● توالی در Illumina novaseq با PE150.
service سرویس به جای اسیدهای نوکلئیک استخراج شده ، به نمونه های بافت نیاز دارد تا با فرمالدئید پیوند متقابل و حفظ فعل و انفعالات DNA پروتئین داشته باشد.
● آزمایش HI-C شامل محدودیت و ترمیم انتهای انتهای چسبنده با بیوتین است ، و به دنبال آن دایره ای از انتهای مبهم حاصل ضمن حفظ تعامل. سپس DNA با مهره های استرپتاویدین به پایین کشیده می شود و برای تهیه کتابخانه بعدی خالص می شود.
●طراحی آنزیم محدودیت بهینه: برای اطمینان از راندمان HI-C بالا در گونه های مختلف با حداکثر 93 ٪ جفت تعامل معتبر.
●تخصص گسترده و سوابق انتشار:BMKGENE تجربه گسترده ای با> 2000 پروژه توالی HI-C از 800 گونه مختلف و ثبت اختراعات مختلف دارد. بیش از 100 مورد منتشر شده با ضریب تأثیر تجمع بیش از 900.
●تیم بیوانفورماتیک بسیار ماهر:با ثبت اختراعات داخلی و کپی رایت نرم افزار برای آزمایش های HI-C و تجزیه و تحلیل داده ها و یک نرم افزار داده تجسم خود توسعه یافته.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات 3 ماهه پس از فروش است. در این مدت ، ما پیگیری پروژه ، کمک عیب یابی و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سؤالات مربوط به نتایج ارائه می دهیم.
●حاشیه نویسی جامع: ما از چندین بانک اطلاعاتی برای حاشیه نویسی عملکردی ژن ها با تغییرات مشخص شده و تجزیه و تحلیل غنی سازی مربوطه استفاده می کنیم و بینش هایی در مورد چندین پروژه تحقیقاتی ارائه می دهیم.
کتابخانه | استراتژی توالی | خروجی داده های توصیه شده | وضوح سیگنال HI-C |
کتابخانه HI-C | Illumina PE150 | حلقه کروماتین: 150 برابر TAD: 50x | حلقه کروماتین: 10 کیلوبایت TAD: 40 کیلوبایت |
نوع نمونه | مقدار مورد نیاز |
بافت حیوانی | ≥2 گرم |
خون | 2 میلی لیتر |
قارچ | 1 گرم |
گیاه- بافت جوان | 1G/Aliquot ، 2-4 Aliquotes توصیه می شود |
سلولهای کشت شده | ≥1x107 |
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
● داده خام QC ؛
● نقشه برداری و کتابخانه HI-C QC: جفت تعامل معتبر و نمایندگان پوسیدگی تعامل (IDE) ؛
proffection پروفایل تعامل گسترده ژنوم: تجزیه و تحلیل CIS/ترانس و نقشه تعامل HI-C ؛
● تجزیه و تحلیل توزیع محفظه A/B ؛
● شناسایی TAD ها و حلقه های کروماتین ؛
analysis تجزیه و تحلیل دیفرانسیل بر روی عناصر ساختار کروماتین سه بعدی در بین نمونه ها و حاشیه نویسی عملکردی مربوط به ژنهای مرتبط.
CIS و توزیع نسبت ترانس
نقشه حرارتی تعامل کروموزومی بین نمونه ها
توزیع گسترده ای از محفظه های A/B
توزیع گسترده ژنوم حلقه های کروماتین
تجسم TADS
پیشرفت های پژوهشی را که توسط خدمات توالی HI-C BMKGENE از طریق مجموعه ای از انتشارات تسهیل شده است ، کاوش کنید.
منگ ، T. و همکاران. (2021) "یک تجزیه و تحلیل مقایسه ای چندمیک یکپارچه CA2 را به عنوان یک هدف جدید برای وتر مشخص می کند" ،علم عصب شناسی عصبی، 23 (10) ، صص 1709-1722. doi: 10.1093/neuonc/noab156.
Xu ، L. و همکاران. (2021) "سازماندهی سه بعدی و تنظیم مجدد ژنوم بینش در مورد پاتوژنز NAFLD توسط یکپارچه HI-C ، نانوپور و توالی RNA" ،Acta Pharmaceutica sinica b، 11 (10) ، صص 3150-3164. doi: 10.1016/j.apsb.2021.03.022.