با سه گزینه ممکن برای انتخاب بسته به درجه مورد نظر کامل بودن ژنوم:
گزینه ژنوم پیش نویس: توالی کوتاه خواندن با Illumina Novaseq PE150.
گزینه ژنوم خوب قارچی:
بررسی ژنوم: Illumina Novaseq PE150.
مونتاژ ژنوم: Pacbio Revio (HIFI می خواند) یا Promethion 48 نانوپور.
ژنوم قارچی سطح کروموزوم:
بررسی ژنوم: Illumina Novaseq PE150.
مونتاژ ژنوم: Pacbio Revio (HIFI می خواند) یا Promethion 48 نانوپور.
لنگر انداختن با مونتاژ HI-C.
●استراتژی توالی چندگانه موجود است: برای اهداف مختلف تحقیق و الزامات کامل بودن ژنوم
●گردش کار کامل بیوانفورماتیک:این شامل مونتاژ ژنوم و پیش بینی عناصر ژنومی متعدد ، حاشیه نویسی ژن عملکردی و لنگر انداختن Contig است.
●تخصص گسترده: با مونتاژ بیش از 12000 ژنوم میکروبی ، ما بیش از یک دهه تجربه ، یک تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر ، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آوریم.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات 3 ماهه پس از فروش است. در این مدت ، ما پیگیری پروژه ، کمک عیب یابی و جلسات پرسش و پاسخ را برای رسیدگی به هرگونه سؤالات مربوط به نتایج ارائه می دهیم.
خدمت | استراتژی توالی | کنترل کیفیت |
پیش نویس ژنوم | Illumina PE150 100x | q30≥85 ٪ |
ژنوم خوب | بررسی ژنوم: Illumina PE150 50 x مونتاژ: PACBIO HIFI 30X یا NANOPORE 100X | contig n50 ≥1mb (pacbio unicellular contig n50 ≥2mb (ont unicellular Contig N50 ≥500kb (دیگران |
ژنوم در سطح کروموزوم | بررسی ژنوم: Illumina PE150 50 x مونتاژ: PACBIO HIFI 30X یا NANOPORE 100X مونتاژ HI-C 100 برابر | نسبت لنگرگاه Contig> 90 ٪
|
غلظت (ng/μl) | مقدار کل (میکروگرم) | حجم (میکرولیتر) | OD260/280 | OD260/230 | |
پستان | ≥ 20 | ≥ 2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
نانوپور | ≥ 40 | ≥ 2 | ≥ 20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
ایلومینا | ≥1 | .0.06 | ≥ 20 | - | - |
قارچ تک سلولی: ≥3.5x1010 سلولها
قارچ ماکرو: 10 گرم
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
بررسی ژنوم:
مونتاژ ژنوم خوب:
HI-C مونتاژ:
بررسی ژنوم: توزیع K-Mer
مونتاژ ژنوم: حاشیه نویسی همولوگ ژن (پایگاه داده NR)
مونتاژ ژنوم: حاشیه نویسی ژن عملکردی (GO)
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات مونتاژ ژنوم قارچی BMKGENE را از طریق مجموعه ای از انتشارات ، کشف کنید.
هائو ، جی. و همکاران. (2023) "پروفایل یکپارچه OMIC از قارچ دارویی inonotus obliquus در شرایط غوطه ور ،"ژنومیک BMC، 24 (1) ، صص 1-12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/شکل/3.
لو ، ل. و همکاران. (2023) "توالی ژنوم تکامل و مکانیسم های بیماری زا از پاتوژن شدید گندم Rhizoctonia serealis را نشان می دهد ،مجله محصول، 11 (2) ، صص 405-416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
ژانگ ، H. و همکاران. (2023) "منابع ژنوم برای چهار گونه Clarireedia که باعث ایجاد دلار در چمن های مختلف می شود" ،بیماری گیاهی، 107 (3) ، صص 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
ژانگ ، SS و همکاران. (2023) "شواهد ژنتیکی و مولکولی یک سیستم جفت گیری تتراپولار در قارچ خوراکی Grifola Frondosa" ،مجله قارچ، 9 (10) ، ص. 959. doi: 10.3390/jof9100959/s1.