16S/18S/توالی amplicon آن
ویژگی های خدمات
platform بستر توالی: Pacbio Revio
mode حالت توالی: CCS (HIFI می خواند)
● تقویت منطقه هدف و به دنبال آن پیوند پشت سر هم آمپلیکون ها قبل از آماده سازی کتابخانه HIFI SMRT Bell
مزایای خدمات
●قطعنامه طبقه بندی بالاتر: tتوالی کوتاه کپی هان,فعال کردن نرخ طبقه بندی بالاتر OTU در سطح گونه ها.
●فراخوانی پایه بسیار دقیق: توالی حالت Pacbio CCS (HIFI می خواند).
●عاری از انزوا: شناسایی سریع ترکیب میکروبی در نمونه های محیطی.
●به طور گسترده قابل اجرا: مطالعات متنوع جامعه میکروبی.
●تجزیه و تحلیل جامع بیوانفورماتیک: آخرین بسته qiime2 (بینش کمی در بوم شناسی میکروبی) با تجزیه و تحلیل متنوع از نظر بانک اطلاعاتی ، حاشیه نویسی ، OTU/ASV.
●تخصص گسترده: با هزاران پروژه توالی آمپلیکون که سالانه انجام می شود ، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه ، یک تیم تجزیه و تحلیل ماهر ، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آورد.
مشخصات خدماتی
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شوند |
| امپراتوری | Revio Pacbio | برچسب های 10/30/50 K (CCS) |
نمونه مورد نیاز
| غلظت (ng/μl) | مقدار کل (میکروگرم) | حجم (میکرولیتر) |
| ≥5 | ≥0.3 | ≥ 20 |
تحویل نمونه توصیه شده
نمونه ها را در نیتروژن مایع به مدت 3-4 ساعت یخ زده و در نیتروژن مایع یا -80 درجه تا رزرو طولانی مدت ذخیره کنید. حمل نمونه با یخ خشک مورد نیاز است.
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی
تجزیه و تحلیل
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
control کنترل کیفیت داده های خام
● خوشه بندی OTU/de-noise (ASV)
● حاشیه نویسی OTU
Analysis تجزیه و تحلیل تنوع آلفا: شاخص های متعدد ، از جمله شانون ، سیمپسون و آس.
analysis تجزیه و تحلیل تنوع بتا
analysis تجزیه و تحلیل بین گروهی
analysis تجزیه و تحلیل همبستگی: بین عوامل محیطی و ترکیب و تنوع خارج
پیش بینی ژن عملکردی 16s
هیستوگرام توزیع طبقه بندی
توزیع جامعه درخت فیلوژنتیک
تجزیه و تحلیل تنوع آلفا: آس
فهرست
تجزیه و تحلیل تنوع بتا: PCOA
تجزیه و تحلیل بین گروهی: ANOVA
پیشرفت های تسهیل شده توسط خدمات توالی آمپلیکون BMKGENE با PACBIO را از طریق مجموعه ای از انتشارات ، کاوش کنید.
Gao ، X. and Wang ، H. (2023) "تجزیه و تحلیل مقایسه ای از پروفایل های باکتریایی شکمبه و عملکرد در هنگام تطبیق با فنولوژی مختلف (Regreen در مقابل Grassy) در گوسفندان آلپین آلپ با دو مرحله در حال رشد در یک علفزار آلپ ، تخمیر ، 9 (( 1) ، ص. 16. doi: 10.3390/fermentation9010016/s1.
لی ، S. و همکاران. (2023) "ضبط ماده تاریک میکروبی در خاکهای بیابانی با استفاده از متاگنومیک مبتنی بر فرهنگ و تجزیه و تحلیل با وضوح بالا" ، بیوفیلم های NPJ و میکروبیوم 2023 9: 1 ، 9 (1) ، صص 1-14. doi: 10.1038/S41522-023-00439-8.
MU ، L. و همکاران. (2022) اثرات نمک اسیدهای چرب بر خصوصیات تخمیر ، تنوع باکتریها و پایداری هوازی سیلوی مخلوط تهیه شده با یونجه ، برنج نی و سبوس گندم ، مجله علم غذا و کشاورزی ، 102 (4) ، صص 1475 - 1487 doi: 10.1002/jsfa.11482.
یانگ ، جی. و همکاران. (2023) "تعامل بین نشانگرهای استرس اکسیداتیو و میکروبیوتای روده در اثرات آنتی اکسیدانی عصاره ها از Sonchus brachyotus DC. در استرس اکسیداتیو روده ناشی از اگزازولون در گورخرفیش بزرگسالان ، آنتی اکسیدان های 2023 ، جلد. 12 ، صفحه 192 ، 12 (1) ، ص. 192. doi: 10.3390/antiox12010192.
