تعیین توالی mRNA تمام طول - PacBio
ویژگی ها
● سنتز cDNA از mRNA poly-A به دنبال آماده سازی کتابخانه
● توالی در حالت CCS، تولید خواندن HiFi
● توالی رونوشت های تمام قد
● تجزیه و تحلیل نیازی به ژنوم مرجع ندارد. با این حال، ممکن است به کار گرفته شود
● تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک تجزیه و تحلیل رونوشت‌های ایزوفرم lncRNA، همجوشی‌های ژن، پلی آدنیلاسیون و ساختار ژن را امکان‌پذیر می‌سازد.
مزایای خدمات
●دقت بالا: خواندن HiFi با دقت >99.9% (Q30)، قابل مقایسه با NGS
● تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال: توالی کل رونوشت ها شناسایی و مشخصه سازی ایزوفرم را امکان پذیر می کند
●تخصص گسترده: تیم ما با سابقه تکمیل بیش از 1100 پروژه رونویسی تمام قد PacBio و پردازش بیش از 2300 نمونه، تجربه زیادی را برای هر پروژه به ارمغان می آورد.
●پشتیبانی پس از فروش: تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیب‌یابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه می‌دهیم.
نمونه مورد نیاز و تحویل
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| کتابخانه mRNA CCS غنی شده با PolyA | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 گیگابایت 5/10 M CCS | Q30≥85% |
نمونه مورد نیاز:
نوکلئوتیدها:
● گیاهان:
ریشه، ساقه یا گلبرگ: 450 میلی گرم
برگ یا دانه: 300 میلی گرم
میوه: 1.2 گرم
● حیوان:
قلب یا روده: 300 میلی گرم
احشاء یا مغز: 240 میلی گرم
عضله: 450 میلی گرم
استخوان، مو یا پوست: 1 گرم
● بندپایان:
حشرات: 6 گرم
سخت پوستان: 300 میلی گرم
● خون کامل: 1 لوله
● سلول ها: 106 سلول ها
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | خلوص | صداقت |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 آلودگی پروتئین یا DNA محدود یا بدون آلودگی روی ژل نشان داده شده است. | برای گیاهان: RIN≥7.5; برای حیوانات: RIN≥8.0؛ 5.0≥ 28S/18S≥1.0؛ ارتفاع پایه محدود یا بدون ارتفاع |
تحویل نمونه توصیه شده
ظرف: لوله سانتریفیوژ 2 میلی لیتری (فیل قلع توصیه نمی شود)
برچسب زدن نمونه: گروه + تکرار به عنوان مثال A1، A2، A3. B1، B2، B3.
حمل و نقل:
1. یخ خشک: نمونه ها باید در کیسه های بسته بندی شده و در یخ خشک دفن شوند.
2. لوله های پایدار RNA: نمونه های RNA را می توان در لوله تثبیت کننده RNA (به عنوان مثال RNAstable®) خشک کرد و در دمای اتاق حمل کرد.
جریان کار خدمات
طراحی آزمایش
تحویل نمونه
استخراج RNA
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
● کنترل کیفیت داده های خام
● آنالیز پلی دنیلاسیون جایگزین (APA)
● تجزیه و تحلیل رونوشت فیوژن
● تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال
● تحلیل ارتولوگهای تک نسخه ای جهانی (BUSCO).
● تحلیل رونوشت جدید: پیش‌بینی دنباله‌های کدگذاری (CDS) و حاشیه‌نویسی عملکردی
● تجزیه و تحلیل lncRNA: پیش بینی lncRNA و اهداف
● شناسایی میکروماهواره (SSR)
تجزیه و تحلیل BUSCO
تجزیه و تحلیل جایگزینی اتصال
آنالیز جایگزین پلی آدنیلاسیون (APA)
حاشیه نویسی کاربردی رونوشت های رمان
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس‌های توالی‌یابی mRNA تمام‌قد Nanopore BMKGene را در این نشریه برجسته بررسی کنید.
Ma، Y. و همکاران. (2023) "تحلیل مقایسه ای روش های توالی یابی RNA PacBio و ONT برای شناسایی سم Nemopilema Nomurai"، Genomics، 115(6)، ص. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
چائو، کیو و همکاران. (2019) "دینامیک تکاملی رونوشت ساقه Populus"، مجله بیوتکنولوژی گیاهی، 17(1)، صفحات 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
دنگ، اچ و همکاران. (2022) 'تغییرات دینامیکی در محتوای اسید اسکوربیک در طول رشد و رسیدن میوه Actinidia latifolia (یک محصول میوه غنی از آسکوربات) و مکانیسم های مولکولی مرتبط'، مجله بین المللی علوم مولکولی، 23 (10)، ص. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. و همکاران. (2022) "پیش بینی موثر ژن های مسیر بیوسنتزی درگیر در پلی فیلین های فعال زیستی در پلی فیلا پاریس"، Communications Biology 2022 5:1، 5(1)، صفحات 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
لیو، ام. و همکاران. (2023) "تحلیل ترکیبی PacBio Iso-Seq و Illumina RNA-Seq از ژن های Tuta absoluta (Meyrick) و سیتوکروم P450"، حشرات، 14(4)، ص. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانگ، لیجون و همکاران. (2019) "بررسی پیچیدگی رونوشت با استفاده از تجزیه و تحلیل بیدرنگ تک مولکولی PacBio همراه با توالی یابی RNA ایلومینا برای درک بهتر بیوسنتز اسید ریسینولئیک در Ricinus communis"، BMC Genomics، 20(1)، صفحات 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
