مونتاژ ژنوم مبتنی بر HI-C
HI-C روشی است که برای ضبط پیکربندی کروموزوم با ترکیب تعامل مبتنی بر نزدیکی و توالی با توان بالا طراحی شده است. اعتقاد بر این است که شدت این فعل و انفعالات با فاصله فیزیکی در کروموزوم ها ارتباط منفی دارد. بنابراین ، از داده های HI-C برای هدایت خوشه بندی ، سفارش و جهت گیری توالی های مونتاژ شده در ژنوم پیش نویس و لنگر انداختن تعداد مشخصی از کروموزوم استفاده می شود. این فناوری در صورت عدم وجود نقشه ژنتیکی مبتنی بر جمعیت ، یک مونتاژ ژنوم در سطح کروموزوم را توانمند می کند. تک تک ژنوم به HI-C نیاز دارد.
ویژگی های خدمات
● توالی در Illumina novaseq با PE150.
service سرویس به جای اسیدهای نوکلئیک استخراج شده ، به نمونه های بافت نیاز دارد تا با فرمالدئید پیوند متقابل و حفظ فعل و انفعالات DNA پروتئین داشته باشد.
● آزمایش HI-C شامل محدودیت و ترمیم انتهای انتهای چسبنده با بیوتین است ، و به دنبال آن دایره ای از انتهای مبهم حاصل ضمن حفظ تعامل. سپس DNA با مهره های استرپتاویدین به پایین کشیده می شود و برای تهیه کتابخانه بعدی خالص می شود.
مزایای خدمات
نمای کلی HI-C
(لیبرمن-ادن و همکاران ،علم، 2009)
●از بین بردن نیاز به داده های ژنتیکی:HI-C اطلاعات ضروری مورد نیاز برای لنگر انداختن را جایگزین می کند.
●چگالی نشانگر بالا:منجر به یک نسبت لنگرگاه بالایی بالاتر از 90 ٪.
●تخصص گسترده و سوابق انتشار:BMKGENE با بیش از 2000 مورد مونتاژ ژنوم HI-C از 1000 گونه مختلف و ثبت اختراعات مختلف تجربه گسترده ای دارد. بیش از 200 مورد منتشر شده دارای ضریب تأثیر تجمع بیش از 2000 است.
●تیم بیوانفورماتیک بسیار ماهر:با ثبت اختراعات داخلی و کپی رایت نرم افزاری برای آزمایش های HI-C و تجزیه و تحلیل داده ها ، نرم افزار داده های تجسم خود توسعه یافته امکان حرکت ، معکوس ، ابطال و مجدداً بلوک دستی را فراهم می کند.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات 3 ماهه پس از فروش است. در این مدت ، ما پیگیری پروژه ، کمک عیب یابی و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سؤالات مربوط به نتایج ارائه می دهیم.
●حاشیه نویسی جامع: ما از چندین بانک اطلاعاتی برای حاشیه نویسی عملکردی ژن ها با تغییرات مشخص شده و تجزیه و تحلیل غنی سازی مربوطه استفاده می کنیم و بینش هایی در مورد چندین پروژه تحقیقاتی ارائه می دهیم.
مشخصات خدماتی
| تهیه کتابخانه | استراتژی توالی | خروجی داده های توصیه شده | کنترل کیفیت |
| کتابخانه HI-C | Illumina Novaseq PE150 | 100x | q30 ≥ 85 ٪ |
نمونه مورد نیاز
| بافت | مقدار مورد نیاز |
| احشای حیوانات | ≥ 2 گرم |
| عضله حیوانی | |
| خون پستی | ≥ 2 میلی لیتر |
| مرغ/خون ماهی | |
| برگ تازه | 3 گرم |
| سلولهای کشت شده | ≥ 1x107 |
| حشره | ≥ 2 گرم |
جریان کار خدمات
طرح آزمایش
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی
تجزیه و تحلیل
خدمات پس از فروش
1) QC داده خام
2) کتابخانه HI-C QC: تخمین تعامل معتبر HI-C
3) مونتاژ HI-C: خوشه بندی Contigs در گروه ها ، و به دنبال آن سفارش Contig در هر گروه و اختصاص جهت گیری Contig
4) ارزیابی HI-C
HI-C کتابخانه QC-تخمین جفت تعامل معتبر HI-C
مونتاژ HI-C-آمار
ارزیابی پس از مونتاژ-نقشه گرمای شدت سیگنال بین سطل ها
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات مونتاژ HI-C BMKGENE را از طریق مجموعه ای از نشریات ، کاوش کنید.
Tian ، T. et al. (2023) "مونتاژ ژنوم و برش ژنتیکی یک ژرم پلاسم ذرت مقاوم در برابر خشکسالی" ، Nature Genetics 2023 55: 3 ، 55 (3) ، صص 496-506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
وانگ ، زل و همکاران. (2020) "یک مونتاژ در مقیاس کروموزوم از ژنوم Honeybee Honeybee Apis" ، مرزهای ژنتیک ، 11 ، ص. 524140. doi: 10.3389/fgene.2020.00279/bibtex.
ژانگ ، F. و همکاران. (2023) "نشان دهنده تکامل بیوسنتز آلکالوئید تروپان با تجزیه و تحلیل دو ژنوم در خانواده Solanaceae" ، ارتباطات طبیعت 2023 14: 1 ، 14 (1) ، صص 1-18. doi: 10.1038/S41467-023-37133-4.
ژانگ ، X. و همکاران. (2020) "ژنوم درختان Banyan و WASP گرده افشانی بینش در مورد هماهنگی انجیر" ، سلول ، 183 (4) ، صص 875-889.E17. doi: 10.1016/j.cell.2020.09.043
