محصولات

*نتایج آزمایشی نشان داده شده در اینجا همه از ژنوم های منتشر شده با Biomarker Technologies هستند

1. برآورد زمان درج LTR: شکل یک توزیع دووجهی منحصر به فرد را در زمان درج LTR-RTs در ژنوم چاودار Weining در مقایسه با سایر گونه ها نشان می دهد. جدیدترین قله حدود 0.5 میلیون سال پیش ظاهر شد.

لی گوانگ و همکاران،ژنتیک طبیعت، 2021

2. فیلوژنی و تجزیه و تحلیل خانواده ژنی روی چایوت (Sechium edule): با تجزیه و تحلیل چایوت و 13 گونه مرتبط دیگر در خانواده ژنی، چایوت با کدو مار (Trichosanthes anguina) نزدیکترین ارتباط را نشان داد. کایوت مشتق شده از کدو مار در حدود 27-45 میال و تکثیر کل ژنوم (WGD) در کایوت در 4±25 میا مشاهده شد که سومین رویداد WGD در cucuibitaceae است.

فو آ و همکاران،تحقیقات باغبانی، 2021

3. تجزیه و تحلیل Synteny: برخی از ژن های مربوط به فیتوهورمون در رشد میوه در چایوت، کدو مار و کدو پیدا شد. همبستگی بین چایوت و کدو حلوایی کمی بیشتر از همبستگی بین چایوت و کدو مار است.

فو آ و همکاران،تحقیقات باغبانی، 2021

4. تجزیه و تحلیل خانواده ژن: غنی سازی KEGG بر گسترش و انقباض خانواده ژن در ژنوم G.thurberi و G.davidsonii نشان داد که بیوسنتز استروئید و ژن های مرتبط با بیوسنتز براسینوستروئید گسترش یافته است.

یانگ زی و همکاران،زیست شناسی BMC، 2021

5. تجزیه و تحلیل تکثیر کل ژنوم: تجزیه و تحلیل توزیع 4DTV و Ks رویداد تکثیر کل ژنوم را نشان داد. قله های درون گونه ای رویدادهای تکراری را نشان می دهد. قله های بین گونه ای رویدادهای گونه زایی را نشان می دهد. تجزیه و تحلیل نشان داد که در مقایسه با سه گونه دیگر که از نزدیک به هم مرتبط هستند، O. europaea اخیراً از طریق یک تکرار ژن در مقیاس بزرگ انجام شد.

رائو جی و همکاران،تحقیقات باغبانی، 2021

کیس BMK

گل رز بدون خار: بینش ژنومی مرتبط با سازگاری با رطوبت

منتشر شده: بررسی ملی علوم، 2021

استراتژی توالی:

بیسیبی خار(ر.ویچوراینان) ژنوم:
تقریبا 93 X PacBio + تقریبا. 90 X Nanopore + 267 X Illumina

نتایج کلیدی

1. ژنوم R.wichuraiana با کیفیت بالا با استفاده از تکنیک‌های توالی‌یابی طولانی مدت ساخته شد که مجموعه‌ای 530.07 مگابایت به دست می‌دهد (اندازه ژنوم تخمینی تقریباً 525.9 مگابایت توسط فلوسیتومتری و 525.5 توسط بررسی ژنومی - هتروزیگوسیتی حدود 1.0 درصد بود. امتیاز تخمینی BUSCO 93.9٪ بود. در مقایسه با "رژگونه قدیمی" (haploOB)، کیفیت و کامل بودن این ژنوم با دقت پایه تک پایه و شاخص مونتاژ LTR (LAI=20.03) تایید شد. ژنوم R.wichuraiana حاوی 32674 ژن کد کننده پروتئین است.

2. تجزیه و تحلیل مشترک چند omics، متشکل از ژنومیکس مقایسه ای، ترانس کریپتومیکس، تجزیه و تحلیل QTL جمعیت ژنتیکی، گونه زایی حیاتی بین R. wichuraiana و Rosa chinensis را نشان داد. همچنین، تنوع بیان ژن‌های مرتبط در QTL احتمالاً با الگوی خارهای ساقه مرتبط است.

تجزیه و تحلیل مقایسه ای ژنومیک بین Basye;s Thornless و Rosa chinensis شامل تجزیه و تحلیل synteny، خوشه خانواده ژن، تجزیه و تحلیل گسترش و انقباض، تعداد زیادی از تغییرات را نشان داد که مربوط به صفات حیاتی در گل رز است. گسترش منحصر به فرد در خانواده ژن NAC و FAR1/FRS به احتمال زیاد با مقاومت در برابر لکه سیاه همراه است.

ژونگ، ام.، و همکاران. "رز بدون خار: بینش ژنومی مرتبط با سازگاری با رطوبت"بررسی ملی علوم، 2021؛ nwab092.