Hi-C oinarritutako genoma Batzarra
Hi-C kromosoma konfigurazioa harrapatzeko diseinatutako metodoa da, proximitazioetan oinarritutako interakzioak eta sakoneko sekuentziazioa konbinatuz. Elkarreragin horien intentsitatea kromosometan distantzia fisikoarekin negatiboki erlazionatuta dagoela uste da. Hori dela eta, Hi-C datuak group zirriborro batean muntatutako sekuentziak, ordenatzea eta orientatzeko erabiltzen da genoma zirriborro batean eta kromosoma kopuru jakin batean ainguratzeko. Teknologia honek kromosoma maila genoma bat egiten du biztanleriaren oinarritutako mapa genetikorik ezean. Genoma bakoitzak hi-c behar du.
Zerbitzuaren ezaugarriak
● Illumina Novaseq-en sekuentziazioa PE150-ekin.
● Zerbitzuak ehun laginak behar ditu, azido nukleiko erauzketak egin beharrean, formaldehidoarekin lotura gurutzatu eta DNA proteinen interakzioak kontserbatzeko.
● Hi-C esperimentuak Biotinarekin muturreko muturrak murrizketa eta amaiera konpontzea dakar, eta ondoren, lortutako bluntaren zirkularizazioaren ondorioz, elkarrekintzak gordetzen ditu. DNA gero, Strepetevidin aleekin eta ondorengo liburutegiko prestaketarako araztua da.
Zerbitzuaren abantailak
Hi-c ikuspegi orokorra
(Lieberman-Aiden e et al.,Zientzia, 2009)
●Biztanleriaren genetikoen datuen beharra ezabatzea:Hi-C kontig ainguratzeko beharrezkoa den funtsezko informazioa ordezkatzen du.
●Markatzaile handiko dentsitatea:% 90etik gorako Contig Ainguraketa Ratioa.
●Esperientzia eta argitalpen erregistro zabalak:Bmkgene-k esperientzia zabala du, 2000 kasu baino gehiago Hi-C genomaren muntaketa 1000 espezie desberdinetatik eta hainbat patenteetatik. 2000 baino gehiagoko 200 kasu baino gehiagok eragindako faktore metagarria dute.
●Talde Bioinformatiko Oso trebea:Hi-C esperimentuetarako eta datuen analisirako programatzaileen eta software-eskubideekin batera, Bistaratze Datuen Softwarearen bidez, eskuzko blokea mugitzeko, alderantzikatu, ezeztatzeko eta berrerabiltzeko aukera ematen du.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
●Oharpen integrala: Datu-base anitz erabiltzen ditugu geneak identifikatutako aldakuntzekin funtzionatzeko eta dagokion aberastasunaren azterketa burutzen dugu, ikerketa proiektu anitzetan ikuspegi ugari eskainiz.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Liburutegien prestaketa | Sekuentziazio estrategia | Gomendatutako datuen irteera | Kalitatearen kontrola |
| Hi-c liburutegia | Illumina novaseq pe150 | 100x | Q30 ≥% 85 |
Laginaren baldintzak
| Mukizapi | Beharrezko zenbatekoa |
| Animalien biskiak | ≥ 2 g |
| Animalien muskulua | |
| Odol mamiarra | ≥ 2 ml |
| Hegazti / Arrain odola | |
| Landare-hosto freskoa | ≥ 3 g |
| Zelula kulturalak | ≥ 1x107 |
| Intsektu | ≥ 2 g |
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
1) Datu gordinak QC
2) Hi-C liburutegiko QC: Hi-C baliozko elkarreraginen kalkulua
3) Hi-C Muntaia: Taldeka kontigen multzoa, talde bakoitzaren barruan Contig-ek eta Contig Orientazioa esleituz
4) hi-c ebaluazioa
Hi-C liburutegiko QC - Hi-C baliozko elkarreragin bikoteen kalkulua
Hi-C Muntaia - Estatistikak
Muntatu osteko ebaluazioa - Bins-en arteko seinalearen intentsitatea
Arakatu BMKGene-ren Hi-C muntaia zerbitzuek argitalpen bilduma komisario baten bidez erraztutako aurrerapenak.
Tian, T. et al. (2023) "Genoma-muntaketa eta disekzio genetikoa, lehortearekiko erresistentea den artoa germplasm", Natura Genetika 2023 55: 3, 55 (3), 496-506 PP. DOI: 10.1038 / S41588-023-01297-Y.
Wang, zl et al. (2020) 'Asiako eztia APIS Cerana Genome-ren kromosoma-eskala', Genetika mugak, 11, or. 524140. DOI: 10.3389 / FGENE.2020.00279 / BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) "Tropane Alkaloide Biosintesiaren bilakaera agerian uztea Solanaceae familiako bi genomak aztertuz, naturaren komunikazioak 2023 14: 1, 14 (1), 1-18. DOI: 10.1038 / S41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) Banyan zuhaitzaren eta polinatzailearen liztoren genomak Fig-wasp Coebolution ", zelularen, 183 (4), 875-889.e17. DOI: 10.1016 / J.Cell.2020.09.043
