Nanopore luzera osoko transkriptoa

Nanopore Transcriptome sekuentziazioa metodo osoko CDNak sekuentziatzeko metodo indartsua da, transkripzio iseformak zehaztasunez identifikatuz eta kuantifikatzeko. BMKCLOUD Nanopore Transcriptome Pipeline-k Nanopore plataforman sortutako RNA-SEQ datuak aztertzeko diseinatuta dago, kalitate handiko erreferentziako genoma baten aurka, gene eta transkripzio mailan analisi kualitatiboak eta kuantitatiboak eskainiz. Kalitatearen kontrola egin ondoren, luzera ez-chimeric (FLNC) sekuentziak lortzen dira eta adostasun sekuentziak erreferentziako genomari mapatzen dira transkripzio erredundanteak kentzeko. Transkripzio-multzo honetatik, esamoldeak kuantifikatzen dira eta desberdinki adierazitako geneak eta transkripzioak identifikatu eta funtzionatu dira. Pipelinak azterketa alternatiboen azterketa, azterketa alternatiboen azterketa, sekuentzia sinplea errepikatzea (SSR) analisia, LNCRNAren iragarpena eta dagozkien helburuen iragarpena, kodetze sekuentzien (CDS), Gene Familiaren Analisia, Transkripzioaren Faktoreen Analisia, Gene Eleberriaren iragarpena eta transkripzioen oharpen funtzionala.