BMKMANU S3000_SPATIAL متن
طرح فنی رونوشت فضایی BMKMANU S3000
ویژگی
- وضوح: 3.5 میکرومتر
- قطر نقطه: 2.5 میکرومتر
- تعداد لکه ها: تقریباً 4 میلیون
- 3 فرمت منطقه ضبط احتمالی: 6.8 میلی متر * 6.8 میلی متر ، 11 میلی متر * 11 میلی متر یا 15 میلی متر * 20 میلی متر
- هر مهره بارکد شده با آغازگرهای تشکیل شده از 4 بخش بارگذاری شده است:
• دم پلی (dt) برای چیدن برگهای mRNA و سنتز cDNA ،
• شناسه مولکولی منحصر به فرد (UMI) برای اصلاح تعصب تقویت
• بارکد مکانی
• دنباله اتصال از آغازگر توالی 1 خوانده شده جزئی
- H&E و رنگ آمیزی فلورسنت بخش ها
- امکان استفاده از فناوری تقسیم سلولی: ادغام رنگ آمیزی H&E ، رنگ آمیزی فلورسنت و توالی RNA برای تعیین مرزهای هر سلول و به درستی بیان ژن به هر سلول. پردازش تجزیه و تحلیل پروفایل مکانی پایین دست بر اساس سطل سلول.
- امکان دستیابی به تجزیه و تحلیل وضوح چند سطحی: تجزیه و تحلیل چند سطحی انعطاف پذیر از 100um تا 3.5 UM برای حل ویژگی های بافت متنوع در وضوح بهینه.
مزایای BMKMANU S3000
-دو برابر کردن نقاط ضبط به 4 میلیون: با وضوح بهبود یافته 3.5 UM که منجر به ژن بالاتر و تشخیص UMI در هر سلول می شود. این منجر به بهبود خوشه بندی سلول ها بر اساس پروفایل های رونویسی ، با جزئیات دقیق تر که با ساختار بافت ها مطابقت دارد.
- وضوح زیر سلولی:هر منطقه ضبط حاوی> 2 میلیون لکه بارکد شده مکانی با قطر 2.5 میکرومتر و فاصله 5 میکرومتر بین مراکز نقطه ای ، امکان تجزیه و تحلیل رونویسی مکانی با وضوح زیر سلولی (5 میکرومتر).
-تجزیه و تحلیل وضوح چند سطحی:تجزیه و تحلیل چند سطحی انعطاف پذیر از 100 میکرومتر تا 5 میکرومتر برای حل ویژگی های بافت متنوع در وضوح بهینه.
جدیدامکان استفاده از فناوری تقسیم سلولی "سه در یک اسلاید":با ترکیب رنگ آمیزی فلورسانس ، رنگ آمیزی H&E و توالی RNA بر روی یک اسلاید واحد ، الگوریتم تجزیه و تحلیل "سه در یک" ما باعث می شود که مرزهای سلولی را برای رونویسی مبتنی بر سلول های بعدی تقویت کند.
جدیدسازگار با سیستم عامل توالی چندگانه: هر دو NGS و توالی طولانی خوانده شده در دسترس هستند.
جدیدطراحی انعطاف پذیر 1-8 منطقه ضبط فعال: اندازه منطقه ضبط انعطاف پذیر است ، برای استفاده از 3 قالب (6.8 میلی متر * 6.8 میلی متر ، 11 میلی متر * 11 میلی متر و 15 میلی متر * 20 میلی متر)
جدیدسرویس یک مرحله ای: تمام مراحل تجربه و مهارت های مبتنی بر مهارت ، از جمله Cryo بخش ، رنگ آمیزی ، بهینه سازی بافت ، بارکد فضایی ، تهیه کتابخانه ، توالی و بیوانفورماتیک را ادغام می کند.
جدیدبیوانفورماتیک جامع و تجسم کاربر پسند نتایج:بسته شامل 29 تجزیه و تحلیل و 100+ شکل با کیفیت بالا ، همراه با استفاده از نرم افزار توسعه یافته داخلی برای تجسم و سفارشی کردن تقسیم سلول و خوشه بندی Spot است.
جدیدتجزیه و تحلیل داده های سفارشی و تجسم: برای درخواست های تحقیقاتی مختلف در دسترس است
جدیدتیم فنی بسیار ماهر: با تجربه در بیش از 250 نوع بافت و 100+ گونه از جمله انسان ، موش ، پستاندار ، ماهی و گیاهان.
جدیدبه روزرسانی های زمان واقعی در کل پروژه: با کنترل کامل پیشرفت تجربی.
