PROKARYOTIOT RNA sekuentziazioa
Osau
● RNA lagineko prozesamendua RRNA agortzea inplikatu zen eta ondoren norabide RNA liburutegia prestatzea.
● Azterketa bioinformatikoa erreferentziako genoma baten lerrokatzean oinarrituta
● Analisiak genearen adierazpena eta degak barne hartzen ditu, baina transkripzioaren egitura eta SRNAren azterketa ere biltzen ditu
Zerbitzuaren abantailak
●Kalitate kontrol zorrotza: Core kontrol puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, lagin eta liburutegiaren prestaketatik sekuentziazio eta bioinformatikara. Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak ematea bermatzen du.
●Kate berariazko sekuentziazio datuak: RNA liburutegiko prestaketa norabidea dela eta, zentzuaren aurkako transkripzioak identifikatzea ahalbidetuz.
●Transkriptomo prokariotoetara egokitutako azterketa osoa: Hoditeria bioinformatikoak genearen adierazpena ez ezik, transkripzio egituraren azterketa ere jasotzen du, operadoreen, UTRen eta sustatzaileen identifikazioa barne. SRNasen azterketa ere biltzen du, hots, bigarren hezkuntzako egitura eta helburuen iragarpena.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta-epearen epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
| rrna agortutako liburutegia | Illumina pe150 | 1-2 GB | % 30,85% |
Laginaren baldintzak:
| Conc. (NG / μL) | Zenbatekoa (μg) | Garbitasun | Segurtasun |
| ≥ 50 | ≥ 1 | Od260 / 280 = 1.8-2.0 Od260 / 230 = 1.0-2.5 Gelan agertzen den proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Rin≥6.5 |
Gomendatutako laginaren entrega
Edukiontzia: 2 ml Centrifuge Tube (Tin Papera ez da gomendagarria)
Laginaren etiketatzea: taldea + erreplikatu adibidez A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Lehorra izotza: laginak poltsetan paketatu behar dira eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. Hodi rnastable: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, rnastable®) eta giro-tenperaturan bidalita.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi Bioinformatikoa Lan-fluxua
Analisi hau barne hartzen du:
● Datu gordinen kalitate kontrola
● Erreferentziako genomari lerrokatzea
● Liburutegiko kalitatea ebaluatzea: RNA zatitzea ausazkoa, txertatu tamaina eta sekuentziazioa saturazioa
● Aurreikusitako kodetze geneen oharpen funtzionala
● Adierazpenen analisia: korrelazioa eta osagai nagusia aztertzea (PCA)
● Gene espresio diferentziala (DEG)
● Oharpen funtzionala eta DEGS aberastea
● Srna analisia: iragarpena, oharpena, xede eta bigarren mailako egituraren iragarpena
● Transkripzioaren egituraren analisia: operoak, abiapuntua eta amaierako posizioak, eskualde gabeko eskualdea (UTS), sustatzailea eta SNP / INDEL analisia
Sarrera Saturazioa
Kodetze geneen oharpen funtzionala
Laginen arteko korrelazioa
Adierazitako gene diferentzialak (DEG) analisia
Aberasteko azterketa funtzionala
srna oharpenak
Arakatu BMKGene-ren Nanopore-k MRNAren sekuentziazio-zerbitzuak errazten dituen aurrerapenak argitaratu zen argitarapen aipagarri honetan.
Guan, CP et al. (2018) 'Biofilmoaren eraketa izorratze-aldaketaren aldaketa globala Sophorea alopecuroides-en alkaloide guztiei erantzuten,Poloniako Mikrobiologia aldizkaria, 67 (2), or. 223. DOI: 10.21307 / PJM-2018-024.
