-
BMKMANU S3000_Spatial Transcriptome
Transkriptomika espaziala berrikuntza zientifikoaren abangoardian dago, eta ikertzaileei ahalmena ematen die ehunen barruko gene-espresio-eredu korapilatsuetan sakontzeko, beren testuinguru espaziala mantenduz. Hainbat plataformaren artean, BMKGene-k BMKManu S3000 Spatial Transcriptome Chip-a garatu du, 3,5 µm-ko bereizmen hobetua duena, zelula azpizelularra iritsiz eta maila anitzeko bereizmen ezarpenak ahalbidetuz. S3000 txipak, gutxi gorabehera 4 milioi puntu dituena, barra-kode espazialaren harrapaketa-zundekin kargatutako aleekin geruzatutako mikroputzuak erabiltzen ditu. cDNA liburutegi bat, barra-kode espazialez aberastua, S3000 txiptik prestatzen da eta, ondoren, Illumina NovaSeq plataforman sekuentziatzen da. Espazioko barra-kodeen laginen eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta zehaztasuna bermatzen du. BMKManu S3000 txip-a oso polifazetikoa da, maila anitzeko bereizmen ezarpenak eskaintzen ditu, ehun eta nahi den xehetasun-mailetara fin-fin sintonizatu daitezkeenak. Egokigarritasun honek txipa aukera bikain gisa kokatzen du transkriptomika espazialeko hainbat azterketetarako, eta espazio-multzo zehatza zarata minimoarekin bermatzen du. BMKManu S3000-rekin zelulen segmentazio-teknologia erabiltzeak transkripzio-datuak zelulen mugetara mugatzea ahalbidetzen du, esanahi biologiko zuzena duen analisia lortuz. Gainera, S3000-ren bereizmen hobeak zelula bakoitzeko gene eta UMI-kopuru handiagoa detektatzen du, transkripzio-eredu espazialaren eta zelulen multzokatzearen analisi askoz zehatzagoa ahalbidetuz.
-
Nukleo bakarreko RNAren sekuentziazioa
Zelula bakarreko harrapaketa eta liburutegi pertsonalizatuak eraikitzeko tekniken garapenak, errendimendu handiko sekuentziazioarekin batera, zelula mailan gene-adierazpenen azterketak irauli ditu. Aurrerapen honek zelula-populazio konplexuen azterketa sakonagoa eta zabalagoa ahalbidetzen du, zelula guztien batez besteko gene-espresioarekin lotutako mugak gaindituz eta populazio horien benetako heterogeneotasuna gordez. Zelula bakarreko RNA sekuentziatzeak (scRNA-seq) abantaila ukaezinak dituen arren, zenbait ehunetan erronkak aurkitzen ditu non zelula bakarreko suspentsioa sortzea zaila den eta lagin berriak behar dituen. BMKGene-n, oztopo honi aurre egiten diogu nukleo bakarreko RNA sekuentziazioa (snRNA-seq) eskainiz, puntako 10X Genomics Chromium teknologia erabiliz. Ikuspegi honek zelula bakarreko transkriptomaren analisirako gai diren laginen espektroa zabaltzen du.
Nukleoen isolamendua 10X Genomics Chromium txip berritzailearen bidez lortzen da, gurutzaketa bikoitzekin zortzi kanaleko mikrofluidika-sistema bat duena. Sistema honen barruan, barra-kodeak, abiarazleak, entzimak eta nukleo bakar bat barne hartzen dituzten gel-aleak nanolitro tamainako olio-tantetan kapsulatzen dira, Gel Bead-in-Emulsion (GEM) osatuz. GEM eratu ondoren, zelulen lisia eta barra-kodeen askapena gertatzen dira GEM bakoitzaren barruan. Ondoren, mRNA molekulek alderantzizko transkripzioa egiten dute cDNAtan, 10X barra-kodeak eta Identifikatzaile Molekular Bakarra (UMI) sartuz. Ondoren, cDNA hauek sekuentziazio-liburutegiaren eraikuntza estandarraren mende jartzen dira, zelula bakarreko gene-adierazpen-profilen esplorazio sendo eta integrala erraztuz.
Plataforma: 10× Genomics Chromium eta Illumina NovaSeq Plataforma
-
10x Genomics Visium Spatial Transcriptome
Transkriptomika espaziala punta-puntako teknologia da, ikertzaileek ehunen barruko gene-adierazpen-ereduak ikertzeko aukera ematen dien espazio-testuingurua mantenduz. Domeinu honetako plataforma indartsu bat 10x Genomics Visium da Illumina sekuentziazioarekin batera. 10X Visium-en printzipioa txip espezializatu batean dago, ehun-atalak jartzen diren harrapatzeko eremu bat duen. Harrapaketa-eremu honek barra-kodeko puntuak ditu, bakoitza ehunaren barruko kokapen espazial bakarrari dagozkionak. Ondoren, ehunetik harrapatutako RNA molekulak identifikatzaile molekular esklusiboekin (UMI) etiketatzen dira alderantzizko transkripzio prozesuan. Barra kodetutako leku eta UMI hauek geneen adierazpenaren mapa espazial zehatza eta kuantifikazioa ahalbidetzen dute zelula bakarreko bereizmenean. Espazioko barra-kodeen laginen eta UMIen konbinazioak sortutako datuen zehaztasuna eta zehaztasuna bermatzen du. Espazio-Transcriptomics teknologia hau erabiliz, ikertzaileek zelulen antolakuntza espaziala eta ehunen barnean gertatzen diren interakzio molekular konplexuen ulermen sakonago bat lor dezakete, prozesu biologikoen azpian dauden mekanismoei buruzko informazio eskerga eskainiz hainbat arlotan, onkologia, neurozientzia, garapenaren biologia eta immunologia barne. , eta ikasketa botanikoak.
Plataforma: 10X Genomics Visium eta Illumina NovaSeq
