Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Hasi saioa

Aurrealdi

Landarea / Animal de Novo Genoma Sekuentziazioa

Landare / Animal de Novo genoma sekuentziazioa Nabarmendutako irudia

De novoSekuentziazioak espeziearen genoma osoa eraikitzea aipatzen du erreferentziako genoma baten faltan sekuentziazio teknologiak erabiliz. Hirugarren belaunaldiko sekuentziazioaren sarrerak eta hedapenak, irakurketa luzeagoak izanik, genoma-muntaketa nabarmen hobetu dute irakurketen arteko gainjarriak handituz. Hobekuntza hori bereziki garrantzitsua da genoma gogorrak jorratzerakoan, hala nola, heterozigositate handia dutenak, eskualde errepikakorrak, poliploideak eta eskualde errepikakorrak dituzten eskualdeak, GC-ko edukia anormalak edo normalean gaizki biltzen direnak, irakurketa laburreko sekuentziazioak erabiliz. bakarrik.

Geldialdi bakarreko konponbideak sekuentziazio zerbitzu integratuak eta azterketa bioinformatikoa eskaintzen ditu, kalitate handiko Novo muntatutako genoma eskaintzen dutenak. Illumina-rekin hasierako genoma inkesta batek genoma tamainaren eta konplexutasunaren estimazioak eskaintzen ditu eta informazio hau Pacbio HiFi-rekin irakurri eta jarraian irakurtzeko luzerako sekuentziazioaren hurrengo urratsa gidatzeko erabiltzen dade novoContigs-en muntaketa. HICen muntaketa ondorengo erabilera Genomaren bidez, kromosoma maila bat lortuz. Azkenean, genoma genearen iragarpenak oharkabean dago eta adierazitako geneak sekuentziatuz, irakurketa laburrekin eta luzeekin transkriptometara joz.

Jar zaitez gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demo emaitzak

Nabarmendutako argitalpenak

Zerbitzuaren ezaugarriak

● Sekuentzia eta zerbitzu bioinformatikoak integratzea geldialdi bakarreko konponbide batean:

Genoma inkesta Illumina-rekin genoma tamaina estimatzeko eta ondorengo pausoak gidatzeko;

Irakurtzeko sekuentziazioade novoKontigen muntaketa;

Hi-C kromosoma ainguratzeko sekuentziazioa;

MRNAren sekuentziazioa geneak ohartzeko;

Batzarraren balioztapena.

● Intereseko espezieetarako genoma eleberri eleberriak edo lehendik dauden erreferentziazko genomak hobetzeko egokia.

Zerbitzuaren abantailak

IDO-sekuentziazioa-eta-bioinformatika-in-novo-genome-muntaia

Sekuentziazio plataformen eta bioinformatikaren garapenade novoGenoma Batzarra

(Amarasinghe sl et al.,Genoma Biologia, 2020)

●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabala: Bmkgene-k esperientzia handiko esperientzia masiboa izan du espezie desberdinetako kalitate handiko genoma batzarrean, besteak beste, diploideen genomak eta espezie polipoliboen eta alopoliboen genoma oso konplexuak. 2018az geroztik, gehiago lagundu duguEragin handiko 300 argitalpen, eta horietako 20+ naturaren genetika argitaratzen dira.

● Geldialdi bakarreko irtenbidea: Gure ikuspegi integratuak sekuentziazio teknologia ugari eta analisi bioinformatikoak funtzionatzen du lan-fluhio kohesionatu batean, kalitate handiko muntatutako genoma bat bidaliz.

●Zure beharretara egokituta: Gure zerbitzu-fluxua pertsonalizagarria da, hainbat ezaugarri eta ikerketa-premia berariazko genomak egokitzea ahalbidetuz. Genoma erraldoiak, genoma polipoideak, genoma oso heterozigotoak eta gehiago biltzen ditu.

●Bioinformatika eta laborategi kualifikatua: Esperientzia handia du genoma konplexuen multzo konplexuen eta patente eta software-eskubideen aurrean.

●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.

