Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Hasi saioa

Aurrealdi

Bakarreko - Nukleo RNA sekuentziazioa

Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatutako eraikuntza tekniken garapenak, goi-mailako sekuentziazioarekin batera, geneen adierazpen ikasketak iraultzen ditu zelula mailan. Aurrerapen honek zelulen populazio konplexuen azterketa sakonagoa eta zabalagoa ahalbidetzen du, zelula guztien gaineko gene adierazpen batez besteko lotutako mugak gainditzea eta populazio horien barruan benetako heterogeneotasuna mantentzea. Zelula bakarreko RNA sekuentziazioak (SCNA-SEQ) abantailak ukaezinak diren arren, zelula bakarreko esekidura sortzeak zailtasunak ditu eta lagin freskoak behar ditu. Bmkgene-n, oztopo horri aurre egiten diogu Nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (SNRNA-SEQ) eskainiz, punta-puntako 10x genomic kromoaren teknologia erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko mailan transkriptomaren azterketarako espektroak zabaltzen ditu.

Nukleoen isolamendua 10x genomic chromium chip berritzailearen bidez lortzen da, zortzi kanaleko mikrofluidiko sistema duen pasa bikoitzekin. Sistema honen barruan, Gel aleak barra-kodeak, primarioak, entzimak eta nukleo bakarra biltzen dira nanoliter tamainako olio tantaetan, Gel Bead-In-Emultsion (Gem) eratuz. Gem formazioa jarraituz, zelulen lisika eta barra-kodearen oharra harribitxi bakoitzaren barruan gertatzen da. Ondoren, MRNA Molekulek alderantzizko transkripzioa egiten dute CDNasera, 10x barkodak eta identifikatzaile molekular bakarrak (UMIS) txertatuz. CDNa hauek, ondoren, sekuentziazio estandarraren eraikuntza estandarra da, gene adierazpen profilak esplorazio sendoa eta integrala erraztea zelula bakarreko mailan.

Plataforma: 10 × Genomika Chromium eta Illumina Novaseq plataforma

Jar zaitez gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demo emaitzak

Nabarmendutako argitalpenak

Erregimen Teknikoa

Nukleoen isolamendua 10 × genomic kromoium ™ lortzen da, zortzi kanaleko mikrofluidiko sistema osatzen dutenak, pasabide bikoitzarekin. Sistema honetan, baratxateak eta primer bat, entzimak eta nukleo bakarrekoak ditu, nanoliter tamainako olio jaitsierarekin, Gel Bead-In-Emultsion (Gem) sortuz. Harribitxia eratu ondoren, zelulen lisika eta barkodeen askapena harribitxi bakoitzean egiten dira. MRNA alderantzizkoa da CDNAko molekuletan transkribatuta 10 × Barcode eta UMIrekin, hau da, Liburutegiaren eraikuntza estandarraren arabera.

Osau

● Nukleo bakarreko esekidura prestatzea izoztutako ehunetatik

● Gel Bead-In-Emultsio (GEM) eratzea CDNAren sintesia jarraituz

● Gemeko beada bakoitza 4 atalez osatutako primariekin kargatzen da:

MRNA PRIMING ETA CDNA sintesiarentzako buztana poli (dt)

Identifikatzaile molekular bakarra (UMI) anplifikazio bias zuzentzeko

10x barra-kodea

Irakurri partialaren sekuentzia loteslea 1 sekuentziazio primer

Abantailak

Nukleo bakarreko RNA sekuentziazioak zelula bakarreko RNA sekuentziazioaren mugak saihesten ditu, gaitu:

● Izoztutako laginak erabiltzea eta ez bakarrik lagin freskoetara mugatuta

● Izoztutako zelulen estres txikia zelula freskoen tratamendu entzimatikoarekin alderatuta, transkriptomaren datuetan islatuta, estresa eragindako gene gutxiagotan

● Ez da globulu gorriak kendu beharrik

● Mugitu gabeko zelula diametroa

● Analisirako eskubidea duten lagin ugari, ehunen disoluzioan zehar zelula-kolpe edo suntsiketarako joera duten ehun mota konplexuak eta hauskorrak barne

Zelula bakarreko RNA sekuentziazioak aztertu ezin diren laginak eta nukleo bakarreko RNA sekuentziaziorako eskubidea dute:

