Genoma osoak
SARS-COV-2ren genomikaren jarraipena NSP1 ezabatzeko aldaera bat deskubritzen du I motako interferon erantzuna modulatzen duena
Nanopore | Illumina | Genoma osoaren erreserba | Metagenomikoak | Rna-seq | Anbangu
Biomarker Teknologiek laguntza teknikoa eman zuten azterketa honetan laginaren sekuentziazioetan.
Azpimarragarriak
1.Sars-Cov-2 genoma sekuentziazio eta analisi phylognetikoa 35 mutazio errepikakorrak identifikatzen dira, 31 snp eta 4 indels barne.
2.Zatozezketa 117 fenotipo klinikoekin potentzialki agerian uzten da
mutazio garrantzitsuak.
Δ500-532 NSP1 kodetze eskualdeetan biriko txikiagoarekin erlazionatzen da
3. Kargatu eta serum ifn-β.
4.Inal isolamenduak δ500-532 mutazioarekin
kutsatutako zeluletan erantzuna.
Diseinu esperimentala
Lorpenak
1. Covid-19 Zaintza Epidemiologiko eta Genomikoa
Datu klinikoak Sichuan probintzian bildu ziren, 2020ko urtarrilaren 22an, 2020ko otsailaren 20ra. 538 COVID-19 kasu CPCR probek baieztatu zuten Sichuan-en, eta% 28,8 probintziako QPCR probek Kapitala. Sichuan-en baieztatutako kasuak esponentzialki handitu ziren, urtarrilaren 30ean gailenduz. Gainera, datuek onartzen dute distantzia soziala birusa hedatzea prebenitzeko funtsezko faktorea izan daitekeela.
1. irudia. COVID-19 azterketa epidemiologikoa Sichuan probintzian, Txinan
2. SARS-COV-2 genoma eraikuntza eta aldaerak identifikatzea
Multiplex PCR anplifikazioarekin nanopore sekuentziazioa egin ondoren, 248 pazienteetako genoma ia edo partzialak diren 310 inguruk gutxi gorabehera sortu ziren. 10 irakurtzen dituzten genomaren% 80k (batez besteko sakonera: 0,39 m-ko irakurketa da).
2. irudia. Aldaera bakoitzaren maiztasuna Sichuan Cohort-en
SARS-COV-2 genomak 104 SNP eta 18 Indels identifikatu ziren, eta horietan 31 SNP eta 4 Indels aldaera genetiko errepikakor gisa identifikatu ziren. Wuhan-eko 169 laginekin eta 81.391 kalitate handiko Public Gisomaren sekuentziaekin alderatuz, Gisaid-en, beste kontinente batzuetan aurkeztutako 35 aldaeretatik 29. Nabarmentzekoa, 500-532, δ729-737 eta T13243C, Sichuan eta Wuhan-en, eta Gisaid-en datuetan egon daitezen aurkitu ziren. Gaixoen bidaiaren erregistroak.
Analisi ebolutiboa (ML) metodoa (ML) metodoa eta Bayesiako erloju molekularreko planteamenduak 88 birus berrian prozesatu ziren Sichuan eta 250 genoma komisarioak beste eskualde batzuetatik. Δ500-532 dituzten genomak (NSP1 kodetze eskualdeko ezabaketak) zuhaitz filogenetikoan banatzen ziren. NSP1 aldaerei buruzko haplotipoen azterketa hiri anitzetatik 5 identifikatu zituzten. Emaitza horiek iradoki zuten δ500-532 hiri anitzetan gertatu zela eta Wuhanetik hainbat aldiz inportatu ahal izatea.
2. irudia. Aldagai genetiko errepikakorrak eta analisi filogenetikoa SARS-COV-2 genometan
3. aldaera genetiko errepikatuen elkartea inplikazio klinikoekin
117 fenotipo kliniko COVID-19 larritasunarekin lotzen ziren, non larritasunarekin lotutako 19 fenotipoak ezaugarri larriak eta ez larriak sailkatu ziren. Ezaugarri horien arteko erlazioa eta 35 aldaera errepikakorraren aldaera genetikoek bistaratu ziren bi klusterreko bero-puntuan. GSEA bezalako sailkapen anisistemaren analisia erakutsi da δ500-532 negatiboki erlazionatuta dagoela ESR-rekin, Serum ifn-β etacd3 + CD8 + CD8 + CD8 + CD 3-rekin. Gainera, QPCR probek erakutsi dute 500-532 birusak kutsatutako gaixoek CT balio handiena izan dutela, hau da, karga biriko baxuena.
3. irudia. Fenotipo klinikoekin 35 aldaera genetiko errepikakorreko elkarteak
4. Balidazioa Mutazio Viralari buruz lotutako fenotipo klinikoak
NSP1 funtzioetan δ500-532-ren eragina ulertzeko, HEK239T zelulak luzera osoko, NSP1 eta mutanteen formak ezabatzeekin zehaztutako plasmidoekin transferitu ziren. Tratatutako Tratamendu bakoitzaren transkriptomaren profilak PCAren analisirako prozesatu ziren, ezabatze mutanteak nahiko hurbilagoak izan ziren eta NSP1-ren ezberdina izan da. Mutanteetan nabarmen arautu ziren geneak "peptido biosintetiko / metabolikoko prozesuan", "Ribonucleoprotein Commisement Complex", "Membrane / er" -tara zuzendutako proteinak, etab. Gainera, bi ezabatzeak WT-tik kanpoko eredu desberdinak erakutsi zituen.
4. irudia. WT NSP1-ek transferitutako HEK239T zelulen transkriptomaren azterketa eta ezabatzeekin
IFN-1 Erantzunaren gaineko ezabaketaren eraginak ere azterketa gehiegizko azterketan probatu dira. Probatu diren ezabatze guztiak IFN-1 Repsonse murrizten ari direla erakutsi zen Transfied HEK239T eta A549 zeluletan transkriptomaren mailan eta proteinen mailan. Interesgarria da, ezabatzean nabarmenki araututako geneak "Birusari", "Viral Genome", "RNA Polymase II-k" eta "Interferon I motako erantzuna" eta "Transkripzioaren Erregelamendua" eta "Interferon motako erantzuna".
5. irudia. Behera interferonen seinaleztapen bideen erregulazioa δ500-532 mutantetan
Azterketa honetan, ezabatze horien gaineko eragina birusaren bidez berretsi zen infekzio birikoko azterketetatik. Zenbait mutante dituzten birusak lagin klinikoetatik isolatu ziren eta Calu-3 zeluletara kutsatuta zeuden. Infekzio birikoaren azterlanari buruzko emaitza zehatzak paperean irakur daitezke.
DOI:10.1016 / J.Chom.2021.01.015
Kontsulta
Lin J, Tang C, Wei H, Et al. SARS-COV-2-ren jarraipen genomikoa NSP1 ezabatzeko aldaera bat deskubritzen du I motako interferon erantzuna [j]. Zelula ostalaria eta mikrobe, 2021.
Albisteak eta nabarmentzekoak Biomarker Teknologiekin egindako azken kasuak partekatzea du helburu, lorpen zientifiko berriak harrapatuz, baita azterketan zehar aplikatutako teknika garrantzitsuak ere.
Posta: 20122ko urtarrilak-06