Zerbitzuaren zehaztapenak

Genome Inkesta

Genoma Batzarra

Kromosoma maila

Genoma oharpena

50x illumina novaseq pe150

30x pacbio ccs hifi irakurtzen da

100x hi-c

RNA-SEQ Illumina Pe150 10 GB

(aukerakoa)

Luzera osoa RNA-SEQ PACBIO 40 GB edo

Nanopore 12 GB

Zerbitzuaren baldintzak

Genoma inkesta, Genoma Batzarra eta Hi-C batzarra:

Ehun edo azido nukleiko erauzgarriak	Genome Inkesta	Genoma Batzarra Pacbiorekin	Hi-c batzarra
Animalien biskiak	0,5-1 g	≥ 3,5 g	≥2
Animalien muskulua	0,5-1 g	≥ 5 g	≥2
Odol mamiarra	1,5 ml	≥ 5 ml	≥2 ml
Hegazti / Arrain odola	1,5 ml	≥ 0,5 ml	≥2 ml
Landare-hosto freskoa	1-2 g	≥ 5 g	≥ 4 g
Zelula kulturalak		≥ 1x10⁸	≥ 1x10⁷
Intsektu	0,5-1 g	≥ 3 g	≥ 2 g
Ateratako ADNa	Kontzentrazioa: ≥1 ng / μl Zenbatekoa ≥ 30 ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez	Kontzentrazioa: ≥ 50 ng / μl Zenbatekoa: 10 μg / fluxu gelaxka / lagina Od260 / 280 = 1,7-2.2 Od260 / 230 = 1,8-2.5 Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez	-

Genoma oharpenerako transkriptomiarekin:

Ehun edo azido nukleiko erauzgarriak	Illumina Transcriptome	Pacbio Transcriptome	Nanopore Transcriptome
Landare-root / stem / petal	450 mg	600 mg
Landarea - hosto / hazia	300 mg	300 mg
Landarea - fruta	1,2	1,2
Animalien bihotza / hesteak	300 mg	300 mg
Animalien biskia / garuna	240 mg	240 mg
Animalien muskulua	450 mg	450 mg
Animal hezurrak / ilea / azala	1 g	1 g
Artropodo - intsektu	6	6
Artropodoa -Crustacea	300 mg	300 mg
Odol osoa	1 hodi	1 hodi
Erauzitako RNA	Kontzentrazioa: ≥ 20 ng / μl Zenbatekoa ≥ 0,3 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Argena≥ 6 5≥28s / 18s≥1	Kontzentrazioa: ≥ 100 ng / μl Zenbatekoa ≥ 0,75 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Argena≥ 8 5≥28s / 18s≥1	Kontzentrazioa: ≥ 100 ng / μl Zenbatekoa ≥ 0,75 μg Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Argena≥ 7.5 5≥28s / 18s≥1

Gomendatutako laginaren entrega

Edukiontzia: 2 ml Centrifuge Tube (Tin Papera ez da gomendagarria)

(Lagin gehienetan, etanolan ez zaintzea gomendatzen dugu.)

Laginaren etiketatzea: laginak argi eta garbi etiketatu behar dira eta bidalitako laginaren informazio formularioaren berdina izan behar du.

Bidalketa: Izotz lehorra: laginak poltsetan paketatu behar dira lehenik eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.

Lan-fluinu

Zerbitzuaren lan-fluxua

Esperimentuaren diseinua

Laginaren entrega

DNA erauzketa

Liburutegiko eraikuntza

Sekuentziazio

Datuen azterketa

Salmenta osteko zerbitzuak

Aurrekoa: Giza exome sekuentziazioa

Hurrengoa: Hi-C oinarritutako genoma Batzarra

Azterketa bioinformatiko osoa, 4 urratsetan bereizita:

1) Genoma inkesta, NGS-rekin egindako K-M analisian oinarrituta honako hau da:

Genomaren tamainaren estimazioa

Heterozygityren estimazioa

Eskualde errepikakorren estimazioa

2) Genoma Batzarra Pacbio HiFi-rekin:

