-
PacBio-luzera osoko 16S/18S/ITS anplikoien sekuentziazioa
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasunaren proiektuen analisian urteetako esperientziarekin garatzen da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi nagusiaren edukia hartzen du, analisiaren edukia aberatsa eta integrala da, eta analisien emaitzak proiektuen txosten moduan aurkezten dira; Analisi pertsonalizatuaren edukia askotarikoa da. Laginak hauta daitezke eta parametroak malgutasunez ezarri daitezke oinarrizko analisi-txostenaren eta ikerketa-helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko. Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
-
PacBio-luzera osoko transkriptomoa (erreferentziarik gabea)
Pacific Biosciences (PacBio) Isoform sekuentziazio datuak sarrera gisa hartuta, aplikazio honek luzera osoko transkripzio sekuentziak identifikatzeko gai da (muntaketarik gabe). Luzera osoko sekuentziak erreferentziazko genomaren mapa eginez, transkripzioak gene, transkripzio, eskualde kodetzaile eta abar ezagunen bidez optimizatu daitezke. Kasu honetan, mRNA egituren identifikazio zehatzagoa lor daiteke, hala nola splicing alternatiboa, etab. NGS transkriptomaren sekuentziazio-datuekin batera egindako analisiak oharpen zabalagoa eta kuantifikazio zehatzagoa ahalbidetzen du transkripzio mailan, eta horrek neurri handi batean beheranzko adierazpen diferentziala eta analisi funtzionalak mesede egiten ditu.
-
Tresna-tresnak
BMKCloud programa genomikoetarako irtenbide bakarra eskaintzen duen plataforma bioinformatiko liderra da, eta hainbat arlotako ikertzaileen konfiantza handia da, besteak beste, mediku, nekazaritza, ingurumena, etab. , baliabide informatikoak, datu-base publikoak, lineako ikastaro bioinformatikoak, etab. BMKCloud-ek maiz erabiltzen diren hainbat tresna bioinformatiko ditu. geneen oharpena, tresna genetiko ebolutiboak, ncRNA, datuen kalitatearen kontrola, muntaia, lerrokatzea, datuen erauzketa, mutazioak, estatistikak, irudi-sortzailea, sekuentzia-analisia, etab.
-
RNA txikia
RNA txikiak kodetzen ez diren RNA laburrak dira, batez beste 18-30 nt arteko luzera dutenak, miRNA, siRNA eta piRNA barne. RNA txiki hauek hainbat prozesu biologikotan parte hartzen dutela jakinarazi da, hala nola, mRNA degradazioan, itzulpenaren inhibizioan, heterokromatinaren eraketa, etab. SmallRNA sekuentziazio analisia animalia/landareen garapena, gaixotasuna, birusa, etab. sekuentziazio analisi plataformak analisi estandarrak eta datu-meatzaritza aurreratuak ditu. RNA-seq datuetan oinarrituta, analisi estandarrak miRNAren identifikazioa eta iragarpena lor ditzake, miRNA xede geneen iragarpena, oharpena eta adierazpenaren analisia. Analisi aurreratuak miRNA bilaketa eta erauzketa pertsonalizatuak, Venn diagrama sortzea, miRNA eta xede geneen sarearen eraikuntza ahalbidetzen du.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS genomaren birsekuentziazio analisirako plataforma oso bat da, Biomarkatzaileen Teknologietan esperientzia aberatsean oinarrituta garatu dena. Erraz erabiltzeko plataforma honek analisi-lan-fluxu integratua bizkor bidaltzeko aukera ematen du oinarrizko parametro batzuk ezarriz, Illumina plataformatik eta BGI sekuentziazio plataformatik sortutako DNA sekuentziatzeko datuetarako egokitzen dena. Plataforma hau errendimendu handiko zerbitzari informatiko batean hedatzen da, eta datuen analisi oso eraginkorra ahalbidetzen du denbora oso mugatuan. Datu-meatzaritza pertsonalizatua analisi estandarrean oinarrituta dago eskuragarri, gene mutatuen kontsulta, PCR lehen diseinua, etab.
-
mRNA (erreferentzia)
Transkriptoma informazio genomikoaren eta funtzio biologikoaren proteomaren arteko lotura da. Transkripzio-mailako erregulazioa organismoen erregulazio-modu garrantzitsuena eta aztertuena da. Transkriptomaren sekuentziazioak transkriptomia edozein momentutan edo edozein baldintzatan sekuentzia dezake, nukleotido bakarrerako bereizmen zehatzarekin. Geneen transkripzio maila dinamikoki islatu dezake, aldi berean transkripzio arraroak eta normalak identifikatu eta kuantifikatu eta egitura-informazioa eman dezake. transkripzio espezifikoak laginak.
Gaur egun, transkriptomaren sekuentziazio-teknologia oso erabilia izan da agronomian, medikuntzan eta beste ikerketa-eremu batzuetan, besteak beste, animalien eta landareen garapenaren erregulazioa, ingurumen-egokitzapena, interakzio immunologikoa, geneen lokalizazioa, espezieen bilakaera genetikoa eta tumoreak eta gaixotasun genetikoak detektatzeko.
-
Metagenomika (NGS)
Analisi-plataforma hau eskopetaren datu metagenomikoak aztertzeko diseinatuta dago, urteetako esperientzian oinarrituta. Lan-fluxu integratua da, normalean beharrezkoak diren metagenomika-analisi desberdinak barne hartzen dituena, besteak beste, datuen prozesamendua, espezie-mailako azterketak, gene-funtzio-mailako azterketak, metagenomaren bilketa, etab. Horrez gain, datu-meatzaritza pertsonalizatuko tresnak eskuragarri daude analisi-lan-fluxu estandarrean, gene eta espezieen kontsulta barne. , parametroen ezarpena, figura pertsonalizatua sortzea, etab.
