-
Hi-C oinarritutako kromatina interakzioa
Hi-C konfigurazio genomikoa harrapatzeko diseinatutako metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako interakzioak eta errendimendu handiko sekuentziazioa konbinatuz. Metodoa kromatina formaldehidoarekin gurutzatzean oinarritzen da, eta, ondoren, digestioa eta birloketa egiten da, modu kobalentean lotuta dauden zatiek soilik ligatzeko produktuak sortuko dituzten. Lotura-produktu horiek sekuentziatuz, genomaren 3D antolamendua azter daiteke. Hi-C-k arin bilduta dauden genomaren zatien banaketa (A konpartimentuak, eukromatina) eta transkripzio aktiboa izateko probabilitate handiagoa duten genomaren zatien banaketa aztertzen du, eta estuago bilduta dauden eskualdeak (B konpartimentuak, heterokromatina). Hi-C ere erabil daiteke Topologikoki Elkartutako Domeinuak (TAD) zehazteko, egitura tolestuak dituzten eta antzeko espresio-ereduak izan ditzaketen genomaren eskualdeak, eta kromatina begiztak identifikatzeko, proteinen bidez elkarrekin ainguratuta dauden eta dauden DNA-eskualdeak identifikatzeko. sarritan arauzko elementuetan aberastua. BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio zerbitzuak ikertzaileei genomikaren dimentsio espazialak aztertzeko ahalmena ematen die, bide berriak irekiz genomaren erregulazioa eta osasunean eta gaixotasunean dituen ondorioak ulertzeko.
-
Kromatina immunoprezipitazioaren sekuentziazioa (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprezipitation (CHIP) antigorputzak aprobetxatzen dituen teknika bat da, DNA lotzeko proteinak eta dagozkien helburu genomikoak selektiboki aberasteko. NGS-ekin integratzeak histonaren aldaketekin, transkripzio-faktoreekin eta DNA lotzen dituen beste proteina batzuekin lotutako DNA-helburuen genoma osoan profilatzea ahalbidetzen du. Ikuspegi dinamiko honek hainbat zelula mota, ehun edo baldintzatan lotzeko guneak alderatzen ditu. ChIP-Seq-en aplikazioak transkripzio-erregulazioa eta garapen-bideak aztertzen hasi eta gaixotasun-mekanismoak argitzen ditu, ezinbesteko tresna bihurtuz erregulazio genomikoaren paisaiak ulertzeko eta ikuspegi terapeutikoak aurrera egiteko.
Plataforma: Illumina NovaSeq
-
Genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioa (WGBS)
Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) DNAren metilazioa sakon esploratzeko urrezko metodologia da, zehazki, zitosinaren (5-mC) bosgarren posizioa, geneen adierazpenaren eta zelulen jardueraren erregulatzaile funtsezkoa den. WGBSren azpian dagoen printzipioak bisulfito tratamendua dakar, metilatutako zitosinak urazilo bihurtzea eraginez (C-ra), metilatutako zitosinak aldatu gabe utziz. Teknika honek oinarri bakarreko bereizmena eskaintzen du, ikertzaileek metiloma modu sakonean ikertu eta hainbat baldintzarekin lotutako metilazio-eredu anormalak deskubritzeko, batez ere minbizia. WGBS erabiliz, zientzialariek genoma osoko metilazio-paisaien inguruko ikuspegi paregabeak lor ditzakete, hainbat prozesu biologiko eta gaixotasunen azpian dauden mekanismo epigenetikoen ñabardura emanez.
-
Transposasaren bidez irisgarria den kromatinaren saiakuntza, errendimendu handiko sekuentziazioarekin (ATAC-seq)
ATAC-seq errendimendu handiko sekuentziazio teknika bat da, genoma osoko kromatinaren irisgarritasunaren azterketarako erabiltzen dena. Erabilerak geneen adierazpenaren gaineko kontrol epigenetiko globalaren mekanismo konplexuak sakonago ulertzen ditu. Metodoak Tn5 transposasa hiperaktibo bat erabiltzen du kromatina-eskualde irekiak aldi berean zatitzeko eta etiketatzeko, sekuentziazio-egokitzaileak sartuz. Ondorengo PCR anplifikazioak sekuentziazio liburutegi bat sortzen du, eta horrek espazio-denbora baldintza zehatzetan kromatina-eskualde irekien identifikazio integrala ahalbidetzen du. ATAC-seq-ek kromatina-paisaia irisgarrien ikuspegi holistikoa eskaintzen du, transkripzio-faktoreak lotzeko guneetan edo histonak aldatutako eskualde zehatzetan soilik zentratzen diren metodoek ez bezala. Kromatina-eskualde ireki hauek sekuentziatuz, ATAC-seq-ek erregulazio-sekuentzia aktiboak eta transkripzio-faktoreak lotzeko guneak izan ditzaketen eskualdeak agerian uzten ditu, genoma osoan zehar gene-adierazpenaren modulazio dinamikoari buruzko informazio baliotsua eskainiz.
-
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS)
Errepresentazio murriztuko bisulfitoen sekuentziazioa (RRBS) genoma osoko bisulfitoen sekuentziazioaren (WGBS) alternatiba errentagarri eta eraginkor gisa agertu da DNA metilazio ikerketan. WGBS-k genoma osoa oinarri bakarreko bereizmenean aztertuz ikuspegi integralak eskaintzen dituen arren, bere kostu handia faktore mugatzailea izan daiteke. RRBSk estrategikoki arintzen du erronka hori genomaren zati adierazgarri bat selektiboki aztertuz. Metodologia hau CpG uharteetan aberatsak diren eskualdeen aberastean oinarritzen da, MspI zatiketaren bidez eta 200-500/600 bps zatien tamaina hautatzean. Ondorioz, CpG uharteetatik hurbil dauden eskualdeak bakarrik sekuentziatzen dira, eta urruneko CpG uharteak dituztenak analisitik kanpo geratzen dira. Prozesu honek, bisulfitoen sekuentziazioarekin konbinatuta, ADNaren metilazioa bereizmen handiko detekzioa ahalbidetzen du, eta sekuentziazio ikuspegia, PE150, txertaketen muturretan zentratzen da bereziki erdialdean baino, metilazio-profilaren eraginkortasuna areagotuz. RRBS tresna eskerga bat da, DNA metilazioari buruzko ikerketa errentagarria ahalbidetzen duena eta mekanismo epigenetikoen ezagutza aurreratzen duena.
