Loku espezifikoko zatien sekuentziazioa (SLAF-Seq)
Lan-fluxua
Eskema Teknikoa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● NovaSeq-en sekuentziazioa PE150-rekin.
● Liburutegien prestaketa barra-kode bikoitzarekin, 1000 lagin baino gehiago elkartzea ahalbidetuz.
● Teknika hau erreferentziazko genoma batekin edo gabe erabil daiteke, kasu bakoitzerako kanalizazio bioinformatiko ezberdinekin:
Erreferentzia genomarekin: SNP eta InDel aurkikuntza
Erreferentziazko genomarik gabe: laginak multzokatzea eta SNP aurkikuntza
● Enin silicodiseinuaren aurreko faseko hainbat murrizketa-entzima-konbinazioak aztertzen dira genoman SLAF etiketen banaketa uniformea sortzen dutenak aurkitzeko.
● Aurre-esperimentuan, hiru entzima-konbinazio probatzen dira 3 laginetan 9 SLAF liburutegi sortzeko, eta informazio hori proiekturako murrizketa-entzimaren konbinazio optimoa aukeratzeko erabiltzen da.
Zerbitzu Abantailak
●Markatzaile genetiko handiko aurkikuntza: Errendimendu handiko barra-kode bikoitzeko sistema integratzeak populazio handien aldibereko sekuentziazioa ahalbidetzen du, eta locus-en anplifikazio espezifikoak eraginkortasuna hobetzen du, etiketa-zenbakiek ikerketa-galderen askotariko eskakizunak betetzen dituztela bermatuz.
● Genomarekiko menpekotasun txikia: Erreferentziazko genoma duten edo ez duten espezieei aplika daiteke.
●Eskema Malguaren Diseinua: Entzima bakarra, entzima bikoitza, entzima anitzeko digestioa eta hainbat entzima mota hauta daitezke ikerketa-helburu edo espezie desberdinei erantzuteko. Thein silicoaurrediseinua egiten da entzimaren diseinu optimoa bermatzeko.
● Eraginkortasun handia digestio entzimatikoan: baten eroapenain silicoaurrediseinuak eta aurre-esperimentu batek diseinu optimoa ziurtatu zuen SLAF etiketak kromosoman berdin banatuta (1 SLAF etiketa/4Kb) eta sekuentzia errepikakorra murriztuta (% 5).
●Espezializazio zabala: Gure taldeak esperientzia handia dakar proiektu guztietara, ehunka espezietan 5000 SLAF-Seq proiektu baino gehiago ixtearen historiarekin, landareak, ugaztunak, hegaztiak, intsektuak eta uretako organismoak barne.
● Norberak garatutako lan-fluxu bioinformatikoa: BMKGENEk lan-fluxu bioinformatiko integratua garatu zuen SLAF-Seq-erako, azken irteeraren fidagarritasuna eta zehaztasuna bermatzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Analisi mota | Gomendatutako populazio-eskala | Sekuentziazio estrategia | |
| Etiketen sekuentziazioaren sakonera | Etiketa-zenbakia | ||
| Mapa genetikoak | 2 guraso eta >150 ondorengo | Gurasoak: 20x WGS Kumeak: 10x | Genomaren tamaina: <400 Mb: WGS gomendatzen da <1Gb: 100K etiketak 1-2Gb:: 200K etiketak > 2 Gb: 300K etiketak Gehienez 500.000 etiketa |
| Genoma Osoko Elkarteen Ikasketak (GWAS) | ≥200 lagin | 10x | |
| Bilakaera genetikoa | ≥30 lagin, azpitalde bakoitzeko >10 laginekin | 10x | |
Zerbitzu-baldintzak
Kontzentrazioa ≥ 5 ng/µL
Zenbateko osoa ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280=1,6-2,5
Agarosa gel: degradazio edo kutsadurarik gabe edo mugatu
Laginaren entrega gomendatua
Ontzia: 2 ml zentrifugatzaile-hodia
(Lagin gehienetarako, etanolean ez kontserbatzea gomendatzen dugu)
Laginak etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatuta egon behar dira eta bidalitako laginaren informazio-inprimakiaren berdinak.
Bidalketa: izotz lehorra: laginak poltsetan sartu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Lagina QC
Esperimentu pilotua
SLAF-esperimentua
Liburutegiaren Prestaketa
Sekuentziazioa
Datuen Analisia
Salmenta osteko Zerbitzuak
Honako analisia barne hartzen du:
- Sekuentziazio datuak QC
- SLAF etiketa garatzea
Erreferentzia genomarako mapak egitea
Erreferentziazko genomarik gabe: clustering
- SLAF etiketen analisia.: estatistikak, genomaren banaketa
- Markatzaileen aurkikuntza: SNP, InDel, SNV, CV deiak eta oharrak
SLAF etiketen banaketa kromosometan:
SNPen banaketa kromosometan:
SNP oharpena
| Urtea | Aldizkaria | IF | Izenburua | Aplikazioak |
| 2022 | Naturaren komunikazioak | 17.694 | Zuhaitz peoniaren giga-kromosomaren eta giga-genomaren oinarri genomikoa Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | Fitologo berria | 7.433 | Etxeko aztarnek garrantzi agronomikoa duten eskualde genomikoak ainguratzen dituzte soja | SLAF-GWAS |
| 2022 | Ikerketa Aurreratuen Aldizkaria | 12.822 | Genoma osoko Gossypium barbadense-ren introgresio artifizialak G. hirsutum-en kotoi-zuntzaren kalitatea eta etekina aldi berean hobetzeko loci superiorak agerian uzten ditu ezaugarriak | SLAF-Eboluzioaren genetika |
| 2019 | Landare Molekularra | 10.81 | Population Genomic Analysis eta De Novo Assembly-k Weedyren jatorria agerian uzten dute Arroza joko ebolutibo gisa | SLAF-Eboluzioaren genetika |
| 2019 | Naturaren Genetika | 31.616 | Cyprinus carpio karp arruntaren genomaren sekuentzia eta aniztasun genetikoa | SLAF-Linkage mapa |
| 2014 | Naturaren Genetika | 25.455 | Landatutako kakahuetearen genomak lekaleen kariotipoen berri ematen du, poliploideak bilakaera eta laboreen etxekotzea. | SLAF-Linkage mapa |
| 2022 | Landare Bioteknologia aldizkaria | 9.803 | ST1 identifikatzeak hazien morfologiaren autostop egitean aukeraketa bat erakusten du eta olio edukia soja etxekotzean | SLAF-Marker garapena |
| 2022 | Zientzia Molekularren Nazioarteko Aldizkaria | 6.208 | Identifikazioa eta DNA markatzaileen garapena Wheat-Leymus mollis 2Ns (2D) Kromosomaren ordezkapen disomikoa | SLAF-Marker garapena |
| Urtea | Aldizkaria | IF | Izenburua | Aplikazioak |
| 2023 | Landare zientzien mugak | 6.735 | Pyrus pyrifoliaren fruituen heltze garaian azukre-edukiaren QTL mapak eta transkriptomaren azterketa | Mapa genetikoa |
| 2022 | Landare Bioteknologia aldizkaria | 8.154 | ST1-aren identifikazioak hazien morfologiaren eta olio-edukiaren autostop egitean aukeraketa bat erakusten du soja etxekotzean.
| SNP deia |
| 2022 | Landare zientzien mugak | 6.623 | Lehorte-ingurunean Hulless Barely Phenotypes Cartografiaketa Genoma-Wide Association.
| GWAS |