-
LncRNA
RNA ez kodetzaile luzeak (lncRNA) 200 nt baino luzera handiagoa duten transkripzio mota bat dira, proteinak kodetu ezin dituztenak. Ebidentzia metatuek iradokitzen dute lncRNA gehienak funtzionalak izatea oso litekeena dela. Errendimendu handiko sekuentziazio teknologiek eta analisi bioinformatikoko tresnek lncRNA sekuentziak eta kokapen informazioa modu eraginkorragoan erakusteko ahalmena ematen digute eta funtzio erregulatzaile erabakigarriak dituzten lncRNAak aurkitzera garamatza. BMKCloud harro dago gure bezeroei lncRNA sekuentziazio analisi plataforma eskaintzeaz, lncRNA analisi azkarra, fidagarria eta malgua lortzeko.
-
GWAS
Genoma osoko elkarte-azterketak (GWAS) ezaugarri zehatzekin (fenotipo) lotzen diren aldaera genetikoak (genotipoa) identifikatzea du helburu. GWA ikerketek marka genetikoak gizabanako kopuru handien genoma osoa zeharkatzen dute eta genotipo-fenotipo-elkarteak aurreikusten dituzte populazio mailan analisi estatistikoaren bidez. Genoma osoaren birsekuentziazioak aldaera genetiko guztiak aurki ditzake. Datu fenotipikoekin batera, GWAS prozesatu daiteke fenotipoarekin erlazionatutako SNP, QTL eta gene hautagaiak identifikatzeko, eta horrek biziki babesten du animalien/landareen hazkuntza modernoa. SLAF norberak garatutako genoma sinplifikatutako sekuentziazio estrategia bat da, eta genoma osoan banatutako markatzaileak, SNP, aurkitzen ditu. SNP hauek, markatzaile genetiko molekular gisa, prozesatu daitezke ezaugarri zuzenduak dituzten asoziazio-azterketetarako. Kostu-eraginkorra den estrategia bat da, lotutako ezaugarri konplexuak aldakuntza genetikoak identifikatzeko.
-
Nanopore Luzera osoko transkriptomika
Organismoetako isoforma alternatibo konplexuak eta aldakorrak mekanismo genetiko garrantzitsuak dira geneen adierazpena eta proteina aniztasuna erregulatzeko. Transkripzio-egituren identifikazio zehatza da gene-espresioaren erregulazio-ereduen azterketa sakona egiteko oinarria. Nanopore sekuentziazio plataformak arrakastaz eraman du azterketa transkriptomikoa isoforma mailara. Analisi-plataforma hau Nanopore plataforman sortutako RNA-Seq datuak erreferentziako genomaren oinarrian aztertzeko diseinatuta dago, zeinak analisi kualitatibo eta kuantitatiboak lortzen baititu gene mailan eta transkripzio mailan.
-
zirku-RNA
RNA zirkularra (circRNA) kodetzen ez den RNA mota bat da, eta duela gutxi aurkitu da garapenean, ingurumen-erresistentzian eta abarretan parte hartzen duten erregulazio-sareetan ezinbestekoa dena. RNA linealetatik bereizten dira, adibidez, mRNA, lncRNA, 3′ eta 5′. ZirkARNaren muturrak elkartzen dira egitura zirkular bat sortzeko, eta horrek exonukleasaren digestiotik salbatzen ditu eta RNA lineal gehienak baino egonkorragoak dira. CircRNA geneen adierazpena erregulatzeko hainbat funtzio dituela aurkitu da. CircRNA ceRNA gisa funtziona dezake, miRNA lehiakortasunean lotzen duena, miRNA belaki bezala ezagutzen dena. CircRNA sekuentziazio-analisi plataformak circRNA egitura eta adierazpenaren analisia, helburuen iragarpena eta RNA molekulen analisi bateratua ahalbidetzen ditu.
-
BSA
Bulked Segregant Analysis plataforma urrats bakarreko analisi estandarrez eta analisi aurreratuaz osatuta dago, parametroen ezarpen pertsonalizatuarekin. BSA fenotipoarekin lotutako markatzaile genetikoak azkar identifikatzeko erabiltzen den teknika da. BSAren lan-fluxu nagusiak honako hauek ditu: 1. Fenotipo oso kontrajarriak dituzten gizabanako bi talde hautatzea; 2. Banako guztien DNA, RNA edo SLAF-seq (Biomarker-ek garatua) elkartzea, DNAren bi zati osatzeko; 3. Erreferentziazko genomaren aurkako sekuentzia diferentzialak identifikatzea edo tartean, 4. Lotutako eskualde hautagaiak aurreikustea ED eta SNP-indize algoritmoaren bidez; 5. Eskualde hautagaietako geneen analisi funtzionala eta aberastea, etab. Markatzaile genetikoen baheketa eta primer diseinua barne dauden datuetan meatzaritza aurreratuagoa ere eskuragarri dago.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS) plataforma mikrobioen aniztasunaren proiektuen analisian urteetako esperientziarekin garatzen da, oinarrizko analisi estandarizatua eta analisi pertsonalizatua dituena: oinarrizko analisiak egungo mikrobioen ikerketaren analisi nagusiaren edukia hartzen du, analisiaren edukia aberatsa eta integrala da, eta analisien emaitzak proiektuen txosten moduan aurkezten dira; Analisi pertsonalizatuaren edukia askotarikoa da. Laginak hauta daitezke eta parametroak malgutasunez ezarri daitezke oinarrizko analisi-txostenaren eta ikerketa-helburuaren arabera, eskakizun pertsonalizatuak betetzeko. Windows sistema eragilea, sinplea eta azkarra.
