رونوشت فضایی BMKMANU S1000
طرح فنی رونوشت فضایی BMKMANU S1000
ویژگی ها
● وضوح: 5 میکرومولار
● قطر لکه: 2.5 میکرومولار
● تعداد لکه ها: تقریباً 2 میلیون
● 3 فرمت ممکن منطقه عکسبرداری: 6.8 میلی متر * 6.8 میلی متر، 11 میلی متر * 11 میلی متر یا 15 میلی متر * 20 میلی متر
● هر مهره بارکد شده با پرایمرهای متشکل از 4 بخش بارگیری می شود:
دم پلی (dT) برای پرایم mRNA و سنتز cDNA
شناسه مولکولی منحصر به فرد (UMI) برای اصلاح بایاس تقویت
بارکد فضایی
دنباله اتصال پرایمر توالی یابی جزئی خواندن 1
● رنگ آمیزی H&E و فلورسنت مقاطع
● امکان استفادهفناوری تقسیم بندی سلولی: ادغام رنگ‌آمیزی H&E، رنگ‌آمیزی فلورسنت و توالی‌یابی RNA برای تعیین مرزهای هر سلول و تخصیص صحیح بیان ژن به هر سلول.
مزایای BMKMANU S1000
●وضوح زیر سلولی: هر منطقه ضبط حاوی بیش از 2 میلیون نقطه بارکد فضایی با قطر 2.5 میکرومتر و فاصله 5 میکرومتر بین مراکز نقطه بود که امکان تجزیه و تحلیل رونوشت فضایی با وضوح زیر سلولی (5 میکرومتر) را فراهم می کرد.
●تجزیه و تحلیل وضوح چند سطحی:تجزیه و تحلیل چند سطحی انعطاف پذیر از 100 میکرومتر تا 5 میکرومتر برای حل ویژگی های بافت متنوع در وضوح مطلوب.
●امکان استفاده از فناوری تقسیم سلولی "سه در یک اسلاید":با ترکیب رنگ‌آمیزی فلورسانس، رنگ‌آمیزی H&E، و توالی‌یابی RNA در یک اسلاید، الگوریتم تجزیه و تحلیل "سه در یک" ما شناسایی مرزهای سلولی را برای رونویسی مبتنی بر سلول بعدی توانمند می‌سازد.
●سازگار با پلتفرم های توالی چندگانه: هم NGS و هم توالی خوانده شده طولانی در دسترس هستند.
●طراحی انعطاف پذیر 1-8 منطقه ضبط فعال: اندازه منطقه عکسبرداری انعطاف پذیر است، امکان استفاده از 3 فرمت (6.8 میلی متر * 6.8 میلی متر، 11 میلی متر * 11 میلی متر و 15 میلی متر * 20 میلی متر) وجود دارد.
●سرویس یک مرحله ای: تمام مراحل مبتنی بر تجربه و مهارت، از جمله برش انجمادی، رنگ‌آمیزی، بهینه‌سازی بافت، بارکدگذاری فضایی، آماده‌سازی کتابخانه، توالی‌یابی و بیوانفورماتیک را ادغام می‌کند.
●بیوانفورماتیک جامع و تجسم کاربر پسند نتایج:بسته شامل 29 تجزیه و تحلیل و 100+ شکل با کیفیت بالا، همراه با استفاده از نرم‌افزار توسعه‌یافته داخلی برای تجسم و سفارشی‌سازی تقسیم سلولی و خوشه‌بندی نقطه‌ای است.
●تجزیه و تحلیل و تجسم داده های سفارشی: در دسترس برای درخواست های تحقیقاتی مختلف
●تیم فنی با مهارت بالا: با تجربه در بیش از 250 نوع بافت و 100+ گونه از جمله انسان، موش، پستاندار، ماهی و گیاه.
●به روز رسانی در زمان واقعی در کل پروژه: با کنترل کامل پیشرفت تجربی.
