تجزیه و تحلیل mRNA یوکاریوتی (گزینه های مرجع و گزینه های de novo موجود)
این خط لوله از داده های NGS RNA-SEQ به عنوان ورودی استفاده می کند و نتایج حاصل از چندین تجزیه و تحلیل پایین دست را شامل می شود از جمله اما محدود به: توالی ارزیابی کیفیت داده ها ،دن نووحاشیه نویسی سایت رونویسی ، تجزیه و تحلیل ترکیبی متغیر ، تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل ، حاشیه نویسی عملکرد و تجزیه و تحلیل غنی سازی.
تجزیه و تحلیل RNA طولانی غیر کد کننده
RNA های غیر کد کننده طولانی (lncRNA) رونوشت های غیر کد کننده با طول بیش از 200 نانومتر هستند و به عنوان نقش در سازمان و تنظیم کروماتین شناخته می شوند. فن آوری های توالی با توان بالا و بیوانفورماتیک توالی های LNCRNA درک ما و اطلاعات موقعیت یابی را برای شناسایی LNCRNA ها با عملکردهای نظارتی مهم فراهم کرده است. این خط لوله علاوه بر تجزیه و تحلیل های ذکر شده در خط لوله تجزیه و تحلیل mRNA یوکاریوتی ، تجزیه و تحلیل lncRNA را ارائه می دهد.
16S/18S/توالی آمپلیکون آن
خط لوله تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی توالی آمپلیکون بر اساس سالها تجربه در تجزیه و تحلیل پروژه تنوع میکروبی توسعه داده شد. خط لوله شامل تجزیه و تحلیل اساسی استاندارد است ، که شامل محتوای تجزیه و تحلیل اصلی تحقیقات میکروبی فعلی و تجزیه و تحلیل شخصی است. گزارش تجزیه و تحلیل غنی و جامع است و گزینه انجام تحلیل شخصی متنوع است. علاوه بر این ، برای سفارشی سازی و کنترل اضافی می توان نمونه ها و گروه ها را در پرواز اصلاح کرد.
تجزیه و تحلیل متاگنومیک اسلحه
خط لوله تجزیه و تحلیل متاگنومیک شلیک شده از داده های NGS از مواد ژنومی مخلوط شده از نمونه های محیطی استفاده می کند. تجزیه و تحلیل شامل اطلاعات مفصلی در مورد تنوع و فراوانی گونه ها ، ساختار جمعیت ، رابطه فیلوژنتیک ، ژنهای عملکردی و شبکه های همبستگی با عوامل محیطی ارائه می دهد.
تجزیه و تحلیل نوع NGS-WGS
تجزیه و تحلیل نوع NGS-WGS یک خط لوله تشخیص یک نوع یکپارچه است که کنترل کیفیت داده ها ، تراز توالی ، حاشیه نویسی و تجزیه و تحلیل جهش ژن را انجام می دهد. خط لوله از بهترین روشهای GATK برای تشخیص SNP و Indel پیروی می کند و از Manta برای فراخوانی ساختاری استفاده می کند.
مطالعه انجمن گسترده ژنوم (GWAS)
خط لوله GWAS یک تجزیه و تحلیل پایین دست است که پرونده های VCF قبلاً تولید شده و داده های فنوتیپ مربوطه را برای یک گروه از افراد به عنوان ورودی تولید می کند. با استفاده از روشهای آماری خاص ، GWAS با هدف کشف تغییرات نوکلئوتید در سراسر ژنوم با تفاوت های فنوتیپی ارتباط دارد. این نقش اساسی در کاوش ژنهای عملکردی مرتبط با بیماریهای پیچیده انسانی و صفات پیچیده در گیاهان و حیوانات ایفا می کند.
تجزیه و تحلیل تفکیک فله (BSA)
تجزیه و تحلیل BSA شامل جمع کردن افراد با صفات شدید فنوتیپی از جمعیت تفکیک کننده است. با مقایسه مکانهای دیفرانسیل بین نمونه های مخلوط ، این رویکرد به سرعت نشانگرهای مولکولی مرتبط با ژن های هدف را مشخص می کند. به طور گسترده در نقشه برداری ژنتیکی گیاهان و حیوانات مورد استفاده قرار می گیرد ، این یک ابزار ارزشمند برای پرورش با کمک نشانگر است.
تجزیه و تحلیل ژنتیک تکاملی
تجزیه و تحلیل ژنتیک تکاملی باعث افزایش گردش کار BMKGENE در پروژه های تکامل ژنتیکی می شود و شامل ساخت درخت فیلوژنتیک ، تجزیه و تحلیل عدم تعادل پیوند ، ارزیابی تنوع ژنتیکی ، شناسایی رفت و آمد انتخابی ، تجزیه و تحلیل خویشاوندی ، تجزیه و تحلیل مؤلفه اصلی و خصوصیات ساختار جمعیت است.