Zelula / ehuna	Arrazoi
Izoztutako ehun izoztua	Ezin izan dira gordetako erakunde freskoak edo denbora gehiago lortu
Muskulu-zelula, megakariokitoa, koipea ...	Zelula diametroa handiegia da instrumentuan sartzeko
Gibela ...	Haustura hauskorra da, zelula bakarrak bereizteko gai ez izatea
Neuron Zelula, Brain ...	Sensible, estresa erraza da, sekuentziazio emaitzak aldatuko ditu
Pankreak, tiroide ...	Entzima endogenoetan aberatsak, zelula bakarreko esekidura ekoizpenean eragina izatea

Nukleo bakarreko vs zelula bakarrekoak

Nukleo bakarreko	Zelula bakarreko
Zelula mugagabearen diametroa	Zelula Diametroa: 10-40 μm
Materiala izoztutako ehuna izan daiteke	Materialak ehun freskoa izan behar du
Izoztutako zelulen estres txikia	Entzima tratamenduak zelulen estresaren erreakzioa eragin dezake
Ez da odol zelularik kendu behar	Globulu gorriak kendu behar dira
Nuklearrak Bioinformazioa adierazten du	Zelula osoak bioinformazioa adierazten du

Zehaztapenak

Laginaren baldintzak

Liburutegi

Sekuentziazio estrategia

Gomendatutako datuak

Kalitatearen kontrola

Animalien ehuna ≥ 200 mg

Landare-ehuna ≥ 400 mg

10x Genomics SN CDNA Liburutegia

Illumina pe150

100k PE gelaxka bakoitzeko irakurtzen da

(100-200 GB)

700-1200 nukleo / μl eta nukleo osotasuna mikroskopiopean ikusita

Laginak prestatzeko orientazio eta zerbitzu-fluxuei buruzko xehetasun gehiago lortzeko, jar zaitez aske hitz egitekoBMKGENE Aditua

Zerbitzuaren lan-fluxua

Aurrekoa: Landarea / Animal Genoma Sekuentziazioa

Hurrengoa: Genoma-zabaleko elkartearen azterketa

Analisi hau barne hartzen du:

● Kalitatearen kontrola: zelula kopurua, geneen detekzioa, zelulen identifikazio zehatza, RNA molekulak eta adierazpen kuantifikazioa

● Barneko laginaren azterketa:

Zelula klusterizazioa eta klusterra

Adierazpen diferentzialaren analisia: degien identifikazioa klusterretan

Oharpen funtzionala eta klusterraren degoren aberastea

● Taldearen arteko analisia:

Datuen konbinazioa

Adierazpen diferentzialaren analisia: DEGS taldeen identifikazioa

Oharpen funtzionala eta taldeko DEGS aberastea

● Analisi aurreratua:

Zelularen zikloaren azterketa

Pseudotime azterketa

Zelulen komunikazioaren azterketa (CellPhonEDB)

Gene Ezarri aberasteko analisia (GSEA)

Barruko laginaren azterketa

Zelularen klusterioa:

Adierazpen diferentzialaren analisia: Klusterra Degs

Talde arteko analisia

Adierazpen diferentzialaren analisia: Degs taldea

Analisi aurreratua:

Pseudotime Analisia:

Zelularen zikloaren analisia:

Arakatu BMKGene-k Nucleus bakarreko RNA sekuentziazio zerbitzuek 10x kromoaren bidez errazten dituzten aurrerapenak:

Wang, L. et al. (2021) 'Zelula bakarreko analisi transkriptomikoek esteroide erresistentea duten asma exacerbazioan biriketako paisaia immunologikoa erakusten du',Ameriketako Estatu Batuetako Estatu Batuetako Akademia Nazionalaren prozedurak, 118 (2), or. e2005590118. DOI: 10.1073 / PNAS.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Gene espresio delikoaren eta zaleen mikroenvironment-ean dauden zelula immunologikoen azterketa metabolikoen eta seinale metaboliko anormalengatik.Mugak immunologian, 13, or. 879824. DOI: 10.3389 / FIMU.202.879824 / BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Zelula bakarreko transkriptomak leukokitoen heterogeneotasuna eta erantzun immunologikoak aurkitu zituen Inaktibazioaren ondoren, Edertasunak Tarda (Paralichthys Olivaceus)',Akuikurte, 566, or. 739238. DOI: 10.1016 / J.Aquaculture.2023.739238.

Yu, y. et al. (2023) 'Terapia fotodinamikoa hobetzen da inmunitate-kontrolen inhibitzaileen emaitza, minbizia gastrikoa duten gaixoen aurkako tumorearen aurkako immunitatearen bidez',Minbizia gastrikoa, 26 (5), 798-813 PP. DOI: 10.1007 / S10120-023-01409-X / Metrikoak.