Genoma-zabaleko elkartearen azterketa
Lan-fluinu
Zerbitzuaren abantailak
●Espezializazio eta argitalpen erregistro zabalak: GWASen eskarmentuarekin, Bmkgene-k ehunka espezie proiektu bete ditu biztanleriaren GWAS ikerketan, ikertzaileei 100 artikulu baino gehiago argitaratzeko, eta inpaktu metagarria faktoreak 500era iritsi ziren.
● Bioinformatikaren azterketa integrala: Lan-fluxuak SNP-Trait Association Analisia biltzen du, hautagai geneen multzoa eta dagozkien oharpen funtzional bat ematea.
●Bioinformatika taldea eta azterketa laburreko ziklo trebea: Genomika analisi aurreratuetan esperientzia handia izanik, BMKGENEko taldeak analisi integralak eskaintzen ditu txanda bizkorreko denbora batekin.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak eta eskakizunak
| Sekuentziazio mota | Gomendatutako biztanleriaren eskala | Sekuentziazio estrategia | Nukleotzeko baldintzak |
| Genoma osoaren sekuentziazioa | 200 lagin | 10x | Kontzentrazioa: ≥ 1 ng / μl Zenbateko guztira 30ng Degradazio edo kutsadura mugatua edo ez |
| Berariazko-locus anplifikatutako zatia (SLA) | Tag sakonera: 10x Etiketa kopurua: <400 MB: WGS gomendagarria da <1GB: 100K Etiketak 1gb > 2 GB: 300k Etiketak Gehienez 500k Etiketak | Kontzentrazioa ≥ 5 ng / μl Zenbateko osoa ≥ 80 ng Nanodrop od260 / 280 = 1,6-2.5 Agarose Gel: degradazio edo kutsadura mugatua edo mugatua
|
Materialen hautaketa
Barietate desberdinak, azpiespeziak, Landraces / Genebanks / Familia mistoak / Baliabide basatiak
Barietate desberdinak, azpiespeziak, landareak
Half-Sib familia / Sib-eko familia / baliabide basatiak
Zerbitzuaren lan-fluxua
Esperimentuaren diseinua
Laginaren entrega
RNA erauzketa
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
- Genoma-zabaleko elkartearen analisia: LM, LMM, Emmax, FASTLMM eredua
- Gene hautagaien oharpen funtzionala
SNP-Trait Association Analisia - Manhattan lursaila
SNP-Trait Association Analisia - QQ Lursaila
Arakatu BMKGene-ren De Gwas zerbitzuek argitalpen bilduma komisio baten bidez erraztutako aurrerapenak:
Lv, L. et al. (2023) 'Amoniako tolerantziaren oinarri genetikoaren araberako tolerantzia sinonovacula constrica genoma-zabaleko elkartearen azterketa',Akuikurte, 569, or. 739351. DOI: 10.1016 / J.Aquaculture.2023.739351.
Li, X. et al. (2022) "Foxtail Millet sartzearen 398 omics analisiek agerian uzten dute etxekoen, ezaugarri metabolitoekin eta hanturazko efektuekin lotutako eskualde genomikoak",Landare molekularra, 15 (8), 1367-1383 PP. DOI: 10.1016 / J.Molp.2022.07.003.
Li, J. et al. (2022) "Genoma-zabaleko elkartearen kolpea apenas fenotipoak lehorte ingurunean",Landareen Zientzietako mugak, 13, or. 924892. DOI: 10.3389 / FPLS.2022.924892 / BIBTEX.
Zhao, X. et al. (2021) 'GMST1, sulfotransferasa kodetzen duenak, soja mosaikoko birusaren garerietarekiko erresistentzia ematen du G2 eta G3',Landarea, Zelula eta Ingurumena, 44 (8), 2777-2792 PP. DOI: 10.1111 / PCE.14066.
