-
Nukleo bakarreko RNAren sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatuak eraikitzeko tekniken garapenak, errendimendu handiko sekuentziazioarekin batera, zelula mailan gene-adierazpenen azterketak irauli ditu. Aurrerapen honek zelula-populazio konplexuen azterketa sakonagoa eta zabalagoa ahalbidetzen du, zelula guztien batez besteko gene-espresioarekin lotutako mugak gaindituz eta populazio horien benetako heterogeneotasuna gordez. Zelula bakarreko RNA sekuentziatzeak (scRNA-seq) abantaila ukaezinak dituen arren, zenbait ehunetan erronkak aurkitzen ditu non zelula bakarreko suspentsioa sortzea zaila den eta lagin berriak behar dituen. BMKGene-n, oztopo honi aurre egiten diogu nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (snRNA-seq) eskainiz, puntako 10X Genomics Chromium teknologia erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko transkriptomaren analisirako gai diren laginen espektroa zabaltzen du.
Nukleoen isolamendua 10X Genomics Chromium txip berritzailearen bidez lortzen da, gurutzaketa bikoitzekin zortzi kanaleko mikrofluidika-sistema bat duena. Sistema honen barruan, barra-kodeak, abiarazleak, entzimak eta nukleo bakar bat barne hartzen dituzten gel-aleak nanolitro tamainako olio-tantetan kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) osatuz. GEM eratu ondoren, zelulen lisia eta barra-kodeen askapena gertatzen dira GEM bakoitzaren barruan. Ondoren, mRNA molekulek alderantzizko transkripzioa egiten dute cDNAtan, 10X barra-kodeak eta Identifikatzaile Molekular Bakarra (UMI) sartuz. Ondoren, cDNA hauek sekuentziazio-liburutegiaren eraikuntza estandarraren mende jartzen dira, zelula bakarreko gene-adierazpen-profilen esplorazio sendo eta integrala erraztuz.
Plataforma: 10× Genomics Chromium eta Illumina NovaSeq Plataforma
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika espaziala punta-puntako teknologia da, ikertzaileek ehunen barruko gene-adierazpen-ereduak ikertzeko aukera ematen dien espazio-testuingurua mantenduz. Domeinu honetako plataforma indartsu bat 10x Genomics Visium da Illumina sekuentziazioarekin batera. 10X Visium-en printzipioa txip espezializatu batean dago, ehun-atalak jartzen diren harrapatzeko eremu bat duen. Harrapaketa-eremu honek barra-kodeko puntuak ditu, bakoitza ehunaren barruko kokapen espazial bakarrari dagozkionak. Ondoren, ehunetik harrapatutako RNA molekulak identifikatzaile molekular esklusiboekin (UMI) etiketatzen dira alderantzizko transkripzio prozesuan. Barra kodetutako leku eta UMI hauek geneen adierazpenaren mapa espazial zehatza eta kuantifikazioa ahalbidetzen dute zelula bakarreko bereizmenean. Espazioko barra-kodeen laginen eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta zehaztasuna bermatzen du. Espazio-Transcriptomics teknologia hau erabiliz, ikertzaileek zelulen antolakuntza espaziala eta ehunen barnean gertatzen diren interakzio molekular konplexuen ulermen sakonago bat lor dezakete, prozesu biologikoen azpian dauden mekanismoei buruzko informazio eskerga eskainiz hainbat arlotan, onkologia, neurozientzia, garapenaren biologia eta immunologia barne. , eta ikasketa botanikoak.
Plataforma: 10X Genomics Visium eta Illumina NovaSeq
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa-Nanoporoa
NGSn oinarritutako mRNA-ren sekuentziazioa gene-adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen konfiantzak bere eraginkortasuna mugatzen du analisi transkriptomiko konplexuetan. Bestalde, nanoporoen sekuentziazioak irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, luzera osoko mRNA transkripzioak sekuentziatzea ahalbidetzen duena. Ikuspegi honek splicing alternatiboen, geneen fusioen, poliadenilazioaren eta mRNA isoformen kuantifikazioaren esplorazio integrala errazten du.
Nanoporoen sekuentziazioa, nanoporo bakarreko denbora errealeko seinale elektrikoetan oinarritzen den metodoak, emaitzak denbora errealean ematen ditu. Proteina motorrek gidatuta, hari bikoitzeko DNA biofilm batean txertatutako nanoporo proteinekin lotzen da, tentsio-diferentzia baten pean nanoporoen kanaletik igarotzean desegiten da. DNA katearen gainean base ezberdinek sortzen dituzten seinale elektriko bereizgarriak denbora errealean detektatu eta sailkatzen dira, nukleotidoen sekuentziazio zehatza eta jarraitua erraztuz. Ikuspegi berritzaile honek irakurketa laburreko mugak gainditzen ditu eta analisi genomiko korapilatsuetarako plataforma dinamiko bat eskaintzen du, azterketa transkriptomiko konplexuak barne, berehalako emaitzekin.
