Erreferentziarik gabeko MRNAren sekuentziazioa-ngs
Osau
● MRNA poliarra harrapatzea liburutegiko prestaketa aurretik
● Edozein erreferentziako genomaren independentea: transkripzioen muntaketa inbertsioa oinarritzat hartuta, datu base ugarirekin ohartzen diren unigenen zerrenda sortuz (NR, Swiss-Prot, Cog, Kog, Eggnog, Pfam, Go, KeGG)
● Gene adierazpen eta transkripzio egituraren azterketa bioinformatiko integrala
Zerbitzuaren abantailak
●Espezializazio zabala: 600.000 lagin baino gehiago prozesatzeko erregistroarekin, BMKGenean, zelula kulturak, ehunak eta gorputzeko fluidoak bezalako lagin mota askotarikoekin, gure taldeak esperientzia ugari dakartza proiektu guztiei. 100.000 mrna-seq proiektu baino gehiago itxi ditugu ikerketa-domeinu desberdinetan.
●Kalitate kontrol zorrotza: Core kontrol puntuak ezartzen ditugu fase guztietan, lagin eta liburutegiaren prestaketatik sekuentziazio eta bioinformatikara. Jarraipen zorrotz honek kalitate handiko emaitzak ematea bermatzen du.
● Oharpen integrala: Datu-base anitz erabiltzen ditugu desberdinki adierazitako geneak (degak) funtzionalki ohartzeko eta dagokion aberasteko analisia burutzen dugu, transkriptomaren erantzunaren azpian dauden zelula eta molekular prozesuei buruzko informazioa eskainiz.
●Salmenta osteko laguntza: Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta-epearen epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Laginaren eskakizunak eta entrega
| Liburutegi | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Kalitatearen kontrola |
| Poly a aberastua | Illumina pe150 DNBSEQ-T7 | 6-10 GB | % 30,85% |
Laginaren baldintzak:
Nukleotidoak:
| Conc. (NG / μL) | Zenbatekoa (μg) | Garbitasun | Segurtasun |
| ≥ 10 | ≥ 0,2 | Od260 / 280 = 1,7-2.5 Od260 / 230 = 0,5-2.5 Gelan agertzen den proteina edo DNA kutsadura mugatua edo ez. | Landareentzako: Rin≥4.0; Animalientzako: Rin≥4.5; 5.0≥28s / 18s≥1.0; altuera mugatua edo ez |
● Landareak:
Erro, zurtoina edo petala: 450 mg
Hostoa edo hazia: 300 mg
Fruta: 1,2 g
● Animalia:
Bihotza edo hesteak: 300 mg
Biscera edo garuna: 240 mg
Muskulua: 450 mg
Hezurrak, ilea edo azala: 1g
● Artropodoak:
Intsektuak: 6G
Crustacea: 300 mg
● Odol osoa: 1 hodi
● Zelulak: 106 zelulak
Gomendatutako laginaren entrega
Edukiontzia: 2 ml Centrifuge Tube (Tin Papera ez da gomendagarria)
Laginaren etiketatzea: taldea + erreplikatu adibidez A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Bidalketa:
1. Lehorra izotza: laginak poltsetan paketatu behar dira eta izotz lehorrean lurperatu behar dira.
2. Hodi rnastable: RNA laginak RNA egonkortzeko hodian lehortu daitezke (adibidez, rnastable®) eta giro-tenperaturan bidalita.
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Bioinformatika
Transkriptomaren muntaketa eta unigene hautaketa
Unotene oharpena
Laginen korrelazioa eta erreplika biologikoak ebaluatzea
Ezberdinak adierazten diren geneak (degak)
DEGSren oharpen funtzionala
DEGS-ren aberasteko funtzionala
Arakatu BMKGene-ren eukariotikoek MRNA sekuentziazio zerbitzuek errazten dituzten aurrerapenak argitalpen bilduma komisio baten bidez.
Shen, F. et al. (2020) 'Devo Transcriptome Muntatzeko eta Sex-Biassed Gene espresioa Amur Catish (Silurus Arotus)', Genomics, 112 (3), 2603-2614. DOI: 10.1016 / J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Sukrosoaren metabolismoaren azterketa transkriptomaren analisia Tipulan (Allium Cepa L.)', Landare Zientzietako 7 (irailak), or. 212763. DOI: 10.3389 / FPLS.2016.01425 / Bibtex.
Zhu, C. et al. (2017) 'de Novo muntaketa, karakterizazioa eta oharpenak Sarcocheilichthys sinensis', plos bat, 12 (2). DOI: 10.1371 / Journal.pone.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Devo Transcriptome Analysis-ek Podocarpus Macrophyllus gatz-tolerantzia eskaintzen du gazitasun estresaren arabera', BMC Landare Biologian, 21 (1), 1-17. DOI: 10.1186 / S12870-021-03274-1 / Zifrak / 9.
