Bero-mapa
Heatmap tresnak datu matrizeko fitxategi bat onartzen du sarrera gisa eta erabiltzaileei datuak iragazteko, normalizatzeko eta multzokatzeko aukera ematen die. Bero-mapen erabilera-kasu nagusia lagin ezberdinen arteko gene-adierazpen-mailaren multzo-analisia da.
Gene Oharra
Gene Annotation tresnak sarrerako FASTA fitxategien sekuentzia lerrokatzean oinarritutako geneen oharrak egiten ditu datu-base ezberdinekin.
Tokiko Lerrokadura Bilatzeko oinarrizko tresna (BLAST)
BLAST tresna NCBI BLAST-en BMKCloud bertsio integratua da eta BMKCloud kontuan kargatutako datuak erabiliz funtzio berdinak betetzeko erabil daiteke.
CDS_UTR iragarpena
CDS_UTR Prediction tresna eskualde kodetzaileak (CDS) eta eskualde ez-kodetzaileak (UTR) iragartzeko diseinatuta dago transkripzio-sekuentzia jakinetan, BLAST emaitzetan oinarrituta, proteina datu-base ezagunekin eta ORF iragarpen-emaitzekin.
Manhattan lursaila
Manhattan Plot tresnak lagin handiko esperimentuak bistaratzeko aukera ematen du eta genoma osoko elkartze-azterketetan (GWAS) erabili ohi da.
Circos Diagrama
CIRCOS Diagram tresnak ezaugarri genomikoak genoman zehar nola banatzen diren bistaratzen du. Ezaugarri komunak dira loci kuantitatiboak, SNPak, InDels, egiturazko eta kopia-zenbakien aldaerak.
Gene Ontologia (GO) Aberastea
GO Enrichment tresnak aberaste funtzionalaren analisia eskaintzen du. Tresna honetako software nagusia TopGO-Bioconductor paketea da, adierazpen diferentzialaren analisia, GO aberastearen analisia eta emaitzen bistaratzea barne hartzen dituena.
Gene Ko-adierazpen Sarearen Azterketa haztatua (WGCNA)
WGCNA oso erabilia den datu-meatzaritza metodo bat da, gene-adierazpen-moduluak ezagutzeko. Adierazpen-datu-multzo ezberdinetarako aplikagarria da mikroarray eta NGS gene-adierazpen datuak barne.
InterProScan
InterProScan tresnak InterPro proteinaren sekuentziaren azterketa eta sailkapena eskaintzen du.
GO KEGG Aberastea
GO KEGG Enrichment tresna GO aberaste-histograma, KEGG aberaste-histograma eta KEGG aberaste-bide bat sortzeko diseinatu da, emandako gene-multzo batean eta dagokion oharpenean oinarrituta.