●تجزیه و تحلیل مشترک اختیاری با تعیین توالی mRNA تک سلولی
مشخصات خدمات
|
نمونه الزامات
| کتابخانه |
استراتژی توالی
| داده ها توصیه می شود | کنترل کیفیت |
| نمونه های کرایو تعبیه شده در OCT، 3 بلوک در هر نمونه | کتابخانه cDNA S1000 | Illumina PE150 (سایر پلتفرم های موجود) | 100K خواندن PE در 100 uM (60-150 گیگابایت) | RIN> 7 |
برای جزئیات بیشتر در مورد راهنمای آماده‌سازی نمونه و گردش کار خدمات، لطفاً با a صحبت کنیدکارشناس BMKGENE
جریان کار خدمات
در مرحله آماده سازی نمونه، یک آزمایش اولیه استخراج RNA حجیم انجام می شود تا اطمینان حاصل شود که یک RNA با کیفیت بالا می تواند به دست آید. در مرحله بهینه سازی بافت، مقاطع رنگ آمیزی و تجسم می شوند و شرایط نفوذپذیری برای آزادسازی mRNA از بافت بهینه می شود. سپس پروتکل بهینه شده در طول ساخت کتابخانه و سپس توالی یابی و تجزیه و تحلیل داده ها اعمال می شود.
گردش کار خدمات کامل شامل به‌روزرسانی‌های بلادرنگ و تأیید مشتری برای حفظ یک حلقه بازخورد پاسخگو است که اجرای نرم و روان پروژه را تضمین می‌کند.
داده های تولید شده توسط BMKMANU S1000 با استفاده از نرم افزار "BSTMatrix" که به طور مستقل توسط BMKGENE طراحی شده است، تجزیه و تحلیل می شود و یک ماتریس بیان ژن ایجاد می کند. از آنجا، یک گزارش استاندارد تولید می شود که شامل کنترل کیفیت داده ها، تجزیه و تحلیل نمونه داخلی و تجزیه و تحلیل بین گروهی است.
● کنترل کیفیت داده ها:
خروجی داده و توزیع امتیاز کیفیت
تشخیص ژن در هر نقطه
پوشش بافت
● تجزیه و تحلیل نمونه داخلی:
غنای ژنی
خوشه بندی نقطه ای، از جمله تحلیل ابعاد کاهش یافته
تجزیه و تحلیل بیان دیفرانسیل بین خوشه ها: شناسایی ژن های نشانگر
حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
● تحلیل بین گروهی:
ترکیب مجدد لکه ها از هر دو نمونه (مثلاً بیمار و شاهد) و خوشه مجدد
شناسایی ژن های نشانگر برای هر خوشه
حاشیه نویسی عملکردی و غنی سازی ژن های نشانگر
بیان دیفرانسیل از همان خوشه بین گروه ها
علاوه بر این، BMKGENE توسعه داده "BSTViewer" یک ابزار کاربر پسند است که کاربر را قادر می سازد بیان ژن و خوشه بندی نقطه ای را در وضوح های مختلف تجسم کند.
BMKGene نرم افزاری را برای تجسم کاربر پسند توسعه داد
خوشه بندی نقطه BSTViewer در وضوح چند سطحی
BSTCellViewer: تقسیم خودکار و دستی سلول
تجزیه و تحلیل نمونه داخلی
خوشه بندی نقطه ای:
شناسایی ژن های نشانگر و توزیع فضایی:
تحلیل بین گروهی
ترکیب داده‌ها از هر دو گروه و خوشه‌بندی مجدد:
ژن های نشانگر خوشه های جدید:
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط خدمات رونویسی فضایی BMKGene با فناوری BMKManu S1000 را در این نشریه برجسته کاوش کنید:
Song, X. et al. (2023) "ترنسکریپتومیکس فضایی سلول های کلرانشیم القا شده با نور را نشان می دهد که در ترویج بازسازی شاخه در کالوس گوجه فرنگی نقش دارند".مجموعه مقالات آکادمی ملی علوم ایالات متحده آمریکا، 120 (38)، ص. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
شما، Y. و همکاران. (2023) "مقایسه سیستماتیک روشهای رونویسی فضایی مبتنی بر توالی"،bioRxiv، ص 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
