Exclusive Agency for Korea

BMKCloud Hasi saioa

Produktuak

Hi-C oinarritutako kromatina interakzioa

Hi-C konfigurazio genomikoa harrapatzeko diseinatutako metodo bat da, hurbiltasunean oinarritutako interakzioak eta errendimendu handiko sekuentziazioa konbinatuz. Metodoa kromatina formaldehidoarekin gurutzatzean oinarritzen da, eta, ondoren, digestioa eta birloketa egiten da, modu kobalentean lotuta dauden zatiek soilik ligatzeko produktuak sortuko dituzten. Lotura-produktu horiek sekuentziatuz, genomaren 3D antolamendua azter daiteke. Hi-C-k arin bilduta dauden genomaren zatien banaketa (A konpartimentuak, eukromatina) eta transkripzio aktiboa izateko probabilitate handiagoa duten genomaren zatien banaketa aztertzen du, eta estuago bilduta dauden eskualdeak (B konpartimentuak, heterokromatina). Hi-C ere erabil daiteke Topologikoki Elkartutako Domeinuak (TAD) zehazteko, egitura tolestuak dituzten eta antzeko espresio-ereduak izan ditzaketen genomaren eskualdeak, eta kromatina begiztak identifikatzeko, proteinen bidez elkarrekin ainguratuta dauden eta dauden DNA-eskualdeak identifikatzeko. sarritan arauzko elementuetan aberastua. BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio zerbitzuak ikertzaileei genomikaren dimentsio espazialak aztertzeko ahalmena ematen die, bide berriak irekiz genomaren erregulazioa eta osasunean eta gaixotasunean dituen ondorioak ulertzeko.

Jarri gurekin harremanetan

Zerbitzuaren xehetasunak

Bioinformatika

Demo emaitzak

Argitalpen aipagarriak

Zerbitzuaren Ezaugarriak

● Illumina NovaSeq-en sekuentziazioa PE150-rekin.

● Zerbitzuak ehun-laginak behar ditu, ateratako azido nukleikoen ordez, formaldehidoarekin gurutzatzeko eta DNA-proteinen elkarrekintzak kontserbatzeko.

● Hi-C esperimentuak mutur itsaskorrak biotinarekin murriztea eta amaieran konpontzea dakar, eta ondoren sortzen diren muturrak biribilizatu egiten dira elkarrekintzak gordez. Ondoren, ADNa estreptavidin aleekin botatzen da eta araztu ondoren liburutegia prestatzeko.

Zerbitzu Abantailak

●Murrizketa-entzimaren diseinu optimoa: Hi-C eraginkortasun handia ziurtatzeko espezie desberdinetan % 93 arteko elkarrekintza-bikote baliodunekin.

●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabalak:BMKGene-k esperientzia handia du 800 espezie desberdinetako 2000 Hi-C sekuentziazio proiektuetan eta hainbat patenterekin. 100 kasu baino gehiago argitaratu dira 900etik gorako eragin-faktore metatua dutenak.

●Gaitasun handiko Bioinformatika Taldea:Hi-C esperimentuetarako eta datuen analisirako barne-patenteekin eta software-eskubideekin eta norberak garatutako bistaratzeko datuen softwarearekin.

●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektua amaitzea baino haratago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta osteko zerbitzu-epearekin. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko laguntza eta galdera-erantzun saioak eskaintzen ditugu emaitzei lotutako edozein zalantza argitzeko.

●Oharpen Integrala: hainbat datu-base erabiltzen ditugu identifikatutako aldaerak dituzten geneak funtzionalki ohartzeko eta dagozkion aberaste-analisia egiteko, ikerketa-proiektu anitzei buruzko argibideak emanez.

Zerbitzuaren zehaztapenak

Liburutegia

Sekuentziazio Estrategia

Gomendatutako datuen irteera

Hi-C Seinalearen Ebazpena

Hi-C liburutegia

Illumina PE150

Kromatina begizta: 150x

TAD: 50x

Kromatina begizta: 10Kb

TAD: 40Kb

Zerbitzu-baldintzak

Lagin mota	Beharrezko zenbatekoa
Animalien ehuna	≥2g
Odol Osoa	≥2 ml
Onddoak	≥1 g
Landare-ehun gaztea	1 g/alikuota, 2-4 alikuota gomendatzen dira
Zelula haziak	≥1x10⁷

Aurrekoa: TGuide Smart Magnetic Landare RNA Kit

Hurrengoa: DNBSEQ aurrez egindako liburutegiak

Ondorengo analisia barne hartzen du:

● Datu gordinak QC;

● Kartografia eta Hi-C liburutegiko QC: baliozko elkarrekintza bikoteak eta Interaction Decay Exponents (IDEak);

● Genoma osoko interakzioaren profila: cis/trans analisia eta Hi-C interakzio mapa;

● A/B konpartimentuen banaketaren analisia;

● TADak eta kromatina-begiztak identifikatzea;

● Laginen artean 3D kromatina-egiturako elementuen analisi diferentziala eta lotutako geneei dagokien oharpen funtzionala.

Cis eta trans proportzio banaketa

Laginen arteko interakzio kromosomikoen bero-mapa

Genoma osoan A/B konpartimentuen banaketa

Kromatina-begizkien banaketa genoma osoan

TADen bistaratzea

Arakatu BMKGene-ren Hi-C sekuentziazio-zerbitzuek egindako ikerketa-aurrerapenak argitalpen-bilduma zaindu baten bidez.

Meng, T. et al. (2021) "Multi-omics integratutako analisi konparatibo batek CA2 kordomaren helburu berri gisa identifikatzen du".Neuro-Onkologia, 23(10), 1709–1722 or. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) "Genomaren 3D desantolaketak eta berrantolaketak NAFLDren patogeniari buruzko argibideak ematen ditu Hi-C, Nanopore eta RNA sekuentziazio integratuaren bidez".Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), 3150–3164 or. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.