Transcriptoma osoko sekuentziazioa - Illumina
Ezaugarriak
● Liburutegi bikoitza transkriptoma osoa sekuentziatzeko: rRNA agortzea eta ondoren PE150 liburutegia prestatzea eta tamaina aukeratzea eta, ondoren, SE50 liburutegia prestatzea.
● Osatu mRNA, lncRNA, circRNA eta miRNAren bioinformatika-analisia txosten bioinformatiko bereizietan.
● RNA adierazpen guztien analisi bateratua txosten konbinatu batean, ceRNA sareen analisia barne.
Zerbitzu Abantailak
●Arauzko Sareen Azterketa Sakona: ceRNA sarearen analisia mRNA, lncRNA, circRNA eta miRNAren sekuentziazio bateratuaren bidez eta lan-fluxu bioinformatiko zehatz baten bidez gaitzen da.
●Oharpen Integrala: Hainbat datu-base erabiltzen ditugu Funtzionalki Adierazitako Geneak (DEG) funtzionalki adierazteko eta dagozkion aberastasun-analisia egiteko, transkriptomaren erantzunaren azpian dauden prozesu zelularrak eta molekularrak ezagutzeko.
●Espezializazio zabala: 2100 transcriptoma proiektu baino gehiago arrakastaz itxi izanaren historiarekin hainbat ikerketa-domeinutan, gure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietan.
●Kalitate Kontrol zorrotza: Oinarrizko kontrol-puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, laginak eta liburutegiak prestatzen hasi eta sekuentziazio eta bioinformatikaraino. Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak etengabe ematea bermatzen du.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako zalantzak argitzeko.
Lagin-baldintzak eta entrega
| Liburutegia | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitate Kontrola |
| rRNA agortua | Illumina PE150 | 16 Gb | Q30≥85% |
| Tamaina hautatuta | Illumina SE50 | 10-20M irakurketa |
Lagin-baldintzak:
Nukleotidoak:
| Konk. (ng/μl) | Kantitatea (μg) | Garbitasuna | Osotasuna |
| ≥ 80 | ≥ 1,6 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Gelan agertzen da proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | RIN≥6,0 5.0≥28S/18S≥1.0; Oinarrizko kota mugatua edo ez |
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia (ez da gomendagarria eztainu-papera)
Laginaren etiketatzea: Taldea+erreplika, adibidez, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Izotz lehorra: laginak poltsetan sartu eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. RNAstable hodiak: RNA laginak RNA egonkortzeko hodi batean lehortu daitezke (adibidez, RNAstable®) eta giro-tenperaturan bidal daitezke.
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Esperimentuen diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
RNA adierazpenaren ikuspegi orokorra
Diferentzialki adierazitako geneak
ceRNAren analisia
Diferentzialki adierazitako miRNAak eta erlazionatutako RNAak
Arakatu BMKGene-ren transcriptoma sekuentziazio-zerbitzu osoak errazten dituen ikerketa-aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Dai, Y. et al. (2022) 'RNA-sekuentziazioaren bidez identifikatutako Kashin-Beck gaixotasunaren mRNA, lncRNA eta miRNAen adierazpen-profil integralak', Molecular Omics, 18 (2), 154-166 orr. doi: 10.1039/D1MO00370D.
Liu, N. nan et al. (2022) 'Full length transcriptomes analysis of cold-resistance of Apis cerana in Changbai Mountain during overwintering period.', Gene, 830, 146503–146503 or. doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.
Wang, XJ et al. (2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Competiting Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, or. 904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.
Xu, P. et al. (2022) 'LncRNA/circRNA-miRNA-mRNA-en adierazpen-profilen analisi integratuak kakahuetean erro-korapiloen nematodoei erantzuteko mekanismo potentzialen gaineko ikuspegi berriak erakusten ditu', BMC Genomics, 23 (1), 1-12 orr. doi: 10.1186/S12864-022-08470-3/IRUDIAK/7.
Yan, Z. et al. (2022) "Transcriptoma osoko RNA sekuentziatzeak brokolian uzta osteko kalitatea mantentzearekin lotutako mekanismo molekularrak nabarmentzen ditu LED gorriaren irradiazioaren bidez", Postharvest Biology and Technology, 188, or. 111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.