Plataforma: Nanopore PromethION 48
-
Luzera osoko mRNA sekuentziazioa -PacBio
NGSn oinarritutako mRNA-ren sekuentziazioa gene-adierazpena kuantifikatzeko tresna polifazetikoa den arren, irakurketa laburretan duen konfiantzak analisi transkriptomiko konplexuetan erabiltzea mugatzen du. Bestalde, PacBio sekuentziazioak (Iso-Seq) irakurketa luzeko teknologia erabiltzen du, luzera osoko mRNA transkripzioak sekuentziatzea ahalbidetzen duena. Ikuspegi honek splicing alternatiboen, geneen fusioen eta poliadenilazioaren esplorazio integrala errazten du. Hala ere, badaude gene-adierazpena kuantifikatzeko beste aukera batzuk behar diren datu kopuru handia dela eta. PacBio sekuentziazio-teknologia molekula bakarreko, denbora errealean (SMRT) sekuentziazioan oinarritzen da, luzera osoko mRNA transkripzioak harrapatzeko abantaila nabarmena eskaintzen duena. Ikuspegi berritzaile honek sekuentziazioan DNA polimerasaren jarduera denbora errealean behatzea ahalbidetzen duten zero-moduko uhin-gidak (ZMW) eta putzu mikrofabrikatuak erabiltzea dakar. ZMW horien barruan, PacBio-ren DNA polimerasak DNAren kate osagarri bat sintetizatzen du, eta mRNA-ren transkripzio osoak hartzen dituen irakurketa luzeak sortzen ditu. PacBio-ren funtzionamendua Circular Consensus sequencing (CCS) moduan zehaztasuna hobetzen du molekula bera behin eta berriz sekuentziatuz. Sortutako HiFi irakurketek NGSren pareko zehaztasuna dute, eta, gainera, ezaugarri transkriptomiko konplexuen azterketa integral eta fidagarrian laguntzen dute.
Plataforma: PacBio Sequel II; PacBio Revio
-
ARNm eukariotikoen sekuentziazioa-NGS
mRNA sekuentziatzeak, teknologia anitzekoak, zelulen barruan mRNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan. Bere aplikazio zabalekin, punta-puntako tresna honek prozesu biologiko ezberdinekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak erakusten ditu. Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, mRNA-ren sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du, hainbat esparrutan duen potentzialaren inguruko jakin-mina piztuz.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Erreferentzian oinarritutako mRNA sekuentziazioa-NGS
mRNA sekuentziatzeak zelulen barruan mRNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan. Punta-puntako teknologia honek tresna indartsu gisa balio du, hainbat prozesu biologikorekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutaraziz. Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, mRNA-ren sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du.
Plataforma: Illumina NovaSeq X; DNBSEQ-T7
-
Koderik gabeko Sekuentziazio Luzea-Illumina
Kodetzen ez den RNA luzeak (lncRNA) 200 nukleotido baino luzeagoak dira, kodetze potentzial minimoa dutenak eta kodetzen ez den RNAren barnean funtsezko elementuak direnak. Nukleoan eta zitoplasman aurkituak, RNA hauek funtsezko eginkizunak betetzen dituzte erregulazio epigenetikoan, transkripzioan eta transkripzio osteko erregulazioan, prozesu zelularrak eta molekularrak moldatzeko duten garrantzia azpimarratuz. LncRNA sekuentziazioa tresna indartsua da zelulen bereizkuntzan, ontogenesian eta giza gaixotasunetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
RNA txikiaren sekuentziazioa-Illumina
RNA txikiak (sRNA) molekulak, mikroRNAak (miRNAs), interferentziako RNA txikiak (siRNAs) eta piwi-interakting RNAak (piRNA) barne hartzen dituzte. Horien artean, miRNAk, 18-25 nukleotido inguruko luzera dutenak, bereziki aipagarriak dira hainbat prozesu zelularretan duten funtsezko erregulazio-eginkizunengatik. Ehunen eta etapa espezifikoen adierazpen-ereduekin, miRNAek kontserbazio handia erakusten dute espezie ezberdinetan.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
CircRNA sekuentziazioa-Illumina
RNA zirkularren sekuentziazioa (circRNA-seq) RNA zirkularren profila eta analisia egitea da, RNA molekulen klase bat, splicing gertakari ez-kanonikoak direla-eta begizta itxiak osatzen dituztenak, RNA honi egonkortasun handiagoa emanez. ZirRNA batzuek mikroRNA belaki gisa jokatzen dutela frogatu den arren, mikroRNAak bahituz eta haien xede-mRNA-ak erregulatzea eragotziz, beste zirRNA batzuek proteinekin elkarreragina dezakete, geneen adierazpena modulatu edo prozesu zelularretan eginkizunak izan ditzakete. circRNA adierazpenaren analisiak molekula horien erregulazio-eginkizunak eta hainbat prozesu zelularretan, garapen-fasetan eta gaixotasun-baldintzetan duten garrantziari buruzko argibideak eskaintzen ditu, geneen adierazpenaren testuinguruan RNA erregulazioaren konplexutasuna hobeto ulertzen laguntzen du.
-
Transcriptoma osoko sekuentziazioa - Illumina
Transcriptoma osoko sekuentziazioak RNA molekula anitzak profilatzeko ikuspegi integrala eskaintzen du, kodetzaileak (mRNA) eta kodetzen ez diren RNAak (lncRNA, circRNA eta miRNA) barne hartzen dituena. Teknika honek zelula espezifikoen transkriptoma osoa harrapatzen du une jakin batean, prozesu zelularraren ulermen integrala ahalbidetuz. "RNAren sekuentziazio osoa" izenez ere ezagutzen dena, transkriptoma mailan erregulazio-sare korapilatsuak ezagutaraztea du helburu, RNA endogeno lehiakorra (ceRNA) eta RNA bateratuaren analisia bezalako analisi sakonak ahalbidetuz. Honek karakterizazio funtzionalaren hasierako urratsa markatzen du, batez ere circRNA-miRNA-mRNA-n oinarritutako ceRNA elkarrekintzak dituzten sare erregulatzaileak argitzeko.
