Landare/Animalaren Genoma Osoaren Sekuentziazioa
Zerbitzuaren Ezaugarriak
● Liburutegien prestaketa estandarra edo PCRrik gabekoa izan daiteke
● 4 sekuentziazio plataformatan eskuragarri: Illumina NovaSeq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 edo PacBio Revio.
● Aldaeren detekziora bideratutako analisi bioinformatikoa: SNP, InDel, SV eta CNV.
Zerbitzu Abantailak
●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabalak: 1000 espezie baino gehiagoren genomaren sekuentziazioan pilatutako esperientziak 1000 kasu baino gehiago argitaratu ditu 5000 baino gehiagoko eragin-faktore metatua dutenak.
●Bioinformatikako Analisi Integrala: aldakuntza-deiak eta funtzioen oharrak barne.
● Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.
●Oharpen Integrala: Hainbat datu-base erabiltzen ditugu identifikatutako aldaerak dituzten geneak funtzionalki ohartzeko eta dagozkion aberaste-analisia egiteko, ikerketa-proiektu anitzei buruzko argibideak emanez.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Identifikatu beharreko aldaerak | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako sakonera |
| SNP eta InDel | Illumina NovaSeq PE150 edo MGI T7 | 10x |
| SV eta CNV (ez hain zehatzak) | 30x | |
| SV eta CNV (zehatzagoak) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNPak, Indels, SV eta CNV | PacBio Revio | 10x |
Lagin-baldintzak
| Ehunak edo ateratako azido nukleikoak | Illumina/MGI | Nanoporoa | PacBio
| ||
| Animalien erraiak | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Animalien Muskulua | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Ugaztun Odola | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Hegazti/arrainen odola | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Landare- Hosto Freskoa | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Zelula haziak |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Intsektuen ehun bigunak/Banako | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Erauzitako DNA
| Kontzentrazioa: ≥ 1 ng/ µL Kantitatea: ≥ 30 ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez
| Kontzentrazioa Zenbatekoa
OD260/280
OD260/230
Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez
| ≥ 40 ng/ µL 4 µg/fluxu-zelula/lagina
1.7-2.2
≥1,5 | Kontzentrazioa Zenbatekoa
OD260/280
OD260/230
Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez | ≥ 50 ng/ µL 10 µg/fluxu-zelula/lagina
1.7-2.2
1,8-2,5 |
| PCRrik gabeko liburutegia prestatzea: Kontzentrazioa ≥ 40 ng/ µL Zenbatekoa≥ 500 ng | |||||
Zerbitzuaren Lan Fluxua
Laginaren entrega
DNA erauztea
Liburutegiaren eraikuntza
Sekuentziazioa
Datuen azterketa
Datuak ematea
Honako analisia barne hartzen du:
- Datu gordinak kalitate kontrola
- Erreferentziako genomarekiko lerrokatze-estatistikak
- Aldaeraren identifikazioa: SNP, InDel, SV eta CNV
- Aldaeren oharpen funtzionala
Erreferentziako genomarekin lerrokatzearen estatistikak - sekuentziazioaren sakoneraren banaketa
Lagin anitzen artean SNP deia
InDel identifikazioa - InDel luzeraren estatistikak CDS eskualdean eta genoma osoko eskualdean
Genoman zehar banaketa aldakorra – Circos lursaila
Identifikatutako aldaerak dituzten geneen oharpen funtzionala – Gene Ontologia
Chai, Q. et al. (2023) "Glutation S-transferase GhTT19 lore petaloen pigmentazioa zehazten du kotoian antozianina metaketa erregulatuz", Plant Biotechnology Journal, 21 (2), or. 433. doi: 10.1111/PBI.13965.
Cheng, H. et al. (2023) 'Kromosoma-maila basatia Hevea brasiliensis genomak tresna berriak eskaintzen ditu genomikoki lagundutako hazkuntzarako eta loci baliotsuak goma-errendimendua igotzeko', Plant Biotechnology Journal, 21 (5), 1058-1072 orr. doi: 10.1111/PBI.14018.
Li, A. et al. (2021) 'Genome of the estuarine oyster' insights insights in the climate impact and moldapen plasticity', Communications Biology 2021 4:1, 4(1), 1-12 orr. doi: 10.1038/s42003-021-02823-6.
Zeng, T. et al. (2022) "Txinako indigenen oilaskoen genoma eta metilazio-aldaketen analisiak denboran zehar espezieen kontserbazioari buruzko ikuspegia ematen du", Communications Biology, 5 (1), 1-12 orr. doi: 10.1038/s42003-022-03907-7.
