پذیر می کند.
● ترکیبی از نقاط قوت PacBio و NGS: امکان کمی سازی بیان در سطح ایزوفرم، آشکار کردن تغییری که ممکن است هنگام تجزیه و تحلیل بیان کل ژن پنهان شود.
● تخصص گسترده: تیم ما با سابقه تکمیل بیش از 1100 پروژه رونویسی تمام قد PacBio و پردازش بیش از 2300 نمونه، تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می آورد.
● پشتیبانی پس از فروش: تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیب‌یابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه می‌دهیم.
نمونه مورد نیاز و تحویل
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| کتابخانه mRNA CCS غنی شده با PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 گیگابایت 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| پلی A غنی شده است | ایلومینا PE150 | 6-10 گیگابایت | Q30≥85% |
نوکلئوتیدها
|
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | صداقت |
| کتابخانه ایلومینا | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥4.0; برای حیوانات: RIN≥4.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
| کتابخانه PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | گیاهان: RIN≥7.5 حیوانات: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3. B1، B2، B3.
حمل و نقل:
1. یخ خشک:نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
کنترل کیفیت داده های خام
آنالیز جایگزین پلی آدنیلاسیون (APA)
تجزیه و تحلیل رونوشت فیوژن
تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال
تجزیه و تحلیل ارتولوگ های تک نسخه ای جهانی (BUSCO).
تحلیل رونوشت جدید: پیش‌بینی دنباله‌های کدگذاری (CDS) و حاشیه‌نویسی عملکردی
تجزیه و تحلیل lncRNA: پیش بینی lncRNA و اهداف
شناسایی میکروماهواره (SSR)
تجزیه و تحلیل رونوشت های بیان شده متفاوت (DETs).
تجزیه و تحلیل ژنهای بیان شده متفاوت (DEGs).
حاشیه نویسی عملکردی DEG و DET
تجزیه و تحلیل BUSCO
تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال
آنالیز جایگزین پلی آدنیلاسیون (APA)
ژن های بیان شده متفاوت (DEGs) و رونوشت ها (تحلیل DETs9).
شبکه های تعامل پروتئین-پروتئین DET و DEG
پیشرفت‌هایی را که توسط توالی‌یابی mRNA تمام‌قد PacBio 2+3 BMKGene تسهیل شده است، از طریق مجموعه‌ای از انتشارات بررسی کنید.
چائو، کیو و همکاران. (2019) "دینامیک تکاملی رونوشت ساقه Populus"، مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 17(1)، صفحات 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
دنگ، اچ و همکاران. (2022) 'تغییرات دینامیکی در محتوای اسید اسکوربیک در طول رشد و رسیدن میوه Actinidia latifolia (یک محصول میوه غنی از آسکوربات) و مکانیسم های مولکولی مرتبط'، مجله بین المللی علوم مولکولی، 23 (10)، ص. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. و همکاران. (2022) "پیش بینی موثر ژن های مسیر بیوسنتزی درگیر در پلی فیلین های فعال زیستی در پلی فیلا پاریس"، Communications Biology 2022 5:1، 5(1)، صفحات 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
لیو، ام. و همکاران. (2023) "تجزیه و تحلیل ترکیبی PacBio Iso-Seq و Illumina RNA-Seq از ژن های Tuta absoluta (Meyrick) و سیتوکروم P450"، حشرات، 14(4)، ص. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانگ، لیجون و همکاران. (2019) "بررسی پیچیدگی رونوشت با استفاده از تجزیه و تحلیل بیدرنگ تک مولکولی PacBio همراه با توالی یابی RNA ایلومینا برای درک بهتر بیوسنتز اسید ریسینولئیک در Ricinus communis"، BMC Genomics، 20(1)، صفحات 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
