مونتاژ ژنوم باکتری De novo
ما یک سرویس کامل مونتاژ ژنوم باکتریایی ارائه می دهیم که 0 شکاف را تضمین می کند. این امر با ادغام فناوری‌های توالی‌خوانی طولانی، مانند Nanopore و PacBio برای مونتاژ و توالی‌خوانی کوتاه با Illumina برای اعتبارسنجی اسمبلی و تصحیح خطای خواندن‌های ONT امکان‌پذیر است. خدمات ما گردش کار بیوانفورماتیک کامل را از مونتاژ، حاشیه نویسی عملکردی و تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیک پیشرفته ارائه می دهد و اهداف تحقیقاتی خاص را برآورده می کند. این سرویس توسعه ژنوم های مرجع دقیق را برای مطالعات مختلف ژنتیکی و ژنومی امکان پذیر می کند. علاوه بر این، پایه و اساس کاربردهایی مانند بهینه‌سازی سویه، مهندسی ژنتیک و توسعه فناوری میکروبی را تشکیل می‌دهد و از داده‌های ژنومی قابل اعتماد و بدون شکاف برای پیشبرد بینش‌های علمی و نوآوری‌های بیوتکنولوژیکی بسیار مهم است.
ویژگی های خدمات
● با دو گزینه ممکن برای انتخاب بسته به درجه مورد نظر از کامل بودن ژنوم.
● گزینه پیش نویس ژنوم: توالی خوانی کوتاه با Illumina NovaSeq PE150.
● ژنوم شکاف 0 را کامل کنید.
● توالی خوانی طولانی در Nanopore PromethION 48 یا PacBio Revio برای مونتاژ ژنوم.
● توالی یابی کوتاه در Illumina NovaSeq برای اعتبارسنجی ژنوم و تصحیح خطا (Nanopore) یا برای تولید پیش نویس ژنوم.
مزایای خدمات
●ژنوم صفر شکاف تضمین شده است: این به دلیل ادغام توالی یابی Illumina با توالی خوانی طولانی (Nanopore یا PacBio) است.
●گردش کار کامل بیوانفورماتیک:این شامل مونتاژ ژنوم و پیش‌بینی چندین عنصر ژنومی، حاشیه‌نویسی ژن عملکردی، و تجسم ژنوم مانند طرح سیرکوس است.
●تخصص گسترده: با بیش از 20000 ژنوم میکروبی مونتاژ شده، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه، تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آورد.
●پشتیبانی پس از فروش:تعهد ما فراتر از اتمام پروژه با یک دوره خدمات پس از فروش 3 ماهه است. در طول این مدت، ما پیگیری پروژه، کمک عیب‌یابی، و جلسات پرسش و پاسخ را برای پاسخگویی به هرگونه سؤال مرتبط با نتایج ارائه می‌دهیم.
●استراتژی های توالی چندگانه موجود:برای اهداف مختلف تحقیقاتی و الزامات کامل بودن ژنوم.
مشخصات خدمات
| خدمات | استراتژی توالی |
| پیش نویس ژنوم | Illumina PE150 100x |
| 0 ژنوم شکاف | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (اختیاری) |
نمونه مورد نیاز:
| غلظت (ng/µL) | مقدار کل (μg) | حجم (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1.2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.0 |
| نانوپور | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| ایلومینا | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
· باکتری: ≥3.5x1010 سلول ها
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
● توالی کنترل کیفیت داده ها
● مونتاژ ژنوم
● تجزیه و تحلیل اجزای ژنوم: پیش بینی CDS و عناصر ژنومی متعدد
● حاشیه نویسی عملکردی با چندین پایگاه داده عمومی (GO، KEGG، و غیره) و پایگاه داده های پیشرفته (CARD، VFDB، و غیره)
● تجسم ژنوم
ما ژنوم را در قالب سریع و در دسترس و فایل حاشیه نویسی ژنوم (gff) ارائه می کنیم.
حاشیه نویسی ژن - GO
حاشیه نویسی ژن - کربوهیدرات های CAZY
تجسم ژنوم - طرح سیرک
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس‌های مونتاژ ژنوم باکتریایی BMKGene را از طریق مجموعه‌ای از انتشارات انتخاب شده کاوش کنید.
دای، دبلیو و همکاران (2023) "کشف Bacteroides uniformis F18-22 به عنوان یک باکتری پروبیوتیک ایمن و جدید برای درمان کولیت اولسراتیو از روده بزرگ انسان سالم"،مجله بین المللی علوم مولکولی، 24 (19)، ص. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
کانگ، کیو و همکاران. (2021) "ایزوله های Proteus mirabilis مقاوم به چند دارو حامل blaOXA-1 و blaNDM-1 از حیات وحش در چین: افزایش خطر سلامت عمومی".جانورشناسی یکپارچه، 16(6)، صص 798-809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
وانگ، تی تی و همکاران (2017) "توالی کامل ژنوم اندوفیت Bacillus flexus KLBMP 4941 مکانیسم ترویج رشد گیاه و اساس ژنتیکی آن را برای تحمل نمک نشان می دهد".مجله بیوتکنولوژی، 260، صص 38-41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
وانگ، ایکس و همکاران. (2021) 'پلازمیدهای مقاوم چندگانه کلبسیلا در انتشار گسترده ژن های ضد میکروبی نقش دارند'،مرزها در میکروبیولوژی، 12، ص. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
