توالی آمپلیکون 16S/18S/ITS-NGS
ویژگی های خدمات
● پلت فرم توالی: Illumina NovaSeq.
● تقویت نواحی کوتاه 16S، 18S و ITS، در میان سایر اهداف تقویتی.
● انتخاب های انعطاف پذیر آمپلیکون.
● تجربه پروژه قبلی با اهداف تقویت چندگانه.
مزایای خدمات
●بدون جداسازی:شناسایی سریع ترکیب میکروبی در نمونه های محیطی
●وضوح بالا: در اجزای کم فراوان در نمونه های محیطی.
●به طور گسترده قابل اجرا: مطالعات مختلف جامعه میکروبی.
●تجزیه و تحلیل جامع بیوانفورماتیک: آخرین بسته QIIME2 (بینش کمی در مورد اکولوژی میکروبی) با تجزیه و تحلیل های متنوع از نظر پایگاه داده، حاشیه نویسی، OTU/ASV.
●تخصص گسترده: با 150 هزار پروژه توالی آمپلیکون که سالانه انجام می شود، BMKGENE بیش از یک دهه تجربه، تیم تجزیه و تحلیل بسیار ماهر، محتوای جامع و پشتیبانی عالی پس از فروش را به ارمغان می آورد.
مشخصات خدمات
| کتابخانه | استراتژی توالی | داده ها توصیه می شود |
| آمپلیکون | ایلومینا PE250 | برچسب های 50/100/300K (جفت خوانده شده) |
الزامات خدمات
| غلظت (ng/µL) | مقدار کل (ng) | حجم (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● خاک/لجن: 1-2 گرم
● محتوای روده-حیوانی: 0.5-2g
● محتویات روده-حشره: 0.1-0.25 گرم
● سطح گیاه (رسوب غنی شده): 0.1-0.5g
● رسوب غنی شده با آبگوشت تخمیر): 0.1-0.5 گرم
● مدفوع (حیوانات بزرگ): 0.5-2 گرم
● مدفوع (موش): 3-5 دانه
● مایع لاواژ آلوئول ریوی: کاغذ صافی
● سواب واژینال: 5-6 سواب
● سواب پوست / تناسلی / بزاق / بافت نرم دهان / سواب حلق / سواب رکتوم: 2-3 سواب
● میکروارگانیسم های سطحی: کاغذ صافی
● بدنه آب/هوا/بیوفیلم: کاغذ فیلتر
● اندوفیت ها: 1-2 گرم
● پلاک دندان: 0.5-1 گرم
جریان کار خدمات
تحویل نمونه
ساخت کتابخانه
توالی یابی
تجزیه و تحلیل داده ها
خدمات پس از فروش
شامل تجزیه و تحلیل زیر است:
- کنترل کیفیت داده های خام
- خوشه‌بندی OTU / De-noise (ASV)
- حاشیه نویسی OTU
- تجزیه و تحلیل تنوع آلفا: شاخص های متعدد، از جمله شانون، سیمپسون و ACE.
- تجزیه و تحلیل تنوع بتا
- تحلیل بین گروهی
- تجزیه و تحلیل همبستگی: بین عوامل محیطی و ترکیب و تنوع OUT
- پیش بینی ژن عملکردی 16S
هیستوگرام توزیع طبقه بندی
نقشه گرمایی خوشه بندی فراوانی طبقه بندی
تجزیه و تحلیل تنوع آلفا: منحنی نادر
تجزیه و تحلیل تنوع بتا: NMDS
تجزیه و تحلیل بین گروهی: کشف نشانگر زیستی LEFSE
پیشرفت‌های تسهیل‌شده توسط سرویس‌های توالی آمپلیکون BMKGene با Illumina را از طریق مجموعه‌ای از نشریات مدیریت شده کاوش کنید.
دونگ، سی و همکاران. (2022) "مونتاژ، میکروبیوتای هسته، و عملکرد ریزوسفر خاک و میکروبیوتای پوست در Eucommia ulmoides"، مرزها در میکروبیولوژی، 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/F
لی، ی و همکاران (2023) "پیوند کنسرسیوم باکتریایی مصنوعی برای درمان واژینوز باکتریایی ناشی از گاردنرلا واژینالیس در موش"، Microbiome، 11(1)، صفحات 1-14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. and Liu, H. (2022) «میکروبیوم‌های گرد و غبار هوا جمع‌آوری‌شده در طول آزمایش حمایت از حیات زیست‌سازنده بسته زمینی «قمر قصر 365»، میکروبیوم‌های محیطی، 17(1)، ص. 1-20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
یین، اس و همکاران. (2022) "فراوانی وابسته به مواد اولیه ژن های عملکردی مربوط به تبدیل نیتروژن از دست دادن نیتروژن کنترل شده در کمپوست سازی"، Bioresource Technology، 361، ص. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
