-
Sekuentziazio metagenomikoa -NGS
Metagenoma organismo mistoen komunitate baten material genetiko osoaren bilduma da, hala nola ingurumen eta giza metagenomak. Landu daitezkeen eta landu ezin diren mikroorganismoen genomak ditu. NGS-ekin eskopeta metagenomikoaren sekuentziazioak ingurumen-laginetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu hauek aztertzea ahalbidetzen du, profil taxonomikoa baino gehiago eskainiz, espezieen aniztasunari, ugaritasunaren dinamikari eta populazio-egitura konplexuei buruzko ikuspegi zehatzak ere emanez. Azterketa taxonomikoetatik haratago, eskopetaren metagenomikak genomika funtzionalaren ikuspegia ere eskaintzen du, kodetutako geneak eta prozesu ekologikoetan izan ditzaketen rolak esploratzeko aukera emanez. Azkenik, elementu genetikoen eta ingurumen-faktoreen arteko korrelazio-sareak ezartzeak mikrobio-komunitateen eta haien jatorri ekologikoaren arteko elkarreragin korapilatsuaren ulermen holistikoa laguntzen du. Ondorioz, sekuentziazio metagenomikoaren tresna funtsezkoa da mikrobio-komunitate ezberdinen konplexutasun genomikoak argitzeko, ekosistema konplexu horien barruan genetikaren eta ekologiaren arteko harreman anitzak argituz.
Plataformak: Illumina NovaSeq eta DNBSEQ-T7
-
Sekuentziazio metagenomikoa-TGS
Metagenoma organismoen komunitate misto baten material genetikoaren bilduma da, hala nola ingurumenaren eta gizakiaren metagenomak. Landu daitezkeen eta landu ezin diren mikroorganismoen genomak ditu. Sekuentziazio metagenomikoak lagin ekologikoetan txertatutako paisaia genomiko korapilatsu hauek aztertzea ahalbidetzen du, profil taxonomikoa baino gehiago eskainiz. Era berean, genomika funtzionalaren ikuspegia eskaintzen du, kodetutako geneak eta ingurumen-prozesuetan duten rol suposagarriak aztertuz. Illumina sekuentziazioarekin eskopeta-ikuspegi tradizionalak ikerlan metagenomikoetan oso erabiliak izan diren arren, Nanopore eta PacBio irakurketa luzeko sekuentziazioaren etorrerak eremua aldatu du. Nanopore eta PacBio teknologiak beheranzko analisi bioinformatikoak hobetzen dituzte, batez ere metagenomaren muntaia, muntaketa jarraituagoak bermatuz. Txostenek adierazten dute Nanopore-n oinarritutako eta PacBio-n oinarritutako metagenomikak mikrobioma konplexuetatik bakterioen genoma osoak eta itxiak sortu dituela (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020). Nanopore irakurketak Illumina irakurketekin integratzeak erroreak zuzentzeko ikuspegi estrategikoa eskaintzen du, Nanopore-ren berezko zehaztasun txikia arintzeko. Konbinazio sinergiko honek sekuentziazio plataforma bakoitzaren indarguneak aprobetxatzen ditu, balizko mugak gainditzeko irtenbide sendoa eskainiz eta analisi metagenomikoen zehaztasuna eta fidagarritasuna aurreratuz.
Plataforma: Nanopore PromethION 48, Illumia eta PacBio Revio
-
Genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioa (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) DNAren metilazioa sakon esploratzeko urrezko metodologia da, zehazki, zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioa, geneen adierazpenaren eta zelulen jardueraren erregulatzaile funtsezkoa den. WGBSren azpian dagoen printzipioak bisulfito tratamendua dakar, metilatutako zitosinak urazilo bihurtzea eraginez (C-ra), metilatutako zitosinak aldatu gabe utziz. Teknika honek oinarri bakarreko bereizmena eskaintzen du, ikertzaileek metiloma modu sakonean ikertu eta hainbat baldintzarekin lotutako metilazio-eredu anormalak deskubritzeko, batez ere minbizia. WGBS erabiliz, zientzialariek genoma osoko metilazio-paisaien inguruko ikuspegi paregabeak lor ditzakete, hainbat prozesu biologiko eta gaixotasunen azpian dauden mekanismo epigenetikoen ñabardura emanez.
