Metatranscriptome sekuentziazioa
Zerbitzuaren ezaugarriak
● RRNA DEPLETION jarraian, MRNA liburutegiko norabidea prestatzea.
● Illumina Novaseq-en sekuentziazioa.
Zerbitzuaren abantailak
●Mikrobioen komunitate konplexuen aldaketak aztertzea:Hau transkripzio mailan gertatzen da eta gene berri potentzialak esploratzen ditu.
●Mikrobioen komunitatearen interakzioak ostalariarekin edo ingurunearekin azaltzea.
●Azterketa bioinformatiko integrala: Konposizio taxonomiko eta funtzionalen inguruko ikuspegi ugari eskaintzen ditu, baita genearen adierazpen diferentzialen azterketa ere.
●Gene zabaleko oharra:Gene funtzioaren datu baseak eguneratuta erabiltzea Gene Genearen Adierazpen Mikrobioen Informazioari buruzko informazioa.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Sekuentziazio plataforma | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuak | Datuen kalitatearen kontrola |
| Illumina novaseq | Pe150 | 12gb | % 30,85% |
Laginaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (μg) | Bolumena (μL) | Od260 / 280 | Od260 / 230 | Argena |
| ≥50 | ≥1.0 | ≥20 | 1.8-2.0 | 1.0-2.5 | ≥6,5 |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
● Datuen kalitatearen kontrolaren sekuentziazioa
● Transkripzioen muntaketa
● Oharpen taxonomikoa eta ugaritasuna
● Oharpen funtzionala eta ugaritasuna
● Adierazpen kuantifikazioa eta analisi diferentziala
Lagin bakoitzaren banaketa taxonomikoa:
Beta Aniztasunaren Analisia: Upgma
Oharpen funtzionala - Joan ugaritasuna
Taxonomia diferentziala ugaritasuna - lefse
Arakatu BMKGene-ren Meta Transkriptomikak sekuentziazio zerbitzuak errazten dituen aurrerapenak argitalpenen bilduma komisio baten bidez.
Lu, Z. et al. (2023) 'Aginduko bakterioen azido-tolerantzia baimenak bacteroidalesek kontzentrazio handiko dietetara egokitutako ahuntzetan azido errumena prebenitzen laguntzen du ",Animalien elikadura, 14, 130-140. DOI: 10.1016 / J.ANinu.2023.05.006.
Abestia, Z. et al. (2017) 'Mikrobiotaren oinarrizko funtzionala desagerrarazteko estatu tradizionalaren hartzidura handiko anplicons eta metatranscriptomics sekuentziazio bidez',Mikrobiologian dauden mugak, 8 (uzt.) DOI: 10.3389 / FMICB.2017.01294 / Osoa.
Wang, W. et al. (2022) 'Mycovirus alternari fitopatogenikoaren metaTranscriptomics inkestatik aurkitu da.Birusak, 14 (11), or. 2552. DOI: 10.3390 / V14112552 / S1.
Wei, J. et al. (2022) 'Metatranscriptome analisi paraleloak landareen bigarren mailako metabolitak degradatzea kakalardoek eta haien hesteetako sinbionteek erakusten dute ",Migulular Ekologia, 31 (15), 3999-4016 PP. DOI: 10.1111 / MEC.16557.