De novobilera

Muntatzeko ebaluazioa: Busco analisia, Genoma osotasunaren eta NGSren mapak eta Pacbio HiFi-k irakurtzen ditu

3) Hi-C batzarra:

Hi-C liburutegiko QC: Hi-C baliozko elkarreraginen kalkulua

Hi-C Muntaia: Taldeka kontigen multzoa, eta jarraian, Contig-ek talde bakoitzaren barruan ordenatu eta Contig orientazioa esleitzen du

Hi-c ebaluazioa

4) Genoma oharpena:

Kodetze ez den RNA iragarpena

Sekuentzia errepikakorrak identifikatzea (Transpossons eta tandem errepikatzen dira)

Gene iragarpena

§De novo: Ab Initio Algoritmoak

§ Homologian oinarrituta

§ Transkriptomean oinarrituta, irakurketa luze eta laburrak ditu: irakurketak dirade novozirriborroko genoma muntatu edo mapatu

§ Datu-base anitzekin aurreikusitako geneen oharpena

1) Genoma inkesta- K-mer azterketa

2) Genoma Batzarra

2) Genoma-muntaketa - Pacbio HiFi-k muntaketa zirriborroa irakurtzen du

2) Hi-C Muntaia - Hi-C baliozko elkarreragin bikoteen kalkulua

3) Hi-C Muntatzeko Ebaluazioa

4) Genoma oharpena - Aurreikusitako geneen integrazioa

4) Genoma oharpena - Aurreikusitako geneak oharpena

Arakatu BMKGene-ren DE Novo Genomo Batzarreko Zerbitzuak argitalpen bilduma komisio baten bidez errazten dituen aurrerapenak:

Li, C. et al. (2021) 'Genoma sekuentziek bide sakabanatzaile globalak agerian uzten dituzte eta Egokitzapen genetiko konbergenteak iradokitzen dituzte Seahorse Evolution', Nature Communications, 12 (1). DOI: 10.1038 / S41467-021-21379-X.

Li, Y. et al. (2023) "Eskala handiko kromosomikoek genoma-mailako adierazpenen alterazioak, ingurumen egokitzapena eta espezia gayal (BOS frontoian) ', biologia molekularra eta bilakaera, 40 (1) dira. DOI: 10.1093 / MOLBEV / MSAD006.

Tian, T. et al. (2023) "Genoma-muntaketa eta disekzio genetikoa, lehortearekiko erresistentea den artoa germplasm", Natura Genetika 2023 55: 3, 55 (3), 496-506 PP. DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-Y.

Zhang, F. et al. (2023) "Tropane Alkaloide Biosintesiaren bilakaera agerian uztea Solanaceae familiako bi genomak aztertuz, naturaren komunikazioak 2023 14: 1, 14 (1), 1-18. DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4.

Kasu-ikasketa erronkak:

Telomere-Telomere Batzarra:Fu, A. et al. (2023) "Telomere-Telomere Telomere Meloi mingotsa (Momordica Charantia L. Var." Momordica Charantia L. Var.) Fruitu garapena, konposizioa eta ezaugarri genetikoak hazten ditu ', baratze ikerketa, 10 (1). DOI: 10.1093 / HR / UHAC28.

Haplotype muntaia:Hu, W. et al. (2021) Allele definitutako genomak diferentzia bibellikoa erakusten du Cassava Evolution-en, landare molekularrean, 14 (6), 851-854 PP. DOI: 10.1016 / J.Molp.2021.04.009.

Genoma Giant Muntaia:Yuan, J. et al. (2022) 'Giga-kromosomak eta Giga-Genome of Giga-Genome of the Tree Peony Paeonia Ostii', Natura Komunikazioak 2022 13: 1, 13 (1), 1-16. DOI: 10.1038 / S41467-022-35063-1.

Genoma polipoideen muntaketa:Zhang, Q. et al. (2022) "Azukre autopolyploid sugarcane saccharum saccharum saccharum saccharum-en murrizketa genomikoa, naturaren genetika 2022 54: 6, 54 (6), 885-896 PP. DOI: 10.1038 / S41588-022-01084-1.