-
Transposasaren bidez irisgarria den kromatinaren saiakuntza, errendimendu handiko sekuentziazioarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq errendimendu handiko sekuentziazio teknika bat da, genoma osoko kromatinaren irisgarritasunaren azterketarako erabiltzen dena. Erabilerak geneen adierazpenaren gaineko kontrol epigenetiko globalaren mekanismo konplexuak sakonago ulertzen ditu. Metodoak Tn5 transposasa hiperaktibo bat erabiltzen du kromatina-eskualde irekiak aldi berean zatitzeko eta etiketatzeko, sekuentziazio-egokitzaileak sartuz. Ondorengo PCR anplifikazioak sekuentziazio liburutegi bat sortzen du, eta horrek espazio-denbora baldintza zehatzetan kromatina-eskualde irekien identifikazio integrala ahalbidetzen du. ATAC-seq-ek kromatina-paisaia irisgarrien ikuspegi holistikoa eskaintzen du, transkripzio-faktoreak lotzeko guneetan edo histonak aldatutako eskualde zehatzetan soilik zentratzen diren metodoek ez bezala. Kromatina-eskualde ireki hauek sekuentziatuz, ATAC-seq-ek erregulazio-sekuentzia aktiboak eta transkripzio-faktoreak lotzeko guneak izan ditzaketen eskualdeak agerian uzten ditu, genoma osoan zehar gene-adierazpenaren modulazio dinamikoari buruzko informazio baliotsua eskainiz.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-PacBio
16S eta 18S rRNA geneak, barneko transkribatutako espazioarekin (ITS) eskualdearekin batera, hatz-markak molekularreko markatzaile nagusi gisa balio dute, oso kontserbatutako eta hiperaldakorreko eskualdeen konbinazioagatik, eta organismo prokarioto eta eukariotoak karakterizatzeko tresna ezinbestekoak dira. Eskualde hauen anplifikazioak eta sekuentziazioak isolamendurik gabeko ikuspegia eskaintzen du hainbat ekosistematan mikrobioen konposizioa eta aniztasuna ikertzeko. Illumina sekuentziazioak normalean 16S eta ITS1 bezalako V3-V4 eskualde hiperaldagai laburrak bideratzen dituen arren, frogatu da goi-mailako ohartazio taxonomikoa lor daitekeela 16S, 18S eta ITSen luzera osoa sekuentziatuz. Ikuspegi integral honek zehaztasunez sailkatutako sekuentzien portzentaje handiagoak lortzen ditu, espezieen identifikaziora hedatzen den bereizmen maila lortuz. PacBio-ren Molekula bakarreko Denbora Errealeko (SMRT) sekuentziazio-plataforma nabarmentzen da luzera osoko anplikoiak estaltzen dituzten irakurketa luzeak (HiFi) oso zehatzak eskaintzen dituelako, Illumina-ren sekuentziazioaren zehaztasunaren aurka. Gaitasun horri esker, ikerlariek abantaila paregabe bat lor dezakete: paisaia genetikoaren ikuspegi panoramikoa. Estaldura hedatuak espezieen oharpenen bereizmena nabarmen handitzen du, batez ere bakterioen edo onddoen komunitateetan, mikrobioen populazioen konplexutasunak sakonago ezagutzeko aukera emanez.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
Ampliconen sekuentziazioa Illumina teknologiarekin, 16S, 18S eta ITS markatzaile genetikoak bereziki zuzenduta, mikrobio-komunitateen filogenesia, taxonomia eta espezie ugaritasuna argitzeko metodo indartsua da. Ikuspegi honek etxeko markatzaile genetikoen eskualde hiperaldagaiak sekuentziatzea dakar. Hasiera batean hatz-marka molekular gisa sartu zenWoeses et al1977an, teknika honek mikrobiomaren profila irauli du, isolamendurik gabeko analisiak ahalbidetuz. 16S (bakterioak), 18S (onddoak) eta Internal Transcribed Spacer (ITS, onddoak) sekuentziazioaren bidez, ikertzaileek espezie ugariak ez ezik, arraroak eta identifikatu gabekoak ere identifikatu ditzakete. Oso erabilia funtsezko tresna gisa, anplikoien sekuentziazioa funtsezkoa izan da mikrobioen konposizio diferentzialak hautemateko hainbat ingurunetan, giza ahoan, hesteak, gorotzak eta haratago barne.
-
Bakterioen eta Onddoen Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Bakterioen eta onddoen genoma osoa birsekuentziatzeko proiektuak funtsezkoak dira mikrobioen genomikan aurrera egiteko, mikrobioen genomak osatzeko eta alderatzeko aukera emanez. Honek hartzidura-ingeniaritza, prozesu industrialen optimizazioa eta bigarren mailako metabolismo-bideen esplorazioa errazten du. Gainera, onddoen eta bakterioen birsekuentziazioa funtsezkoa da ingurumen-egokitzapena ulertzeko, tentsioak optimizatzeko eta eboluzio genetikoari buruzko dinamikak agertzeko, medikuntzan, nekazaritzan eta ingurumen-zientzian inplikazio zabalak dituena.
