T2T Genoma Batzarra, Gap Free Genome
1stBi arrozaren genomak1
Izenburua: Xian / Indica arroza duten bi errentarik gabeko bi erreferentziako genomak balioztatzea eta balioztatzea.
DOI:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Argitaratutako denbora: 2021eko urtarrilaren 01a.
Institutua: Huazhong Nekazaritza Unibertsitatea, Txina
Material
O. Sativa Xian / IndicaArroz barietateak 'Zhenshan 97 (ZS97)' eta 'Minghui 63 (MH63)
Sekuentziazio estrategia
NGS Reads + HiFi Reads + CLR Irakurtzen da + Bionano + Hi-C
Datuak:
Zs97: 8,34 GB (~ 23x) HIFIk + 48,39 GB (~ 131x) CLR irakurtzen du + 25 GB (~ 69x) NGS + 2 Bionano IRYS zelulak
MH63: 37,88 GB (~ 103x) HIFIk + 48,97 GB (~ 132x) CLR irakurtzen du + 28 GB (~ 76x) NGS + 2 Bionano IRYS zelulak
1. irudia Bi Gap-Doako arrozaren genomak (MH63 eta ZS97)
2ndBanana genoma2
Izenburua: Telomere-to-Telomere platanoaren kromosomak nanopore sekuentziazioa erabiliz
DOI:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
Argitaratutako ordua: 2021eko apirilaren 17a.
Institutua: Université Paris-Saclay, Frantzia
Material
Haploide bikoitzaMusa acuminatasppMalackensis(Dh-pahang)
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
Hiseq2500 PE250 modua + Minion / Prometion (93GB, ~ 200x) + mapa optikoa (DLE-1 + BSPQ1)
1. taula Musaren Acuminata (DH-PAHANG) Genoma Batzarrak
2. irudia MUSA Genomes Arkitektura konparazioa
3rdPhaeodactylum tricornutum genoma3
Izenburua: Telomere-Telomere Telomere Genoma BatzarraP
Haedactylum tricoutum
DOI:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
Posted Time: 2021 (e) ko maiatzak 04
Institutua: Mendebaldeko Unibertsitatea, Kanada
Material
Phaeodactylum tricoutum(Kultura Algen eta Protozoako CCAP 1055/1)
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
1 Oxford Nanopore Minion Flow Cell + A 2 × 75 pareted-amaierako irteera erdia Hurrengoa 550 Run
3. irudia Telomere Telomere Telomere Genome Batzarrerako
4thGiza Chm13 genoma4
Izenburua: Giza genoma baten sekuentzia osoa
DOI:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
Posted Time: 2021eko maiatzaren 27a
Institutua: Osasun Institutu Nazionalak (NIH), AEB
Materialak: Cell Line Chm13
Sekuentziazio estrategia eta datuak:
30 × PACBIO CIRENSUS CIRUSUSS sekuentziazioa (HIFI), 120 × Oxford Nanopore Ultra-luzea Irakurri sekuentziazioa, 100 × Illumina PCR free sekuentziazioa (ILMN), 70 × Illumina / Arima Genomics Hi-C), Bionano Bionano mapa optikoak, eta kate-seq
2. taula. GRCH38 eta T2T-CHM13 giza genoma batzarrak alderatzea
Kontsulta
1.Zergey nurk et al. Giza genoma baten sekuentzia osoa. biorxiv 2021.05.26.445798; DOI:https://doi.org/10.1101/2021.05.26.445798
2.Caroline Belser et al. Telomere-Telomere Telomere platano kromosomak nanopore sekuentziazioa erabiliz. BIORIXIV 2021.04.16.440017; DOI:https://doi.org/10.1101/2021.04.16.440017
3.Daniel J. Giguere et al. Telomere Telomere Telomere Genome Phaeodactylum TricoRoRutum. BIORIXIV 2021.05.04.442596; DOI:https://doi.org/10.1101/2021.05.04.442596
4.Jia-Ming abestia et al. Xian / Indica arrozak bi gap-doako erreferentziako bi genomak balioztatzea eta balioztatzea. biorxiv 2020.12.4244073; DOI:https://doi.org/10.1101/2020.12.24.424073
Posta: 20122ko urtarrilak-06