توالی آمپلیکون (16S/18S/ITS)

توالی یابی آمپلیکون (16S/18S/ITS) با Illumina روشی برای تجزیه و تحلیل تنوع میکروبی با شناسایی پروفایل های میکروبی با توجه به توالی آنها و سپس تلاش برای رمزگشایی غنا و تنوع جامعه در هر نمونه و بین نمونه ها است. خط لوله BMKCloud Amplicon (NGS) امکان تجزیه و تحلیل ژن های 16S، 18S، ITS و چندین ژن عملکردی را فراهم می کند. این کار با برش خواندن، مونتاژ خواندن زوجی و ارزیابی کیفیت آغاز می‌شود و پس از آن دسته‌بندی قرائت‌های مشابه برای تولید واحدهای طبقه‌بندی عملیاتی (OTUs) مورد استفاده در شش بخش تحلیل مختلف انجام می‌شود. حاشیه نویسی طبقه بندی اطلاعاتی را در مورد فراوانی و ترکیب نسبی هر نمونه ارائه می دهد، در حالی که تجزیه و تحلیل تنوع آلفا و بتا به ترتیب بر تنوع میکروبی در داخل و بین نمونه ها متمرکز است. تجزیه و تحلیل افتراقی بین گروه ها OTU هایی را پیدا می کند که با استفاده از آزمون های پارامتریک و ناپارامتریک متفاوت هستند، در حالی که تحلیل همبستگی این تفاوت ها را به عوامل محیطی مرتبط می کند. در نهایت، فراوانی ژن عملکردی بر اساس فراوانی ژن نشانگر پیش‌بینی می‌شود و بینشی در مورد عملکرد و اکولوژی در هر نمونه ارائه می‌کند.