-
PacBio-luzera osoko 16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioa
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasunaren proiektuen analisian urteetako esperientziarekin garatzen da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi nagusiaren edukia hartzen du, analisiaren edukia aberatsa eta integrala da, eta analisien emaitzak proiektuen txosten moduan aurkezten dira; Analisi pertsonalizatuaren edukia anitza da. Laginak hauta daitezke eta parametroak malgutasunez ezarri daitezke oinarrizko analisi-txostenaren eta ikerketa-helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko. Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
-
PacBio-luzera osoko transkriptomoa (erreferentziarik gabea)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sekuentziazio datuak sarrera gisa hartuta, aplikazio honek luzera osoko transkripzio sekuentziak identifikatzeko gai da (muntaketarik gabe). Luzera osoko sekuentziak erreferentziazko genomaren mapa eginez, transkripzioak gene, transkripzio, eskualde kodetzaile eta abar ezagunen bidez optimizatu daitezke. Kasu honetan, mRNA egituren identifikazio zehatzagoa lor daiteke, hala nola splicing alternatiboa, etab. NGS transkriptomaren sekuentziazio-datuekin batera egindako analisiak oharpen zabalagoa eta kuantifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du transkripzio mailan, eta horrek neurri handi batean beheranzko adierazpen diferentziala eta analisi funtzionalak mesede egiten ditu.
-
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS) genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioaren (WGBS) alternatiba errentagarri eta eraginkor gisa agertu da DNA metilazio ikerketan. WGBS-k genoma osoa oinarri bakarreko bereizmenean aztertuz ikuspegi integralak eskaintzen dituen arren, bere kostu handia faktore mugatzailea izan daiteke. RRBSk estrategikoki arintzen du erronka hori genomaren zati adierazgarri bat selektiboki aztertuz. Metodologia hau CpG uharteetan aberatsak diren eskualdeen aberastean oinarritzen da, MspI zatiketaren bidez eta 200-500/600 bps zatien tamaina hautatzean. Ondorioz, CpG uharteetatik hurbil dauden eskualdeak bakarrik sekuentziatzen dira, eta urruneko CpG uharteak dituztenak analisitik kanpo geratzen dira. Prozesu honek, bisulfitoen sekuentziazioarekin konbinatuta, ADNaren metilazioa bereizmen handiko detekzioa ahalbidetzen du, eta sekuentziazio ikuspegia, PE150, txertaketen muturretan zentratzen da bereziki erdialdean baino, metilazio-profilaren eraginkortasuna areagotuz. RRBS tresna eskerga bat da, DNA metilazioari buruzko ikerketa errentagarria ahalbidetzen duena eta mekanismo epigenetikoen ezagutza aurreratzen duena.
-
ARN prokariotoen sekuentziazioa
RNA sekuentziatzeak zelulen barruan RNA transkripzio guztien profil osoa ahalbidetzen du baldintza zehatzetan. Punta-puntako teknologia honek tresna indartsu gisa balio du, hainbat prozesu biologikorekin lotutako gene-adierazpen-profil korapilatsuak, gene-egiturak eta mekanismo molekularrak ezagutaraziz. Oinarrizko ikerketan, diagnostiko klinikoan eta sendagaien garapenean oso onartua, RNA sekuentziazioak dinamika zelularren eta erregulazio genetikoaren konplexutasunari buruzko ikuspegia eskaintzen du. Gure RNA prokariotoaren laginaren prozesatzea transkriptoma prokariotikoetarako egokituta dago, rRNA agortzea eta liburutegi direkzionalaren prestaketa barne.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Metatranskripziomen sekuentziazioa
Illumina sekuentziazio-teknologia aprobetxatuz, BMKGENEren metatranskriptomaren sekuentziazio-zerbitzuak mikrobio sorta askoren gene-adierazpen dinamikoa ezagutarazten du, eukariotoak prokariotoetara eta birusetaraino, lurzorua, ura, itsasoa, gorotzak eta tripa bezalako ingurune naturaletan. Gure zerbitzu osoak ikertzaileei ahalmena ematen die mikrobio-komunitate konplexuen gene-espresio-profil osoetan sakontzeko. Azterketa taxonomikotik haratago, gure metatranskriptomaren sekuentziazio-zerbitzuak aberaste funtzionalaren esplorazioa errazten du, modu ezberdinean adierazitako geneak eta haien rolak argituz. Deskubritu informazio biologiko ugari, ingurumen-hobi ezberdin horien barruan gene-adierazpenaren, aniztasun taxonomikoaren eta dinamika funtzionalaren paisaia konplexuetan nabigatzen duzun bitartean.
-
De novo Onddoen Genomaren Asanblada
BMKGENE-k onddoen genometarako soluzio anitzekoak eskaintzen ditu, ikerketa-behar anitzak eta nahi den genomaren osotasuna asetzeko. Irakurketa laburreko Illumina sekuentziazioa bakarrik erabiltzeak genoma zirriborro bat sortzea ahalbidetzen du. Irakurketa laburrak eta irakurketa luzeko sekuentziazioa Nanopore edo Pacbio erabiliz konbinatzen dira onddoen genoma finduagoa lortzeko, kontig luzeagoak dituena. Gainera, Hi-C sekuentziazioa integratzeak gaitasunak areagotzen ditu, kromosoma-mailako genoma osoa lortzea ahalbidetuz.
