De Novo Fungal Genoma Batzarra
Bmkgene-k soluzio polifazetikoak eskaintzen ditu onddoen genometarako, ikerketa-beharrei eta nahi den genomaren osotasunari eskainiz. Irakurri laburreko illumina sekuentziazioa soilik erabiltzea Bakarrik Genoma zirriborroa sortzea ahalbidetzen du. Irakurketa laburrak eta irakurketa luzeko sekuentziazioa nanopore edo pacbio erabiliz, onddoen genoma finduago bat da. Gainera, Hi-C sekuentziazioak integratzeak gaitasunak areagotzen ditu, kromosoma maila osoko genoma bat lortzea ahalbidetuz.
Zerbitzuaren ezaugarriak
Hiru aukera posible aukeratu nahi duzun genoma osoaren arabera:
● Zirriborro Genoma Aukera: Irakurri labur sekuentziazioa Illumina Novaseq PE150-ekin.
● Fungal genoma fina aukera:
Genoma Inkesta: Illumina Novaseq PE150.
Genoma Batzarra: Pacbio Revio (HiFi Reads) edo Nanopore Prometion 48.
● Kromosoma maila onddoen genoma:
Genoma Inkesta: Illumina Novaseq PE150.
Genoma Batzarra: Pacbio Revio (HiFi Reads) edo Nanopore Prometion 48.
CONTIG Aingura Hi-C batzarra.
Zerbitzuaren abantailak
●Sekuentziazio estrategia anitz eskuragarri: Ikerketa helburu eta genoma osoaren eskakizunetarako
●Bioinformatikaren lan-fluxua osatzea:Honek genoma-muntaketa eta elementu genomiko anitzetako iragarpena biltzen ditu, gene funtzionalaren oharpena eta Contcoring.
●Espezializazio zabala: Mikrobioen 12.000 genoma baino gehiago biltzen ditugu, hamarkada bat baino gehiagok ekartzen dugu, oso trebea den analisi taldea, eduki integrala eta salmenta osteko laguntza bikaina.
●Salmenta osteko laguntza:Gure konpromisoa proiektuen osaketaz harago hedatzen da 3 hilabeteko salmenta epearen epean. Denbora horretan, proiektuen jarraipena, arazoak konpontzeko eta Q & q eta saio eskaintzen ditugu emaitzekin lotutako edozein zalantza argitzeko.
Zerbitzuaren zehaztapenak
| Berrikuspen | Sekuentziazio estrategia | Kalitatearen kontrola |
| Zirriborro genoma | Illumina pe150 100x | % 30,85% |
| Genoma fina | Genoma Inkesta: Illumina PE150 50 X Muntaketa: Pacbio HiFi 30x edo Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB (Pacbio Unicellular) contig n50 ≥2mb (Ont unicellular) Contig N50 ≥500KB (Beste batzuk) |
| Kromosoma maila genoma | Genoma Inkesta: Illumina PE150 50 X Muntaketa: Pacbio HiFi 30x edo Nanopore 100x Hi-c batzarra 100x | CONTIG Ainguratzeko Ratioa>% 90
|
Zerbitzuaren baldintzak
| Kontzentrazioa (NG / μL) | Zenbateko osoa (μg) | Bolumena (μL) | Od260 / 280 | Od260 / 230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| Nanopore | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
Deskonektuen onddoa: ≥3.5x1010 zelulak
Makro onddoa: ≥10 g
Zerbitzuaren lan-fluxua
Laginaren entrega
Liburutegiko eraikuntza
Sekuentziazio
Datuen azterketa
Salmenta osteko zerbitzuak
Analisi hau barne hartzen du:
Genoma Inkesta:
- Datuen kalitatearen kontrol sekuentziazioa
- Genoma estimazioa: tamaina, heterozigotositatea, elementu errepikakorrak
Genoma Ederra:
- Datuen kalitatearen kontrol sekuentziazioa
- De novoBilera
- Genoma osagaiaren analisia: CDen iragarpena eta elementu genomiko anitz
- Oharpen funtzionala datu base orokor batzuekin (joan, KEGG, etab.) Eta datu base aurreratuak (txartela, VFDB, etab.)
Hi-C Muntaia:
- Hi-C liburutegiko ebaluazioa.
- Ainguraketa klusterra, ordenatzea eta orientazioa
- Hi-C-ren ebaluazioa: erreferentzia genoma eta bero mapa oinarritzat hartuta
Genoma Inkesta: K-Mer banaketa
Genoma Batzarra: Gene homologoaren oharpena (NR datu-basea)
Genoma Batzarra: gene funtzionala oharpena (joan)
Arakatu BMKGene-ren onddoen muntaketa-zerbitzuek errazten dituzten aurrerapenak argitalpen bilduma komisario baten bidez.
Hao, J. et al. (2023) 'Onddo sendagarriaren profil integratua Inonotus obliquus urpekatutako baldintzetan',BMC Genomics, 24 (1), 1-12. DOI: 10.1186 / S12864-023-09656-Z / irudiak / 3.
Lu, L. et al. (2023) 'Genoma sekuentziazioak gari-eyespot phizogen fatogenoen fatogenoaren efektuaren bilakaera eta mekanismo patogenoak agerian uzten dituLaborantza aldizkaria, 11 (2), 405-416 PP. DOI: 10.1016 / J.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Lau klarireediko espezieentzako genoma baliabideak dolarraren lekua turfgrasses desberdinetan eragiten dute,Landare gaixotasuna, 107 (3), 929-934 PP. DOI: 10.1094 / PDIS-08-22-1921-A
Zhang, ss et al. (2023) 'Onddo jangarriaren sisteman tetrapolar baten froga genetikoa eta molekularra Grifola Frondosan',Journal of Fungi, 9 (10), or. 959. DOI: 10.3390 / JOF9100959 / S1.
