Genoma osoa bisul fi te sekuentziazioa (WGBS)
Genoma osoko bisulizioaren sekuentziazioa (WGBS) urre-metodologia da DNAren metilazioaren esplorazio sakona egiteko, zehazki, zitosinaren (5-MC) bosgarren posizioa, gene adierazpen eta zelularen jarduera erregulatzaile nagusi bat. WGBS azpiko printzipioak Bisulfite tratamendua dakar. Teknika honek oinarri bakarreko ebazpena eskaintzen du, ikertzaileek metiloma metilomoa modu intilatuan ikertzeko eta hainbat baldintzekin lotutako metilazio eredu anormalak ezagutzera emateko, batez ere minbizia. WGBS erabiliz, zientzialariek genoma handiko metilazio paisaietan ikuspegi paregabeko ikuspegiak lor ditzakete, prozesu eta gaixotasun biologiko askotarikoak dituzten mekanismo epigenetikoak ulertzeko modua.
Zerbitzuaren ezaugarriak
● Erreferentzia genoma bat behar du.
● Lambda DNA gehitzen da bisulfite bihurketa eraginkortasuna kontrolatzeko.
● Illumina Novaseq-en sekuentziazioa.
Zerbitzuaren abantailak
●DNAren metilazio ikerketarako urrezko estandarra: Metilazio bihurketa prozesatzeko teknologia helduak zehaztasun handia eta erreprodukzio ona du.
●Estaldura zabala eta oinarri bakarreko ebazpena:Genoma osoko mailan metilazio guneak hautematea.
●Plataforma osoa:Eman zerbitzu bikaina, liburutegiko eraikuntzatik, liburutegiko eraikuntzatik, azterketa bioinformatikoen sekuentziazioa.
●Espezializazio zabala: WGBS sekuentziazio-proiektuekin arrakastaz betetako proiektuekin, BMKGeneek hamarkada bat baino gehiagotan ekartzen du, oso trebea den analisi taldea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina.
●Transkriptomikaren azterketarekin bat egiteko aukera: WGBS analisi integratua beste OMICS datu batzuekin batera, adibidez, RNA-SEQ.
Laginaren zehaztapenak
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuen irteera | Kalitatearen kontrola |
| Bisulfite tratatu | Illumina pe150 | 30x sakonera | Q30 ≥% 85 BISULFITE Bihurketa>% 99 |
Laginaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (μg) | Baldintza osagarriak | |
| Genomic DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Degradazio edo kutsadura mugatua |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
DNA erauzketa
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Datuen bidalketa
Analisi hau barne hartzen du:
● Sekuentziazio gordinaren kalitate kontrola;
● Erreferentziako genoma mapatzea;
● 5mc metilatutako oinarriak hautematea;
● Metilazioen banaketa eta oharpenaren azterketa;
● Desberdinean metilatutako eskualdeen azterketa (DMRS);
● DMRS-ri lotutako geneen oharpen funtzionala.
5MC metilation detekzioa: metilatutako gune motak
Metilazio mapa. 5mc metilation genomeko banaketa
Oso metilatutako eskualdeen oharpena
Eskualde desberdinetako metilatuak: lotutako geneak
Eskualde desberdinetan metilatuak: lotutako geneen oharpena (Gene Ontology)
Arakatu Bmkgeneren bisulizioaren sekuentziazio zerbitzuek errazten dituzten ikerketa-aurrerapenak argitalpen bilduma komisio baten bidez.
Fan, Y. et al. (2020) 'ADN metilazio profilak aztertzea ardi eskeleto giharren garapenean genome osoko bisulfite sekuentziazioa erabiliz',BMC Genomics, 21 (1), 1-15. or. DOI: 10.1186 / S12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) "Binilozko kloruroaren eraginpean dauden langileen azido deoxiribonukleikoaren perturbazioak"Toxikologia eta Industria Osasuna, 38 (7), 377-388 PP. DOI: 10.1177 / 07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'genoma metilazioaren arteko harremanak, kodetzeak ez diren rnasak, mrnas eta metabolitak tomate fruta heltzean ",Landare-aldizkaria, 103 (3), 980-994 PP. DOI: 10.1111 / TPJ.14778.
