توالی mRNA مبتنی بر غیر مرجع-NGS
ویژگی ها
● گرفتن پلی mRNA قبل از آماده سازی کتابخانه
● مستقل از هر ژنوم مرجع: بر اساس مونتاژ de novo رونوشت‌ها، ایجاد فهرستی از یونیژن‌هایی که با پایگاه‌های داده متعدد (NR، Swiss-Prot، COG، KOG، eggNOG، Pfam، GO، KEGG) حاشیه‌نویسی شده‌اند.
● تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک جامع بیان ژن و ساختار رونوشت
مزایای خدمات
●تخصص گسترده: تیم ما با سابقه پردازش بیش از 600000 نمونه در BMKGENE، شامل انواع نمونه‌های مختلف مانند کشت سلولی، بافت‌ها و مایعات بدن، تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می‌آورد. ما بیش از 100000 پروژه mRNA-Seq را در حوزه های مختلف تحقیقاتی با موفقیت بسته ایم.
●کنترل کیفیت دقیق: ما نقاط کنترل اصلی را در تمام مراحل، از آماده سازی نمونه و کتابخانه گرفته تا توالی یابی و بیوانفورماتیک پیاده سازی می کنیم. این نظارت دقیق، ارائه نتایج با کیفیت بالا را تضمین می کند.
● حاشیه نویسی جامع: ما از چندین پایگاه داده برای حاشیه نویسی عملکردی ژن های بیان شده متفاوت (DEGs) و انجام تجزیه و تحلیل غنی سازی مربوطه استفاده می کنیم و بینش هایی را در مورد فرآیندهای سلولی و مولکولی زیربنایی پاسخ رونوشت ارائه می دهیم.
●پشتیبانی پس از فروش: تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیب‌یابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه می‌دهیم.
نمونه مورد نیاز و تحویل
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| پلی A غنی شده است | ایلومینا PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 گیگابایت | Q30≥85% |
نمونه مورد نیاز:
نوکلئوتیدها:
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | صداقت |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥4.0; برای حیوانات: RIN≥4.5؛ 5.0≥28S/18S≥1.0; ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
● گیاهان:
ریشه، ساقه یا گلبرگ: 450 میلی گرم
برگ یا دانه: 300 میلی گرم
میوه: 1.2 گرم
● حیوان:
قلب یا روده: 300 میلی گرم
احشاء یا مغز: 240 میلی گرم
عضله: 450 میلی گرم
استخوان، مو یا پوست: 1 گرم
● بندپایان:
حشرات: 6 گرم
سخت پوستان: 300 میلی گرم
● خون کامل: 1 لوله
● سلول ها: 106 سلول ها
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3. B1، B2، B3.
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
بیوانفورماتیک
مونتاژ رونوشت و انتخاب یونیژن
حاشیه نویسی Unigene
همبستگی نمونه و ارزیابی تکرارهای بیولوژیکی
ژن های بیان شده متفاوت (DEG)
حاشیه نویسی عملکردی DEGs
غنی سازی عملکردی DEG ها
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس‌های توالی‌یابی mRNA یوکاریوتی NGS BMKGene را از طریق مجموعه‌ای منتخب از انتشارات کاوش کنید.
Shen, F. et al. (2020) "مجموعه رونوشت جدید و بیان ژن وابسته به جنسیت در غدد جنسی گربه ماهی آمور (Silurus asotus)"، ژنومیکس، 112(3)، صفحات 2603-2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
ژانگ، سی و همکاران. (2016) "تحلیل رونویسی متابولیسم ساکارز در طول تورم و توسعه پیاز در پیاز (Allium cepa L.)"، Frontiers in Plant Science، 7 (سپتامبر)، ص. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
ژو، سی و همکاران. (2017) "مجموعه جدید، خصوصیات و حاشیه نویسی برای رونویسی Sarcocheilichthys sinensis"، PLoS ONE، 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
زو، ال و همکاران (2021) "تجزیه و تحلیل رونوشت de novo بینشی در مورد تحمل نمک پودوکارپوس ماکروفیلوس تحت تنش شوری ارائه می دهد"، BMC Plant Biology، 21(1)، صفحات 1-17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