جدیدتجزیه و تحلیل مفصل اختیاری با توالی mRNA تک سلولی
مشخصات خدماتی
| نمونه مورد نیاز | کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شوند | کنترل کیفیت |
| نمونه های کریو تعبیه شده اکتبر (قطر بهینه: تقریبا. 6 × 6 × 6 میلی متر مربع) 2 بلوک در هر نمونه 1 برای آزمایش ، 1 برای پشتیبان گیری | کتابخانه cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE در هر 100 میلی متر (250 گیگابایت) می خواند | رین> 7 |
برای کسب اطلاعات بیشتر در مورد راهنمای آماده سازی نمونه و گردش کار خدمات ، لطفاً با یک صحبت کنیدمتخصص BMKGENE
جریان کار خدمات
در مرحله آماده سازی نمونه ، یک آزمایش استخراج RNA فله اولیه برای اطمینان از دستیابی به RNA با کیفیت بالا انجام می شود. در مرحله بهینه سازی بافت ، بخش ها رنگ آمیزی و تجسم می شوند و شرایط نفوذپذیری برای انتشار mRNA از بافت بهینه می شود. پروتکل بهینه شده سپس در هنگام ساخت کتابخانه اعمال می شود و به دنبال آن توالی و تجزیه و تحلیل داده ها انجام می شود.
گردش کار کامل خدمات شامل به روزرسانی های زمان واقعی و تأیید مشتری برای حفظ یک حلقه بازخورد پاسخگو ، اطمینان از اجرای صاف پروژه است.
داده های تولید شده توسط BMKMANU S3000 با استفاده از نرم افزار "BSTMATRIX" ، که به طور مستقل توسط BMKGENE طراحی شده است ، ایجاد می شود ، سطح سلول و ماتریس بیان ژن وضوح چند سطحی را ایجاد می کند. از آنجا ، یک گزارش استاندارد تولید می شود که شامل کنترل کیفیت داده ها ، تجزیه و تحلیل نمونه داخلی و تجزیه و تحلیل بین گروهی است.
- کنترل کیفیت داده ها:
- خروجی داده ها و توزیع نمره کیفیت
- تشخیص ژن در هر نقطه
- پوشش بافت
- تجزیه و تحلیل نمونه داخلی:
- غنای ژن
- خوشه بندی Spot ، از جمله تجزیه و تحلیل ابعاد کاهش یافته
- تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل بین خوشه ها: شناسایی ژنهای نشانگر
- حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
- تجزیه و تحلیل بین گروهی
-ترکیب مجدد لکه ها از هر دو نمونه (به عنوان مثال بیمار و کنترل) و دوباره خوشه
- شناسایی ژن های نشانگر برای هر خوشه
- حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
- بیان دیفرانسیل همان خوشه بین گروهها
علاوه بر این ، BMKGENE توسعه یافته "BSTViewer" ابزاری کاربر پسند است که کاربر را قادر می سازد تا بیان ژن و خوشه بندی Spot را در وضوح مختلف تجسم کند.
BMKGENE خدمات پروفایل فضایی را با وضوح دقیق تک سلولی (بر اساس سطل سلول یا سطل مربع چند سطحی از 100um تا 3.5um) ارائه می دهد.
داده های پروفایل مکانی از بخش های بافتی در اسلاید S3000 به خوبی در زیر انجام شده است.
مطالعه موردی 1: مغز موش
تجزیه و تحلیل بخش مغز ماوس با S3000 منجر به شناسایی 94000 000 سلول ، با توالی متوسط ژن 2000 ~ در هر سلول شد. وضوح بهبود یافته 3.5 UM منجر به خوشه بندی بسیار مفصلی از سلولها بر اساس الگوهای رونویسی شد ، با خوشه سلولها که از ساختارهای متمایز مغز تقلید می کنند. این به راحتی با تجسم توزیع سلولهای خوشه ای به عنوان الیگودندروسیت ها و سلول های میکروگلیا ، که به ترتیب تقریباً در ماده خاکستری و سفید قرار دارند ، مشاهده می شود.
مطالعه موردی 2: جنین ماوس
تجزیه و تحلیل یک بخش جنین موش با S3000 منجر به شناسایی 2200 000 000 پوند ، با توالی متوسط 1600 ~ ژن در هر سلول شد. وضوح بهبود یافته 3.5 UM منجر به خوشه بندی بسیار دقیق سلول ها بر اساس الگوهای رونویسی ، با 12 خوشه در ناحیه چشم و 28 خوشه در ناحیه مغز شد.
خوشه بندی سلول تجزیه و تحلیل نمونه داخلی:
شناسایی ژن های نشانگر و توزیع مکانی:
-وضوح زیر سلولی بالاتر: در مقایسه با اسلاید S1000 ، هر منطقه ضبط S3000 حاوی> 4 میلیون لکه بارکد مکانی با قطر 2.5 میکرومتر و فاصله 3.5 میکرومتر بین مراکز لکه دار ، امکان تجزیه و تحلیل رونوشت مکانی با وضوح زیر سلولی بالاتر (سطل مربع: 3.5 میکرومتر).
- راندمان ضبط بالاتر: در مقایسه با اسلاید S1000 ، median_umi از 30 ٪ به 70 ٪ افزایش می یابد ، median_gene از 30 ٪ به 60 ٪ افزایش می یابد
طرح تراشه S1000:
طرح تراشه S3000:
