Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS) genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioaren (WGBS) alternatiba errentagarri eta eraginkor gisa agertu da DNA metilazio ikerketan. WGBS-k genoma osoa oinarri bakarreko bereizmenean aztertuz ikuspegi integralak eskaintzen dituen arren, bere kostu handia faktore mugatzailea izan daiteke. RRBSk estrategikoki arintzen du erronka hori genomaren zati adierazgarri bat selektiboki aztertuz. Metodologia hau CpG uharteetan aberatsak diren eskualdeen aberastean oinarritzen da, MspI zatiketaren bidez eta 200-500/600 bps zatien tamaina hautatzean. Ondorioz, CpG uharteetatik hurbil dauden eskualdeak bakarrik sekuentziatzen dira, eta urruneko CpG uharteak dituztenak analisitik kanpo geratzen dira. Prozesu honek, bisulfitoen sekuentziazioarekin konbinatuta, ADNaren metilazioa bereizmen handiko detekzioa ahalbidetzen du, eta sekuentziazio ikuspegia, PE150, txertaketen muturretan zentratzen da bereziki erdialdean baino, metilazio-profilaren eraginkortasuna areagotuz. RRBS tresna eskerga bat da, DNA metilazioari buruzko ikerketa errentagarria ahalbidetzen duena eta mekanismo epigenetikoen ezagutza aurreratzen duena.
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Erreferentzia genoma bat behar du.
● Lambda DNA bisulfitoen bihurketaren eraginkortasuna kontrolatzeko erabiltzen da.
● MspI digestioaren eraginkortasuna ere kontrolatzen da.
● Landare laginetarako entzima bikoitzeko digestioa.
● Illumina NovaSeq-en sekuentziazioa.
Zerbitzu Abantailak
●WGBS-ren alternatiba errentagarria eta eraginkorra: analisia kostu txikiagoan eta lagin-eskakizun txikiagoarekin egitea ahalbidetzen du.
●Plataforma osoa:zerbitzu bikaina eskaintzea laginak prozesatzeko, liburutegien eraikuntzatik eta sekuentziaziotik bioinformatika analisiraino.
●Espezializazio zabala: RRBS sekuentziazio proiektuak hainbat espezietan arrakastaz burutu direnez, BMKGENEk hamarkada bateko esperientzia, analisi talde oso trebea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina dakartza.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegia | Sekuentziazio Estrategia | Gomendatutako datuen irteera | Kalitate kontrola |
| MspI digeritua eta Bisulfito tratatua liburutegia | Illumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ % 85 Bisulfito bihurketa > % 99 MspI ebaketa-eraginkortasuna > % 95 |
Lagin-baldintzak
| Kontzentrazioa (ng/µL) | Zenbateko osoa (µg) |
| |
| DNA genomikoa | ≥ 30 | ≥ 1 | Degradazioa edo kutsadura mugatua |
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Honako analisia barne hartzen du:
● Sekuentziazio gordinaren kalitate-kontrola;
● Erreferentzia genomarako mapak egitea;
● 5mC-ko base metilatuen detekzioa eta motiboen identifikazioa;
● Metilazio banaketaren analisia eta laginen konparazioa;
● Diferentzial Metilatutako Eskualdeen Analisia (DMR);
● DMRei lotutako geneen oharpen funtzionala.
Kalitate kontrola: digestioaren eraginkortasuna (genomaren mapean)
Kalitate-kontrola: bisulfito bihurketa (metilazio-informazioaren erauzketan)
Metilazio-mapa: 5mC-ko metilazio-genomaren banaketa
Laginen konparaketa: Osagai Nagusien Analisia
Diferentzialki Methylated Regions (DMRs) analisia: bero-mapa
Arakatu BMKGene-ren genoma osoko bisulfito-sekuentziazio-zerbitzuek bideratzen dituzten ikerketa-aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.
Li, Z. et al. (2022) "Leydig antzeko zeluletan fideltasun handiko birprogramazioa CRISPR aktibazio eta faktore parakrinoen bidez".PNAS Nexus, 1(4). doi: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) "Txinako biki monozigotikoen gorputz-konposizioaren genoma zabaleko DNAren metilazio-analisia",Ikerketa Klinikoko Europako Aldizkaria, 53(11), or. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) "DNA metilazioa eta gerritik aldakaren erlazioa: epigenoma zabaleko elkarte-azterketa Txinako biki monozigotikoetan",Ikerketa Endokrinologikoaren Aldizkaria, 45(12), 2365–2376 or. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
